Theo điều 31 của nghị định 153, Các tổng công ty đáp ứng các điều kiện cần và đủ nêu trên thì tuỳ tính chất, ngành nghề kinh doanh, có thể tổ chức lại và chuyển đổi theo 1 trong 3 cách cơ bản sau:
- Cách thứ nhất, văn phòng, cơ quan quản lý của tổng công ty và các doanh nghiệp thành viên hạch toán phụ thuộc, đơn vị sự nghiệp cùng với một hoặc một số doanh nghiệp thành viên hạch toán độc lập có vị trí then chốt trong tổng công ty hoặc hoạt động trong lĩnh vực kinh doanh chủ lực của tổng công ty để trở thành công ty mẹ; các đơn vị thành viên khác chuyển thành công ty con.
- Cách thứ hai, trường hợp chuyển đổi tổng công ty hạch toán toàn ngành thì văn phòng, cơ quan quản lý của tổng công ty và các doanh nghiệp thành viên hạch toán phụ thuộc có vị trí then chốt trong tổng công ty hoặc hoạt động trong lĩnh vực kinh doanh chủ lực của tổng công ty chuyển thành công ty mẹ; các đơn vị thành viên khác chuyển thành các công ty con.
- Cách thứ ba, DNNN thành viên hạch toán độc lập của tổng công ty, đáp ứng đủ các điều kiện có thể chuyển thành công ty mẹ tách khỏi tổng công ty hoặc tiếp tục ở trong cơ cấu của tổng công ty.
Các DNNN độc lập có quy mô lớn, có đủ các điều kiện quy định cũng có thể được chuyển thành công ty mẹ. Các đơn vị thành viên trực thuộc DNNN độc lập, tuỳ quy mô và tính chất đầu tư vốn của DNNN độc lập, tầm quan trọng và chiến lược của công ty mẹ, có thể chuyển thành một trong các loại hình công ty con nhưng phải đa dạng về sở hữu và hình thức tổ chức.
Đối với các đơn vị sự nghiệp, viện, trường thuộc tổng công ty, thì tuỳ theo mức độ và yêu cầu cầu gắn kết với công ty mẹ về vốn, tài chính, công nghệ, thị trường, nghiên cứu, đào tạo, có thể chuyển thành bộ phận hạch toán phụ thuộc công ty mẹ, hoặc chuyển thành công ty con.
Trường hợp viện nghiên cứu thuộc tổng công ty thường xuyên áp dụng kết quả nghiên cứu và chuyển giao công nghệ phục vụ sản xuất, kinh doanh, có vốn góp ở các doanh nghiệp do viện ứng dụng kết quả nghiên cứu, nếu đáp ứng đủ các điều kiện về công ty mẹ, có thể cho hưởng cơ chế của công ty mẹ. Còn việc tách khỏi tổng công ty thành công ty mẹ độc lập hay vẫn ở trong cơ cấu tổng công ty, thì cần xem xét kỹ lợi ích của việc tách ra hay là ở lại.
Trong chuyển đổi tổng công ty theo mô hình mẹ-con, công ty mẹ có thể vẫn do Nhà nước sở hữu 100% vốn điều lệ hoặc sở hữu từ mức 51% đến dưới 100% vốn điều lệ. Trong cả 2 trường hợp trên thì công ty mẹ vẫn là DNNN theo Luật DNNN năm 2003. Công ty mẹ có 3 dạng:
−Công ty mẹ do Nhà nước giữ 100% vốn, tổ chức, hoạt động và đăng ký theo Luật DNNN, được gọi là công ty nhà nước.
−Công ty mẹ có 100% vốn nhà nước, tổ chức, hoạt động và đăng ký theo Luật Doanh nghiệp dưới hình thức công ty TNHH một thành viên, công ty TNHH có 2 thành viên trở lên hoặc công ty cổ phần
−Công ty mẹ có cổ phần, vốn góp chi phối của Nhà nước, tổ chức, hoạt động và đăng ký theo Luật Doanh nghiệp dưới hình thức công ty TNHH có 2 thành viên trở lên hoặc công ty cổ phần.
Điểm đáng lưu ý đối với công ty mẹ là dù có 100% vốn nhà nước, nhưng đăng ký, tổ chức và hoạt động theo Luật Doanh nghiệp thì phải tuân theo các quy định của Luật Doanh nghiệp. Trường hợp công ty mẹ là công ty TNHH hoặc công ty cổ phần mà có cổ phần chi phối của Nhà nước, thì phải tuân thủ Luật Doanh nghiệp. Trường hợp công ty mẹ là công ty liên doanh mà có vốn góp nhà nước chi phối trong liên doanh, cũng phải thực hiện theo Luật Đầu tư nước ngoài tại Việt Nam.
Đặc điểm của công ty mẹ vừa trực tiếp sản xuất kinh doanh, vừa có vốn góp đầu tư, vốn góp cổ phần, vốn góp liên doanh ở các công ty con, công ty liên kết. Đối với công ty mẹ hình thành từ cổ phần hoá toàn bộ tổng công ty (tức cổ phần hoá toàn bộ các doanh nghiệp thành viên) thì có chức năng đầu tư tài chính (nắm vốn ở các công ty cổ phần hoá), không còn trực tiếp sản xuất kinh doanh. Công ty mẹ có tư cách pháp nhân, có tài sản, bộ máy quản lý riêng.
Công ty mẹ có thể giữ 100% vốn, giữ cổ phần chi phối hoặc dưới mức chi phối ở các doanh nghiệp khác. Trường hợp có trên 50% vốn của công ty mẹ thì đó là công ty con, còn nếu giữ dưới mức đó là công ty liên kết.