Công ty Nuplex chia làm 6 bộ phận chính. Đứng đầu công ty là tổng giám đốc người Úc được hưởng lương theo chế độ của công ty mẹ, nhưng do Nuplex Việt Nam chi trả.
− Bộ phận sản xuất: Đứng đầu là giám đốc sản xuất. Bộ phận này phụ trách việc lập kế hoạch và sản xuất tất cả các ngành hàng của công ty. Dưới bộ phận sản xuất có các phòng ban phụ trách sản xuất từng ngành hàng chuyên biệt, phòng logistic, đội bảo vệ của công ty và thủ kho. Phòng logistics lên lịch và sắp xếp thuê xe để giao hàng cho khách hàng trong nước, xuất hóa đơn bán hàng và làm thủ tục hải quan đối với hàng xuất khẩu và hàng nhập khẩu.
− Bộ phận bán hàng: Đứng đầu là giám đốc bán hàng. Bộ phận này phụ trách công tác tiếp thị và ghi nhận các lệnh bán hàng. Đội ngũ nhân viên bán hàng tự quyết định giá bán thành phẩm dựa trên giá thành sản phẩm và chính sách giá của công ty. Trực thuộc bộ phận này còn có đội chăm sóc khách hàng. Đội này có nhiệm vụ theo dõi tình hình giao hàng, lộ trình đi của hàng xuất khẩu và ghi nhận và đưa ra biện pháp xử lý đối với hàng bán bị trả về.
− Bộ phận tài chính: Đứng đầu là giám đốc tài chính kiêm quản trị hệ thống thông tin. Bộ phận này phụ trách công tác kế toán, hệ thống thông tin trong công ty và cung cấp các báo cáo kế toán cho bên ngoài, cho công ty mẹ và nội bộ công ty. Bộ phận này gồm 4 kế toán chi tiết: phải thu, phải trả kiêm thủ quỹ, kế toán giao dịch ngân hàng và kế toán tổng hợp.
− Bộ phận nghiên cứu sản phẩm: phụ trách việc duy trì và cải tiến công thức sản xuất của các sản phẩm hiện tại, nghiên cứu và phát triển sản phẩm mới thuộc tất cả các ngành hàng. Đồng thời chịu
trách nhiệm kiểm tra chất lượng sản phẩm sau khi sản xuất và các sản phẩm bán bị trả về.
− Bộ phận mua hàng: phụ trách toàn bộ khâu mua hàng của công ty từ lập kế hoạch, tìm nhà cung cấp, đặt và nhận hàng vào kho.
− Bộ phận nhân sự: chịu trách nhiệm tuyển dụng nhân sự, chấm công và tính lương cho toàn bộ nhân viên của công ty.
Theo khảo sát, đa số các bộ phận đều có một tài xế riêng để đưa rước nhân viên đi làm và phụ trách việc chở hàng.