Do đặc thù về ngành nghề cũng như địa bàn hoạt động rộng khắp cả nước, Công ty hiện áp dụng mô hình quản lý kiểu hỗn hợp, kết hợp giữa mô hình quản lý theo kiểu chức năng với mô hình quản lý theo kiểu tham mưu.
Ban lãnh đạo của Công ty chịu trách nhiệm điều hành chung, quyết định các hoạt động Công ty về đường lối, chính sách, tổ chức, kế hoạch, quản lý kinh tế phù hợp với định hướng và chiến lược của Công ty …Ban lãnh đạo Công ty bao gồm 1 Tổng giám đốc và 4 Phó Tổng giám đốc.
Tồng giám đốc: Ông Ngô Đức Đoàn là người đại diện theo pháp luật của Công ty, chịu trách nhiệm trước Hội đồng thành viên và các cơ quan hữu quan, là người chịu trách nhiệm cao nhất ký các quyết định, đồng thời phụ trách quản lý Phòng tổng hợp và Phòng kiểm toán xây dựng cơ bản.
định chiến lược, kế hoạch ngắn hạn và dài hạn, thực hiện họat động chỉ đạo chuyên môn nghiệp vụ, hỗ trợ tư vấn cho Tổng giám đốc trong việc xây dựng bộ máy tổ chức, phương thức quản lý.
Công ty hiện có 6 phòng nghiệp vụ được phân chia theo mảng nghiệp vụ chuyên trách gồm:
- Phòng Kiểm toán 1 - phòng tư vấn kiểm toán, cung cấp các dịch vụ tư vấn thuế, tài chính, kế toán, kiểm toán…
- Phòng Kiểm toán 2 - phòng kiểm toán các ngành thương mại và dịch vụ, cung cấp các dịch vụ liên quan đến các ngành thương mại dịch vụ.
- Phòng Kiểm toán 3 - phòng kiểm toán các ngành sản xuất vật chất, cung cấp dịch vụ kiểm toán BCTC và dịch vụ tư vấn cho các doanh nghiệp sản xuất vật chất, các doanh nghiệp có nhu cầu xác định giá trị cổ phần hóa…
- Phòng Kiểm toán 5 - phòng kiểm toán các dự án, kiểm toán các dự án do Chính phủ các nước và tổ chức phi chính phủ tài trợ.
- Phòng Kiểm toán XDCB: là phòng duy nhất thực hiện cung cấp dich vụ báo cáo quyết toán vốn đầu tư xây dựng cơ bản hoặc các hạng mục công trình hoàn thành…
- Phòng dịch vụ đầu tư nước ngoài: thực hiện kiểm toán các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài và kiểm toán các dự án.
Ngoài các phòng nghiệp vụ nói trên, Công ty còn có các phòng ban: Ban kiểm soát (có chức năng giúp Hội đồng thành viên rà soát chất lượng Báo cáo kiểm toán và chất lượng hoạt động của các chi nhánh);
Phòng tổng hợp gồm 3 bộ phận chính: Bộ phận hành chính, Bộ phận kế toán, Bộ phận công nghệ thông tin