Việc xây dựng bộ máy ngành thuế cấp Cục theo cơ chế TKTN với khối các phòng có liên quan trực tiếp đến người nộp thuế và khối công việc nội bộ ngành thuế thể hiện hướng xây dựng bộ máy thuế thực sự khoa học, hiện đại, mang tính chuyên sâu hơn và phân định rõ hơn chức năng của từng bộ phận với phương châm: khắc phục tối đa sự chồng chéo, một công việc chủ yếu do một bộ phận thực hiện.
Ghép các bộ phận lại với nhau sao thích hợp hoàn cảnh cụ thể nhưng đáp ứng được yêu cầu chung như: Sáp nhập Phòng kê khai và kế toán thuế với chức năng chủ yếu là kiểm tra tính đầy đủ, pháp lý của hồ sơ khai thuế, nhập dữ liệu và kiểm tra lỗi số học của tờ khai thuế và Phòng Kiểm tra thuế với chức năng kiểm tra hồ sơ khai thuế, phân tích rủi ro về thuế, kiểm tra tại doanh nghiệp thành một phòng mới: Phòng kê khai & kiểm tra hồ sơ khai thuế tại cơ quan thuế với nhiệm vụ của hai phòng kê khai và phòng kiểm tra hợp lại nhưng bỏ nhiệm vụ kiểm tra tại doanh nghiệp của phòng kiểm tra trước đây. Với sự sáp nhập này sẽ tránh được sự chồng chéo trong việc kiểm tra hồ sơ thuế ngay lúc ban đầu và tập trung một đầu mối kiểm tra, giám sát việc kê khai thuế ngay tại cơ quan thuế.
Sửa đổi tên gọi và bổ sung chức năng Phòng thanh tra hiện nay thành Phòng thanh tra, kiểm tra thuế tại doanh nghiệp với chức năng:Giúp Cục trưởng Cục thuế triển khai thực hiện công tác thanh tra, kiểm tra người nộp thuế trong việc chấp hành
pháp luật thuế; giải quyết tố cáo về hành vi trốn lậu thuế, gian lận thuế liên quan đến người nộp thuế thuộc phạm vi Cục Thuế quản lý;
Thành lập Phòng thuế Thu nhập cá nhân để thực hiện Luật thuế TNCN từ ngày 01/01/2009.
Khi thực hiện cơ chế tự khai tự nộp, ngành thuế có điều kiện tập trung nguồn nhân lực vào chức năng thanh tra, kiểm tra. Để đảm bảo thực hiện tốt quản lý thuế theo cơ chế mới chúng tôi kiến nghị tăng biên chế Phòng thanh tra, kiểm tra thuế tại doanh nghiệp tương ứng với 30 % tổng số công chức thuế tại Văn phòng Cục.
Vì vậy, trong giai đoạn hiện nay để thực hiện tốt cơ chế tự khai tự nộp thuế của ĐTNT thì mô hình chức năng của Cục thuế gồm những phòng sau:
- Khối bộ máy liên quan đến đối tượng nộp thuế (gồm 4 phòng): + Phòng Tuyên truyền và hỗ trợ người nộp thuế.
+ Phòng Kê khai & kiểm tra hồ sơ khai thuế tại cơ quan thuế. + Phòng Thanh tra, kiểm tra tại doanh nghiệp.
+ Phòng Cưỡng chế và thu nợ.
+ Phòng thuế Thu nhập cá nhân.
- Khối bộ máy liên quan nội bộ ngành thuế (gồm 5 phòng): + Phòng Tổng hợp dự toán.
+ Phòng Kiểm tra nội bộ + Phòng Tổ chức cán bộ.
+ Phòng Hành chính - Quản trị - Tài vụ - Ấn chỉ. + Phòng Tin học.