Số thuế truy thu và phạt 5 năm là 39,143 tỷ đồng, trong đó: từ doanh nghiệp NQD là 27,379 tỷ đồng, chiếm tỷ lệ 71,44% trên số truy thu và phạt từ doanh nghiệp. Như vậy, khu vực kinh tế tư nhân có mức độ vi phạm cao nhất. Nguyên nhân là do:
Thứ nhất: ý thức chấp hành pháp luật thuế của doanh nghiệp còn hạn chế (Một): Kê khai doanh thu và chi phí không trung thực:
Nhiều doanh nghiệp đã lợi dụng việc thiếu kiểm tra của cơ quan thuế, lập chứng từ hoá đơn không trung thực, kê khai doanh thu thấp hơn thực tế. Hiện tượng phổ biến nhất là khai thấp giá bán và lượng hàng hóa bán ra, để ngoài sổ sách khoản thu phải chịu thuế. Một số doanh nghiệp còn khai chuyển các mặt hàng chịu thuế suất cao sang những mặt hàng chịu thuế suất thấp nhằm nộp thuế thấp hơn so với quy định.
Các doanh nghiệp thường vi phạm trong việc kê khai chi phí, sử dụng hoá đơn bất hợp pháp hợp thức hóa chi phí nhằm trốn thuế GTGT, TNDN.
(Hai): Thành lập doanh nghiệp để kinh doanh trốn thuế:
Các doanh nghiệp NQD (thành lập tự hộ kinh doanh cá thể) thành lập nhưng vốn kê khai chưa đúng, hoạt động kinh doanh chủ yếu bằng tiền mặt, tài khoản ngân hàng nếu mở cũng không có dòng tiền hoạt động, một số doanh nghiệp thành lập để buôn bán hóa đơn, chiếm đoạt tiền thuế GTGT sau đó giải thể, bỏ trốn.
(Ba): Cố tình dây dưa, chậm nộp thuế
Tình trạng dây dưa kéo dài thời gian nộp thuế theo thông báo của cơ quan thuế để chiếm dụng tiền thuế để hoạt động kinh doanh. …
Thứ hai: Do luật thuế còn nhiều kẻ hở để doanh nghiệp lợi dụng trốn thuế
Hệ thống pháp luật về thuế hiện nay đang trong quá trình hoàn thiện, cho nên còn có nhiều kẻ hở cho các loại hình kinh doanh lợi dụng luật định để trốn thuế. Chẳng hạn chưa quy định bắt buộc thanh toán qua ngân hàng, các hoạt động giao dịch kinh tế chủ yếu bằng tiền mặt. Lợi dụng chính sách miễn giảm, ưu đãi thuế để lách thuế thông qua các doanh nghiệp liên kết.
Mặt khác, trong nền kinh tế mở cửa vẫn còn hiện tượng các doanh nhân nước ngoài núp bóng doanh nghiệp trong nước hay lợi dụng chính sách miễn giảm thuế xuất khẩu đối với máy móc, thiết bị góp vốn, lợi dụng những yếu kém về kinh nghiệm ở phía Việt nam để trốn thuế, lách thuế.
Chính những điều đó, ít nhiều gây khó khăn cho công tác thanh tra, kiểm tra thuế; đối chiếu xác minh để tìm ra doanh nghiệp trốn thuế, trong rất nhiều trường hợp doanh nghiệp bỏ trốn trước khi có sự kiểm tra của cơ quan thuế và như thế lại khó khăn trong việc xử lý vi phạm sau kiểm tra.