thực hiện các nghiệp vụ quản lý thu thuế theo quy định của Pháp luật.
Thứ nhất: việc áp dụng các hình thức xử phạt, mức xử phạt đối với hành vi vi
phạm chưa triệt để.
Trong quá trình thanh tra, kiểm tra ĐTNT, ngành thuế Phú Yên tuân thủ những quy định về pháp luật, chính sách thuế. Tuy nhiên, qua kết quả kiểm toán năm 2007 bộc lộ những hạn chế trong công tác quản lý người nộp thuế, thanh tra, kiểm tra phát hiện và xử phạt kịp thời, thể hiện quả kết quả kiểm toán và đối chiếu 11 doanh nghiệp kết quả truy thu 4,6 tỷ đồng, trong đó thuế GTGT là 536 triệu đồng, thuế TNDN là 3,427 tỷ đồng, thuế TNCN là 261 triệu đồng, thu khác 440 triệu đồng.
Thứ hai: công tác tuyên truyền hỗ trợ người nộp thuế còn chưa đều khắp, nội
dung chưa đa dạng, phong phú.
Thời gian qua, công tác tuyên truyền hỗ trợ Người nộp thuế cùng với việc thanh tra, kiểm tra thuế đã góp phần nâng cao tính tuân thủ pháp luật của Người nộp thuế.
Thời kỳ đầu giai đoạn này phòng tuyên truyền hỗ trợ hàng năm có tổ chức đối thoại với người nộp thuế. Tuy nhiên, ba năm gần đây không còn duy trì việc đối thoại với người nộp thuế để tạo cho người nộp thuế có những tâm tư, vướng mắc để cùng nhau giải quyết, tháo gỡ, hoặc từ các cuộc đối thoại phát hiện những bất cập trong công tác quản lý thuế, trong chính sách pháp luật thuế để đề đạt cơ quan thuế cấp trên sửa đổi cho phù hợp.
Là một tỉnh nhỏ, nguồn nhân lực về tài chính - kế toán trình độ còn lạc hậu hoặc đội ngũ những người làm kế toán chưa có kinh nghiệm, không được đào tạo bài bản nên việc thực hiện chứng từ, sổ sách và hạch toán kế toán ở các doanh nghiệp nhất là doanh nghiệp Ngoài quốc doanh chưa đầy đủ, đúng chế độ kế toán dẫn đến việc tính toán kê khai thuế không chính xác nhất là sắc thuế TNDN. Do đó công tác tuyên truyền hỗ trợ phải thực sự đến những doanh nghiệp này. Phòng tuyên truyền hỗ trợ chưa thực hiện hỗ trợ những đối tượng này như mở những lớp tập huấn về chế độ kế toán, tập huấn về chính sách pháp luật thuế cho từng lĩnh vực: XDCB, sản xuất, thương mại dịch vụ…Chứ không đơn thuần tập huấn giới thiệu chính sách thuế mới, trả lời công văn cho từng trường hợp vướng mắc…
Ngoài ra việc cung cấp, thông tin về chính sách, văn bản pháp luật thuế mới cho DN chưa kịp thời, đầy đủ nên còn xảy ra trường hợp các doanh nghiệp chưa thực hiện đầy đủ nghĩa vụ thuế do không biết sự thay đổi chính sách, pháp luật thuế.