Sử dụng các loại phân ủ (compost) có nguồn gốc thực vật cũng là một hướng mới trong phòng trừ tuyến trùng ký sinh thực vật. Sự phân hủy chất hữu cơ sẽ giải phóng các hợp chất gây độc cho tuyến trùng ký sinh. Đặc biệt, sự phân giải các chất từ phế thải thực vật sẽ giải phóng các axit hữu cơ như axetic, propionic và butyric,
nồng độ các chất này có thể được lưu giữ một vài tuần trong đất và có thể giết chết một vài loại tuyến trùng. Chất hữu cơ cũng làm tăng sự phong phú của các nấm ăn thịt tuyến trùng, hiệu quả này thông qua chuỗi thức ăn (vi khuẩn – tuyến trùng ăn vi khuẩn - nấm ăn tuyến trùng) gây ảnh hưởng đến mật độ tuyến trùng ký sinh thực vật [3]. Phân hữu cơ có tác dụng làm tăng sản lượng cây trồng song cũng rất thuận lợi cho sinh sản của các loài tuyến trùng ăn thịt và một số nấm có ích để tiêu diệt các loài tuyến trùng ký sinh thực vật. Bón phân khoáng chống sự hình thành các giai đoạn tuổi của ấu trùng, làm thay đổi đặc tính hóa lý, sinh học của đất tạo điều kiện bất lợi cho tuyến trùng. Bón phân kali cân đối giữa N.P.K bảo đảm cho cây trồng sinh trưởng và phát triển tốt , khả năng chống chịu cao, tạo điều kiện pH trong đất trung hòa kiềm để giảm khả năng sinh sản của tuyến trùng. Phân vi lượng (Bo, Mn, Cu,…) làm giảm tuyến trùng bướu rễ cà chua 50 – 60%, năng suất tăng 30- 40 % (Treskov, 1962) [9].
Các chất phế thải khác nhau có thể bổ sung vào đất làm tăng lượng hữu cơ trong đất như: phân từ các động vật nuôi, bùn cống rãnh, rác thải đô thị, rơm rạ, bèo lục bình, và các phế thải sau thu hoạch, phế thải trong các nhà máy chế biến nông nghiệp các loại phế thải khác sau khi chưng cất dầu (bánh dầu của cây dầu mè, neem), …đều có thể được sử dụng như là nguồn hữu cơ bổ sung cho đất cũng như rất có hiệu quả trong phòng trừ tuyến trùng. Các thí nghiệm ở Nigeria bón các phế thải từ chế biến nông sản như vỏ khô của quả ca cao và vỏ gọt sắn cho phòng trừ tuyến trùng bướu rễ đã mang lại hiệu quả kinh tế cao hơn so với việc sử dụng thuốc hóa học hoặc bón liều lượng cao tổ hợp 3 loại phân hóa học NPK. Thí nghiệm dùng phân chuồng ủ hoại mục bón cho cây hồ tiêu với lượng 20 kg/ gốc tiêu tại xí nghiệp liên hiệp hồ tiêu Tân Lâm Quảng Trị cho thấy mật độ tuyến trùng bướu rễ Meloidogyne
cutin của trứng và giết trứng. Trong quá trình phân giải các chất hữu cơ bằng vi sinh vật đất, các chất chuyển hóa độc tố được giải phóng có khả năng giết chết tuyến trùng thực vật [3].
Khi bón các chất hữu cơ, đặc biệt là cơ chất có tỷ lệ C/N cao cho thấy hoạt tính diệt tuyến trùng và diệt nấm mà tác nhân chính là sự giải phóng ammonia trong quá trình phân hủy chất hữu cơ trong đất, cũng như sự gia tăng mật độ các loài vi sinh đối kháng (Rodrýguez-Ka´bana, 1986; Rodrýguez-Ka´bana và cộng sự, 1987; Spiegel và cs, 1987; Oka và cs, 1993) [33]. Theo Brichfield & Parr (1969) đã ghi nhận hiệu quả kiểm soát tuyến trùng bướu rễ của các cơ chất hữu cơ có hàm lượng nitơ cao. Cơ chế liên quan đến đặc tính kiểm soát tuyến trùng của nitơ được xác định bởi Huebner và cs, (1983), khi bổ sung các hợp chất hữu cơ vào đất có sự chuyển đổi thành khí NH3 của các hợp chất nitơ và nồng độ NH3 cao đã cho thấy hiệu quả tác động giết chết tuyến trùng (Eno và cs, 1955; Rodriguez – Kabana và cs., 1981) [27].
Việc bổ sung cơ chất hữu cơ vào đất đã được chứng minh hiệu quả đáng kể trong kiểm soát nhóm tuyến trùng bướu rễ Meloidodyne, hiệu quả này thay đổi và phụ thuộc vào thành phần chất hữu cơ, chủng loại tuyến trùng, các cây ký chủ, và đặc điểm sinh thái ở từng vùng (Sayre, 1971; Alam, 1976; 1990a; Muller & Gooch, 1982; Badra và cs, 1979; Godoy và cs, 1983a, b). Theo Alam (1976, 1990a) các cơ chất hữu cơ khi phân hủy chúng giải phóng ra rất nhiều hợp chất như phenol, aldehyde và nhiều chất khí khác nhau như ammonia. Sitaramaiah & Singh (1977) cũng ghi nhận sự giải phóng cho nhiều acid béo. Khan (1969) và Hasan (1977) cũng cho thấy có sự giải phóng các amino acid và carbohydrate trong suốt quá trình phân hủy cơ chất hữu cơ. Tất cả các chất này được ghi nhận là có độc tính cao đối với nhiều loài tuyến trùng ký sinh thực vật (Eno và cs, 1955; Khan, 1969; Hasan& Saxena, 1974; Alam, 1976; Sitaramaiah & Singh, 1978b; Alam và cs, 1979; Badra và cs, 1979). Ngoài ra khi bổ sung chất hữu cơ vào đất chúng sẽ kích thích hoạt động của các vi sinh vật như: vi khuẩn, nấm, tảo và một số vi sinh khác (Webster, 1972; Sayre, 1980; Rodriguez – Kabana và cs, 1987). Theo Linford (1937) và Linford và cs, (1938) đề cập đến sự gia tăng mật độ nhóm tuyến trùng hoại sinh khi đất được bổ
sung các cơ chất hữu cơ, họ cho rằng sự bổ sung cơ chất hữu cơ cung cấp các loài vi sinh vật và động vật có hại đối với tuyến trùng bướu rễ.
Sự gia tăng hoạt động của các vi sinh vật có trong đất đã được bổ sung làm tăng hoạt động của hệ enzyme (Rodriguez – Kabana và cs, 1983) sự tích lũy các sản phẩm sau khi phân hủy và chất chuyển hóa của vi sinh vật sẽ tiêu diệt nhóm tuyến trùng ký sinh thực vật (Johnson, 1959; Mankau & Minteer, 1962; Rodriguez – Kabana và cs, 1965; Walker, 1971; Badra và cs, 1979). Quá trình phân hủy cơ chất hữu cơ đóng một vai trò quan trọng trong độc tố đối với tuyến trùng (Alam và cs, 1982; Goswami & Vijayalakshmi, 1987a). Quá trình phân hủy làm thay đổi đặc tính lý hóa và sinh học của đất, mà chính các đặc tính liên quan này có thể làm giảm khả năng lây nhiễm các mầm bệnh [27].