Tầm quan trọng về vấn đề mơi trường địi hỏi những nhà sản xuất cần đánh giá sự tác động của hoạt động sản suất đến mơi trường, đặc biệt là ơ nhiễm nguồn nước và khí quyển.
Các quá trình gọt vỏ, xắt lát và rửa tạo ra một lượng đáng kể nước thải chứa tinh bột và những mảnh vụn vỏ. Trong một số trường hợp, giá trị của tinh bột cĩ thể chi phí cho hệ thống thiết bị thu hồi. Chẳng hạn như một hệ thống đưa dung dịch sệt chứa 3% tinh bột vào một thùng chứa cĩ trang bị các tấm ngăn. Dung dịch sệt này sẽ chảy từ thiết bị điều khiển lưu lượng đi qua một thiết bị sàng lắc hay sàng rung để loại bỏ những mảnh nhỏ và những phần tử vỏ, sau đĩ đi vào thùng chứa. Một dãy hydroclone thường chia chất lỏng thành dung dịch sệt 35% tinh bột và một phần nhiều chất lỏng hơn chảy tràn mà được tái sử dụng về thiết bị xắt lát và thiết bị rửa. Dung dịch sệt sẽ được vận chuyển đến xưởng xử lý tinh bột.
Heat and Control đã xây dựng một hệ thống xử lý chất thải từ chip khoai tây. Chất thải từ nhà máy cĩ thể lên đến 4,000ppm chất thải keo. Đầu tiên chất thải được bơm qua thiết bị sàng để loại bỏ những phần tử lớn nhất và sau đĩ vào một thùng lắng, nĩ được giữ 5 phút ở đây để cho những tinh bột và các phần tử khác cịn lơ lửng kết lắng một phần. Phần chất lỏng trong nhất được lấy ra và đi qua một dãy hydroclone để tập trung những phần tử tinh bột cịn lơ lửng và sau đĩ đưa trở lại thùng lắng. Phần paste tinh bột dày được lấy ra liên tục khỏi thùng lắng bằng một băng tải cĩ bản giằng và chất bẩn sẽ đọng lại trên băng tải bằng vải lọc chân khơng. Phần nước thải được làm sạch cĩ thể tái sử dụng trong một số khâu sản xuất, nhưng do nĩ bao gồm nước cĩ chứa nhiều kiềm từ thùng xử lý masa nên nĩ khơng được dùng cho khâu rửa lát khoai tây.
Những khí bốc lên từ thiết bị chiên cĩ thể gây ơ nhiễm khí quyển nếu khơng được xử lý. Thành phần của khí bốc ra cĩ thể bao gồm cả một lượng đáng kể dầu và các phần tử rắn. Xử lý khối khí đốt đi kèm với một lị đốt đặc biệt hoặc lị đốt phụ để đốt cháy hồn tồn những phần tử cĩ thể cháy được từ thiết bị chiên. Một cách khác là dẫn khí thải trở lại lị đốt để đốt nĩng dầu chiên, bằng cách đĩ cĩ thể chuyển những phần tử hữu cơ thành carbon dioxide và nước. Lưu lượng của khí đốt cĩ thể điều chỉnh ở tỉ lệ khơng lớn hơn lượng khơng khí đốt để bào đảm tất cả các nguyên liệu hữu cơ đã cháy hồn tồn. Hệ thống này cĩ thể kết hợp với thiết bị ngưng để loại bỏ lượng ẩm trong khí thải trước khi khí đốt đến lị đốt để cho lị đốt cĩ thể hoạt động với cơng suất lớn hơn.