3. Nội dung nghiên cứu
1.4.5. Tình hình nghiên cứu DNA ty thể gà trên thế giới
mối quan hệ chủng loại giữa các loài gà rừng, Công , Trĩ, chim Cun cút...dựa trên các phân tích đoạn điều khiển ty thể. Kết quả phân tích đa hình chiều dài các đoạn giới hạn (RFLP) trên vùng điều khiển mtDNA cho phép các tác giả này đƣa ra một sơ đồ phân loại giữa các loài trên. Đồng thời họ đã xác định đƣợc trình tự của 400bp đầu tiên trên vùng điều khiển mtDNA. Kết quả nhận đƣợc đã chỉ ra sự lặp lại của một đoạn khoảng 60bp trên vùng điều khiển mtDNA là điểm đặc trƣng của giống Gallus.
Randi và cộng sự (1997) [19]; Scott(1997) [24] phân tích trình tự của một phân đoạn điều khiển ty thể (đoạn D-Loop)của 2 loài gà lôi đặc hữu ở Việt Nam đã chỉ ra sự khác biệt rất ít ở mức độ phân tử giữa 2 giống gà này.
Năm 1999, Kimball và cộng sự [21] cũng dựa trên sự phân tích đầy đủ của gen cytochrom b (1143 bp) và đoạn siêu biến 1 (350 bp) của vùng điều khiển mtDNA để xác định mối quan hệ chủng loại của một số loài Trĩ và gà Gô. Hai cây phân loại đƣợc xây dựng từ hai hệ thống số liệu nhận đƣợc trên một đoạn trình tự ngắn trên mtDNA cũng cho kết quả khá phù hợp với kết quả phân tích trên toàn bộ gen cytochrom b, điều này cho thấy trình tự vùng điều khiển có đủ cơ sở để phân tích quan hệ chủng loại.
Năm 2001, D.Niu và cộng sự đã tiến hành nghiên cứu nguồn gốc và đánh giá đa dạng di truyền 6 giống gà bản địa của trung Quốc. Họ giải trình tự 539 nucleotide vùng trình tự D-Loop của 6 giống gà, so sánh với trình tự nucleotide của các giống gà G. gallus, G.sonneratii, G.varius, G. lafayettei lƣu giữ trong GenBank và thiết lập cây chủng loại phát sinh giữa các giống. Đồng thời, dựa trên đoạn trình tự phân tích đƣợc họ cũng nhân thấy sự khác biệt đáng kể về mặt di truyền giữa các giống gà chuyên trứng và các giống nuôi với mục đích khác, chủ yếu là do sự khác biệt về dòng mẹ giữa các giống [31].
Năm 2002 Zang và đồng tác giả đã giải trình tự 539 nucleotide đầu tiên trong vùng D-Loop của 6 chủng gà nhà (Gallus gallus domesticus) Trung
Quốc và so sánh dữ liệu này với trình tự DNA của 4 loài khác: Gallus gallus, Gallus sonneratii, Gallus varius, Gallus lafayettei đã đƣợc công bố trong ngân hàng gen quốc tế. Ông đã thiết lập đƣợc mối quan hệ nguồn gốc của chúng dựa trên trình tự vùng D-Loop. Kết quả cho thấy 4 loài thuộc giống Gallus có rất nhiều điểm khác nhau. G. g. domesticus có mối quan hệ thân thuộc nhất với G. gallus của Thái Lan và các vùng lân cận. Nhóm nghiên cứu đã giả thuyết rằng, gà nhà Trung Quốc có thể có nguồn gốc từ loài G.gallus ở các nơi này và hai loài phụ G. g. Gallus, G. g. spadiceus có thể thuộc một loài phụ do tính tƣơng đồng cao giữa chúng [36].
Năm 2003, S. Moulin và cộng sự đã sử dụng 800 bp của đoạn D-Loop và 400 bp của gen cyt b để nghiên cứu sự phát sinh chủng loại của 2 loài gà Lôi Lophura nycthemera và L. leucomelanos. Các kết quả thu đƣợc đã góp phần phân biệt 2 loài trên và đồng thời làm sáng tỏ nguồn gốc của một số loài thuộc 2 loài này [29].
Năm 2003, T. Komiyama và cộng sự cũng dựa trên trình tự đầy đủ của vùng D-Loop để nghiên cứu nguồn gốc tiến hóa và quá trình thuần hóa của 3 giống gà Naganakidori của Nhật Bản. Trên cơ sở cây chủng loại phát sinh xây dựng đƣợc các nhà nghiên cứu cho rằng tuy có nhiều điểm khác biệt đáng chú ý, 3 giống gà trên đều có nguồn gốc từ giống gà chọi Shamo. Kết quả này còn dẫn đến kết luận 3 giống gà đƣợc đƣa từ các vùng lân cận miền Nam trung Quốc hoặc Đông Dƣơng qua Okinawa vào Nhật Bản [22, 23].
Pereira và cộng sự (2004) đã tìm đƣợc ít nhất 13 gen giả (pseudogene hay Numt) trong genome của G.gallus với kích thƣớc dao động từ 131 đến 1733 nucleotide. Đây là các đoạn DNA ty thể đƣợc tìm thấy trong hệ gen nhân của sinh vật nhân thật. Một số trong chúng có nhiều điểm tƣơng đồng với các đoạn trong ty thể. Do đó, chúng có thể đƣợc dùng trong các nghiên cứu mối quan hệ chủng loại và di truyền quần thể sử dụng DNA ty thể làm
đối tƣợng nghiên cứu. Tuy nhiên, ngƣời ta vẫn chƣa xác định đƣợc tần số bắt gặp của Numt cũng nhƣ đóng góp của nó đối với genome trong nhân [33].
Komiya T và đồng tác giả (2004) [23] đã tiến hành phân tích trình tự vùng D-Loop trong ty thể từ mẫu của 9 con gà cảnh đuôi dài và 74 con thuộc gà địa phƣơng của Nhật Bản đồng thời chọn trình tự DNA của 2 loài gà nhà lông đỏ (Jungle Fowl) đã đƣợc công bố trên ngân hàng gen Quốc Tế EMBL/Genbank/DDBJ, làm nhóm ngoại (outgroup). Trên cơ sở đó họ đã thiết lập cây phát sinh và kết quả cho thấy cả 3 chủng Naganakidori có nguồn gốc từ gà chọi Shamo. Các kết quả này đã gợi ý rằng 3 mẫu gà cảnh đuôi dài đều có chung nguồn gốc mặc dù đặc điểm hình thái bên ngoài rất khác nhau. Hơn thế 3 chủng gà đuôi dài đầu tiên đã phân ly từ các con gà chọi Okinawa vốn có nguồn gốc địa lý gần với Nam Trung Quốc và Đông Nam Á hơn so với Honshu/Kyushu Nhật Bản. Điều này dẫn đến giả thiết rằng gà đuôi dài Nhật Bản đầu tiên đƣợc đƣa đến Nhật Bản là gà chọi các vùng lân cận của vùng Nam Trung Quốc và Đông Nam Á. Nhƣ vậy có thể thấy trình tự nucleotide của vùng D-Loop là một công cụ hữu hiệu để đánh giá tính đa dạng di truyền và sự phân hóa bên trong loài và giữa các quần thể địa lý.