Tại buổi tổng kết TTCK năm 2006, Chủ tịch UBCKNN Vũ Bằng đã thừa nhận rằng, quy mô thị trường có quản lý vẫn khá nhỏ so với mức bình quân 30-40% GDP của các nước trong khu vực. Tuy đạt mức 24,4% GDP năm 2006 nhưng thực tế mức độ giao dịch thấp (chỉ khoảng 14%) do Nhà nước còn nắm giữ cổ phần khá lớn trong các công ty niêm yết và số cổ phiếu này không được giao dịch trên thị trường. Ngoại trừ một số công ty lớn, kinh doanh và tăng trưởng tương đối ổn định, phần lớn các công ty niêm yết/đăng ký giao dịch chưa
phải là những công ty tiêu biểu cho các ngành kinh tế, đóng góp lớn vào GDP của Việt Nam. Đáng chú ý là sự tăng trưởng thị trường vẫn mang những yếu tố chưa tích cực, việc đầu tư theo phong trào của các nhà đầu tư cá nhân khá phổ biến, đặc biệt việc đầu tư không trên cơ sở thông tin chính thức là một nguy cơ đối với sự bền vững của TTCK và lợi ích của nhà đầu tư. Số lượng tài khoản đầu tư gia tăng nhanh nhưng chủ yếu là nhà đầu tư mua bán cổ phiếu ngắn hạn, bị chi phối bởi các nhà đầu tư lớn và nhà đầu tư nước ngoài. Tham gia của các tổ chức đầu tư chuyên nghiệp (ngân hàng, bảo hiểm, quỹ đầu tư) còn hạn chế, hiện chỉ chiếm khoảng 20% thị phần.
Đối với hệ thống các tổ chức trung gian và hỗ trợ thị trường hạn chế về năng lực tài chính, quản trị công ty và chất lượng dịch vụ, chỉ có 12/55 công ty chứng khoán có vốn điều lệ từ 100 tỷ đồng trở lên. Mạng lưới các công ty chứng khoán mới chỉ tập trung ở các thành phố lớn, hạn chế cung cấp dịch vụ cho nhà đầu tư rộng khắp trong toàn quốc. Hệ thống công nghệ thông tin lạc hậu, đội ngũ nhân viên hành nghề hạn chế về số lượng và chất lượng, kiểm soát nội bộ, quản trị công ty còn yếu, chất lượng dịch vụ chưa cao, mới chú trọng đầu tư ngắn hạn tìm kiếm lợi nhuận. Khi thị trường mở rộng nhanh thì quy mô các công ty chứng khoán chưa đảm bảo cung cấp dịch vụ một cách bình đẳng, gây phản ứng cho các nhà đầu tư.
Hoạt động TTCK tự do còn ở phạm vi rộng, ước tính gấp đôi thị trường có tổ chức, thiếu tính công khai, minh bạch, không được quản lý và giám sát, khả năng xẩy ra rủi ro cao (như mất khả năng thanh toán, chứng khoán giả, lừa đảo… ) gây bất ổn cho thị trường chính thức và hệ thống tài chính. Trong khi đó việc quản lý giám sát các hoạt động và tuân thủ pháp luật trên TTCK còn nhiều bất cập, đặc biệt là giám sát công bố thông tin, hoạt động của các công ty chứng
khoán, tuân thủ quy chế giao dịch của nhà đầu tư nước ngoài (ĐTNN). Các Quỹ ĐTNN mở các văn phòng đại diện (trước đây do Bộ Thương mại cấp phép) có hoạt động vượt quá chức năng theo giấy phép và chưa chịu sự quản lý, giám sát, không có chế độ báo cáo thông tin. Các tổ chức ĐTNN ủy thác cho cá nhân đầu tư mà không phải thực hiện chế độ đăng ký và báo cáo. Tình trạng trên dẫn đến khó kiểm soát được luồng vốn, rửa tiền, thao túng thị trường... đồng thời gây sức ép lên đồng bản tệ và nguy cơ đảo chiều rút vốn gây khủng hoảng thị trường. Hệ thống và bộ máy giám sát của UBCKNN và các TTGDCK còn hạn chế về năng lực, hiệu quả.
Từ những bất cập đó đòi hỏi chúng ta cần phải có những biện pháp để quản lý thị trường như: nhanh chóng hoàn thiện khung pháp lý, phát triển cung cầu chứng khoán, nâng cao năng lực của các định chế trung gian thị trường, tái cấu trúc thể chế, tăng cường cơ sở hạ tầng thị trường, tiếp tục tuyên truyền đào tạo kiến thức về chứng khoán… Điều này là cần thiết để phát triển một thị trường chứng khoán lành mạnh, đặc biệt đối với những thị trường mới nổi như Việt Nam nhằm tránh những rủi ro, khủng hoảng có thể xảy ra đối với hệ thống tài chính.