Sau gần hai thập kỷ thiết lập quan hệ ngoại giao, và đặc biệt là từ khi Hiệp định khung về hợp tác được ký kết năm 1995, thương mại đã trở thành một trong những lĩnh vực nổi bật nhất trong quan hệ hợp tác giữa Việt Nam và EU.
1 GSP
Việt Nam và EU đã dành cho nhau chế độ đãi ngộ tối huệ quốc (MFN) và EC cam kết dành cho hàng hóa xuất xứ từ Việt Nam chế độ ưu đãi phổ cập (GSP), gia hạn và tăng hạn ngạch nhập khẩu hàng dệt may của Việt Nam. Tuy nhiên, Từ ngày 1-1-2009.Liên hiệp châu Âu (EU) đã thông qua quyết định về việc bỏ quy chế hệ thống ưu đãi thuế quan phổ cập (GSP) đối với mặt hàng giày dép VN Cuộc họp ngày 11.6, các thành viên EU đã bỏ phiếu thông qua Dự thảo ưu đãi thuế quan chung GSP giai đoạn 2009 - 2011 mà EC đề xuất, trong đó mục XII (chủ yếu giày dép) của VN sẽ không được hưởng ưu đãi thuế quan phổ cập GSP của EU nữa. Theo Lefaso VN, ngành da giày là ngành công nghiệp quan trọng của VN, chính sách ưu đãi thuế quan GSP đã đóng góp lớn vào sự tồn tại và phát triển của ngành da giày VN trong các năm qua. Nay nếu bãi bỏ GSP sẽ tác động đến các DN ngành da giày, tốc độ phát triển ngành và nền kinh tế.
Về tác động và thiệt hại khi các sản phẩm giày dép XK của VN sang EU khi không được hưởng ưu đãi GSP, Lefaso cho rằng, bằng việc bãi bỏ GSP thì lợi thế cạnh tranh về giá các sản phẩm da giày của VN sẽ có suy giảm so với các nước khác trong khu vực, do bình quân mỗi đôi giày XK của VN phải tăng thêm thuế nhập khẩu vào EU từ 3,5 - 5%.Hiệp hội Da giày Việt Nam đã cho biết, khi không được hưởng Quy chế ưu đãi thuế quan GSP. Nếu tính theo kim ngạch xuất khẩu năm 2007 vào EU của mặt hàng này là 2,19 tỷ USD thì khi áp thuế, Việt Nam sẽ mất thêm 109,9 triệu USD. Ngành có 700 doanh nghiệp, 70% là doanh nghiệp nước ngoài, với 1 triệu lao động và khoảng 30% lao động sẽ bị ảnh hưởng bởi quyết định của EC. Theo quy định, thuế ưu đãi GSP được xây dựng trên cơ sở minh bạch, công bằng và không phân biệt đối xử, nhằm giúp đỡ các nước đang phát triển bị phụ thuộc vào một vài ngành hàng xuất khẩu.
2 Hiệp định PCA
Hiệp định PCA mới giữa EU và Việt Nam sẽ thay cho Hiệp định khung về hợp tác ký năm 1995 đã hết hạn. Đây là hiệp định được xây dựng trên cơ sở hai bên cùng có lợi,
mở rộng hơn nhiều so với Hiệp định khung năm 1995, bao gồm nhiều lĩnh vực mới như nhập cư, chống tội phạm, chống khủng bố, ngăn ngừa vũ khí giết người hàng loạt...Ngoài kinh tế, PCA cũng là một hiệp định hợp tác về rất nhiều lĩnh vực quan trọng khác như trao đổi khoa học công nghệ và nghiên cứu. Trong khuôn khổ PCA, hai bên đối tác để bàn bạc không những về những khoản viện trợ mà EU sẽ tiếp tục dành cho Việt Nam hay về cách để Việt Nam sử dụng hiệu quả các khoản viện trợ đó, mà còn về những lợi ích khác mà cả EU và Việt Nam đều quan tâm .“Đối với Việt Nam, PCA là khởi đầu cho một giai đoạn phát triển mới trong quan hệ với EU, bỏ lại đằng sau mối quan hệ phụ thuộc để hướng tới một quan hệ đối tác bình đẳng hơn”, bà Sandra Callagan, Trưởng ban Chính trị, Kinh tế và Thương mại thuộc Phái đoàn EC tại Việt Nam đã nói về PCA như vậy.
Mới đây, Ủy ban châu Âu (EC) đã thông qua Chiến lược hợp tác với Việt Nam trong giai đoạn 2007-2013 với khoản ngân sách trị giá 430 triệu USD tập trung hỗ trợ các kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội của Việt Nam. Dự kiến tăng trưởng thương mại hai chiều vượt mức 20% và đạt 15 tỷ USD vào năm 2010. Đó là những con số dự báo hết sức ấn tượng cho sự phát triển quan hệ Việt Nam – EU trong tương lai.
3 Thuế quan
EU áp thuế chống bán phá giá đối với giầy mũ da hay hạn chế nhập khẩu mặt hàng cá da trơn của Việt Nam do phát hiện dự lượng kháng sinh bị cấm. Hiện nay, 33 mã hàng giày thể thao và giày mũ da bị áp thuế chống bán phá giá, các chủng loại khác vẫn được hưởng ưu đãi thuế quan của EU và không bị hạn chế về số lượng