Để phân tích quá trình duy trì, phát biểu hay loại bỏ các giản đồ Gen có trong một tập hợp dân cư ban đầu, cần phân tích tác động của các toán tử sinh sản, giao hoán và đột biến đối với các giản đồ Gen trong một tập hợp dân cư.
Cho một chuỗi ký tự A được biểu diễn bằng mã nhị phân V = {0,1} và các cá thể nằm trong chuỗi A với các vị trí là ai, i = 1,…, N (N là số tự nhiên). Giả sử chuỗi ký tự A có độ dài = 7 là A = {0111000} và ta có thể biểu diễn dưới dạng
A = a1a2a3a4a5a6a7. Mỗi một ai đại diện cho một mã nhị phân có giá trị là 1 hoặc 0. Như vậy A có thể sắp xếp theo thứ tự khác ở trên A =a1a6a7a2a3a4a5 mà không ảnh hưởng đến các cấu trúc. Cách biểu diễn này sẽ khai thác được điểm mạnh của việc tách được giá trị của từng cá thể ai với vị trí của chúng. Thuật toán biến đổi Gen thực hiện biến đổi trên một tập hợp các chuỗi do vậy chúng sẽ tập trung vào một tập hợp các chuỗi riêng biệt Aj, j = 1, 2,…., n có trong tập hợp dân số X(t) tại thời điểm t. Như vậy một tập hợp dân cư sẽ bao gồm nhiều cá thể khác nhau, mỗi cá thể được biểu diễn bằng các cấu trúc chuỗi khác nhau (các nhiễm sắc thể khác nhau), mỗi một nhiễm sắc thể sẽ tạo thành các chuỗi Gen và ta có khái niệm về giản đồ Gen ở phần trước.
Giả sử ta xét một giản đồ gen H được biểu diễn bằng 3 ký tự V = {0,1,*}. Trong đó (*) là ký hiệu "có thể thay đổi được" và có thể nhận giá trị 0 hoặc 1. Giản đồ Gen H = *11*0** có độ dài = 7, ta thấy chuỗi A = {0111000} là một trường hợp của H. Bởi vì giữa H và A có các giá trị giống nhau ở các vị trí bít 2, 3 và 5. Phần trên ta thấy rằng có dạng giản đồ chứa 3lcấu trúc khác nhau nếu sử dụng 3 ký tự {0, 1, *} và nếu biểu diễn bằng k ký tự thì ta có
) 1
(k+ nhưng cũng có trường hợp chỉ có 2 đến n.2 cấu trúc khác nhau. Qua một số dạng cơ bản của giản đồ Gen có thể thấy được độ lớn của lượng thông tin mà thuật toán GA cần xử lý. Như vậy để thu hẹp được phạm vi tìm kiếm ta phải phân biệt được các loại giản đồ gen khác nhau.
Các giản đồ Gen được tạo ra bằng nhiều cách khác nhau. Một vài dạng giản đồ Gen dạng {011*1**} là có tính chính xác rõ ràng hơn giản đồ Gen dạng {0******}. Một số giản đồ Gen lại chứa đựng số lượng cấu trúc lớn hơn các giản đồ Gen khác, ví dụ giản đồ {1****1*} chứa đựng nhiều cấu trúc hơn giản đồ gen {1*1****}. Để phân biệt được sự khác biệt này ta có hai khái niệm liên quan đến thuộc tính của giản đồ Gen là bậc od(.) và độ dài δ (.) của giản đồ Gen.
• Bậc của giản đồ Gen od(.): Bậc của một giản đồ Gen là số lượng các vị trí cố định trong giản đồ Gen. Với chuỗi biểu diễn bằng mã nhị phân thì bậc là số lượng của bít 1 và 0. Ví dụ giản đồ Gen {011*1**} có bậc là 4 hay od {011*1**} = 4 và od {0******} = 1.
• Độ dài của giản đồ Gen δ (.): Là khoảng cách giữa vị trí của bít cố định thứ nhất đến bít cố định cuối cùng. Ví dụ với giản đồ Gen {011*1**} ta có δ (011*1**) = 4 (vì bít đầu ở vị trí thứ nhất 1 và bít cố định cuối cùng ở vị trí thứ 5 do đó khoảng cách giữa chúng là 5 - 1 = 4) và với giản đồ Gen {0******} thì δ = 0.
Giản đồ Gen và các thuộc tính của chúng được sử dụng để phân loại các chuỗi có cấu trúc giống nhau, ngoài ra các thông tin này còn cho biết mức độ tác động của quá trình sinh sản và các toán tử của thuật toán GA đối với số lượng các giản đồ Gen trong quá trình tìm kiếm.