So với tiềm năng phát triển và nhu cầu vốn đầu tư của nền kinh tề cũng như kinh nghiệm phát triển TTCK ở các nước trong khu vực, TTCK Việt Nam vẫn bộc lộ những hạn chế nhất định:
Thứ nhất, hàng hóa trên TTCK chưa đa dạng về chủng loại nên chưa hấp dẫn nhà đầu tư.
Tính đến tháng 8/2008, tại SGDCK chỉ có 156 cổ phiếu được niêm yết trên tổng số hơn 400 công ty đủđiều kiện niêm yết. Mặt khác, hầu hết các công ty đã được niêm yết là những doanh nghiệp vừa và nhỏ nên chưa thu hút sự quan tâm mạnh mẽ của nhà đầu tư. Đối với chứng khoán nợ, chủ yếu là trái phiếu chính phủ tham gia TTCK; thị trường trái phiếu doanh nghiệp còn nhỏ so với tiềm năng, con số này mới là 11% thị trường trái phiếu và 2% GDP, chủ yếu là trái phiếu NHTM và quỹđầu tư.
Năm 2006 Nghị định số 52/NĐ- CP về phát hành trái phiếu doanh nghiệp đối với doanh nghiệp Nhà nước, công ty cổ phần, công ty trách nhiệm hữu hạn, doanh nghiệp có vốn nước ngoài, thị trường trái phiếu doanh nghiệp trở nên sôi động hơn với trái phiếu của Tổng công ty điện lực EVN, Sông Đà, Vinashin…Tuy nhiên, thị trường trái phiếu doanh nghiệp vẫn thiếu các công cụ hỗ trợ phát hành như tư vấn, bão lãnh
phát hành, định mức tín nhiệm…Vì vậy, mặc dù các doanh nghiêp rất thiếu vốn song việc tận dụng kênh huy động vốn này chưa mặn mà với các điều kiện phát hành cao theo Luật Chứng khoán. Đặc biệt là chưa có các công cụ tài chính khác để đa dạng hoá các loại hàng hóa giao dịch.
Thứ hai, số lượng nhà đầu tư chứng khoán còn hạn chế.
Số tài khoản của nhà đầu tư tính đến tháng 8/2008 là 349.402 tài khoản, trong đó số tài khoản cá nhân trong nước là 339.678 tài khoản chiếm 97,22% bình quân hơn 260 người dân mới có một người tham gia chứng khoán. Số lượng là đầu tư tổ chức cả trong và ngoài nước là 1.586 tài khoản, chỉ chiếm 0,45%. Như vậy, với số lượng nhà đầu tư cá nhân trong nước tham gia thị trường là chủ yếu và với quy mô vốn nhỏ, kiến thức hạn chế, thông tin không được tiếp cận đầy đủ nên dễ bị chi phối tâm lý trong giao dịch, khiến thị trường có những diễn biến bất thường, khó dựđoán. Ngoài ra, con số tài khoản thường xuyên giao dịch trên thị trường là rất ít. Theo thống kê của Trung tâm Lưu ký và thanh toán bù trừ thì con số này tại thời điểm hiện nay là khoảng 5% số tài khoản trong tổng số tài khoản thường xuyên giao dịch.
Thứ ba, hệ thống pháp lý còn thiếu và chưa đồng bộ.
Mặc dù đã có Luật chứng khoán, song nhiều nghiệp vụ hiện đại chưa được quy định như giao dịch bán khống, giao dịch các chứng khoán phái sinh. Ngoài ra, một số nghiệp vụ đã quy định nhưng còn thiếu những thông tư hướng dẫn thi hành như cho vay cầm cố chứng khoán, giao dịch ký quỹ. Bên cạnh đó, hệ thống văn bản pháp luật liên quan đến thị trường thiếu đống bộ và vẫn còn nhiều bất cập như chính sách ưu đãi thuế cho công ty niêm yết, tỷ lệ nắm giữ của nhà đầu tư nước ngoài,vv… Nhìn chung các giải pháp phát triển thị trường chưa đồng bộ, nhiều chính sách, chế độ như tham gia của bên nước ngoài, chính sách thuế đối với công ty niêm yết, chếđộ kế toán đối với công ty quản lý quỹ và quỹ đầu tư ban hành chưa rõ ràng còn sơ sài, chính sách quản lý ngoại hối vẫn còn những hạn chế bất cập nhất định.
Thứ tư, công tác tuyên truyền và phổ cập kiến thức về chứng khoán chưa
được quan tâm đúng mức.
Đào tạo và phổ cập kiến thức vẫn chưa đáp ứng được yêu cầu phát triển của thị trường. Do đó, nhà đầu tư thường bịảnh hưởng bởi tâm lý đầu tư mua bán theo phong trào. Điều này được minh chứng bởi hiện nay, mặc dù thị trường đã điều chỉnh rất sâu,