Theo Quyết định số 1313/QĐ-BYT của Bộ y tế - Cục quản lý khám chữa bệnh về hướng đẫn quy trình khám bệnh tại bệnh viện tính đến tháng 6/2014, cả nước có 1.358 bệnh viện. Trong đó, bệnh viện công lập là chủ yếu, bao gồm 1188 bệnh viện, chiếm tới 87,4% tổng số bệnh viện. Bệnh viện công lập thuộc nghành y tế quản lý bao gồm 1157 bệnh viện, được chia thành 3 tuyến: tuyến trung ương, tuyến tỉnh, tuyến huyện. Số lượng bệnh viện ở 3 tuyến có
Sự gia tăng nhanh chóng của chất thải y tế là một vấn đề cần được quan tâm và có biện pháp xử lý triệt để. Tuy nhiên, theo thống kê đến năm 2019 chỉ có 40% bệnh viện có lò đốt hiện đại để xử lý chất thải rắn y tế, 30% bệnh viện sử dụng lò đốt thủ công. Việc sử dụng các lò đốt chất thải y tế không đúng quy định có nguy cơ gây ô nhiễm môi trường. Hiện nay, xu hướng thế giới đang loại bỏ dần công nghệ đốt vì có thể thải ra những chất độc hại như: dioxin, furan hoặc những chất hữu cơ khó phân hủy khác, đồng thời thay thế bằng những công nghệ đốt tiên tiến thân thiện với môi trường. Bên cạnh đó việc xử lý chất thải cũng tồn tại những rủi ro, nguy cơ gây ô nhiễm môi trường nếu không quản lý giám sát chặt chẽ tại các cơ sở y tế tuyến huyện, xã, chất thải rắn y tế nguy hại được xử lý bằng các phương pháp đa dạng, phong phú với nhiều loại hình thiết bị khác nhau và khó kiểm soát.
Một số khảo sát về tình hình thực hiện quy chế quản lý chất thải y tế tại các cơ sở khám chữa bệnh công lập đã chỉ ra một số bất cập trong công tác quản lý chất thải y tế tại Việt Nam. Kết quả điều tra của viện Pasteur Nha Trang và 11 trung tâm y tế dự phòng khu vực duyên hải miền trung từ 11/2010 tới 11/2011 tại 158 bệnh viện công lập các tuyến và tư nhân đã cung cấp các số liệu như sau: khối lượng chất thải rắn phát sinh tại các bệnh viện trong khu vực này khoảng 4 tấn chất thải y tế nguy hại và 9.500m3 nước thải ngày đêm, chỉ có 37,7% vị trí quan sát trong các bệnh viện có thùng và túi chứa chất thải khác đạt yêu cầu, 75% bệnh viện có nhà lưu trữ chất thải y tế nhưng không có nhà lưu trữ nào đạt yêu cầu theo quy định; tỉ lệ các bệnh viện sử dụng phương án đốt chất thải y tế gần 70%, tuy nhiên chỉ có 27% số lò đốt rác được cấp phép hoạt động, 545 bệnh viện thực hiện xử lý ban đầu với chất thải y tế có nguy cơ ô nhiễm cao, chỉ có 24% bệnh viện có kế hoạch về chất thải, 38% bệnh viện có đăng kí chủ nguồn thải, 47% bệnh viện có báo cáo định kỳ với cơ quan quản lý môi trường địa phương. Đồng thời năng lực cán bộ vận hành và quản lý các lò đốt rác và xử lý nước thải còn hạn chế.
Khảo sát của viện Vệ sinh- Y tế công cộng TP. Hồ Chí Minh về công tác quản lý chất thải y tế tại 22 bệnh viện khu vực phía nam cũng cho thấy công tác phân loại thu gom, vận chuyển và lưu trữ chất thải y tế vẫn còn nhiều bất cập. Cụ thể: có 6/22 bệnh viện sử dụng túi đựng chất thải, 2/22 bệnh viện có thùng đựng chất thải và 5/22 bệnh viện có dụng cụ đựng chất thải sắc nhọn theo đúng quy định, 43/2007/QĐ- BYT, việc vận chuyển chất thải y tế và chất thải sinh hoạt bằng xe chuyên dụng chỉ thực hiện tại 12/22 bệnh viện. Hầu hết khu lưu trữ chất thải bệnh viện không đảm bảo điều kiện vệ sinh. Để thực hiện công tác quản lý chất thải y tế Bộ y tế đã ban hành quy chế quản lý chất thải, năm 2011 thủ tướng chính phủ cũng đã ban hành quyết định số 2038/ QĐ-TTg ngày 15/11/2011 phê duyệt tổng thể xử lý chất thải y tế giai đoạn 2011- 2015 và định hướng đến năm 2020 với mục tiêu là tới năm 2015 , 100% các cơ sở y tế tuyến trung ương, tỉnh, các cơ sở y tế cá nhân và 70% các cơ sở y tế tuyến huyện thực hiện xử lý chất thải rắn y tế đảm bảo tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về môi trường. Trong đó đến hết 2012, 100% các cơ sở y tế gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng thực hiện xử lý chất thải rắn đảm bảo tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về môi trường; 30% các cơ sở y tế còn lại ở tuyến huyện và 100% các trạm y tế, chất thải rắn nguy hại tại các cơ sở này được xử lý ban đầu trước khi thải ra môi trường.