Một đặc điểm nổi bật trong thời kỳ này là khi chiến tranh với chúa Trịnh xẩy ra, chúa Nguyễn phải điều động quân lính và dân binh ở các dinh phía trong ra trấn giữ. Chiến tranh kéo dài và chia làm nhiều đợt nên số quân binh ra ngày càng đông. Số quân binh này khi chiến tranh thì phục vụ quân đội các dinh, đội, thuyền, khi tạm ngưng chiến họ tham gia sản xuất. Một số đơn vị chúa Nguyễn sau này biến thành các làng xóm nhất là ở các vùng có chiến sự ở vùng sông Nhật Lệ như làng Trung Nghĩa, Hữu Cung, Tiền Thiệp, Kiên Bính, Bình Phúc.v.v. Bên cạnh việc di dân người vùng trong ra Quảng Bình nói trên lại có việc di dân người Quảng Bình vào các dinh phía Nam một do đời sống khó khăn, chiến tranh phiêu bạt và nhất là cuộc di dân theo chủ trương của chúa Nguyễn vào khai phá vùng Đồng Nai, Gia Định khi Ngyễn Hữu Cảnh lập các dinh Trấn Biên và dinh Phiên Trấn cuối thế kỷ XVII.
Trong thời các chúa Nguyễn, mặc dù công cuộc khai thiết đã có những bước tiến so với các thời kỳ trước đây, song do chiến tranh liên miên đời sống nhân dân vùng Quảng Bình vô cùng khó khăn, thiếu thốn. Trong Việt sử xú Đàng Trong, tác giá Phan Khoang viết: “ Trong cuộc chiến tranh với họ Trịnh non nửa thế kỷ, chỉ dân dinh Ngói, dinh Mười ngày nay là chịu nạn binh lửa, còn các dinh khác thì chỉ cấp binh lính mà thôi.”32 Đó là nạn lao dịch, bắt lính, đói kém mà trong suốt thời kỳ chiến tranh nhân dân Quảng Bình ở cả phía Bắc của chúa Trịnh và phía Nam của chúa Nguyễn phải chịu đựng. Ngoài nạn binh lửa, nhân dân Quảng Bình phải chịu đựng nhiều thiên tai, bào lụt, mất mùa, đói kém. Mặc dù các chúa Nguyễn đã có giảm sự đóng góp phần nào cho người dân vùng có chiến tranh nhưng chế độ “sưu thuế nặng nề, quan lại rất nhiều nha môn nhũng nhiễu, những kẻ sai phái của bề trên quyền thế ức hiếp, nên không khỏi có người thất sở, xiêu tán”. Tuy có chế độ tuyển quân và phép duyệt tuyển lựa chọn hạng dân phải đi lính nhưng nạn bắt lính sung quân diễn ra khá gay gắt, quyết liệt: “ Cứ mỗi năm vào khoảng tháng 3, tháng 4, quân nhân ra các làng bắt dân 16 tuổi trở lên, thể chất cường tráng, xiềng cổ bằng một cái gông tre, hình như cái thang nhưng hẹp hơn, đem về sung quân, cho học một nghề chuyên môn, học thành nghề rồi phân bát vào đội chiến thuyền để luyện tập, lúc hữu sự ra trận đánh giặc, vô sự bắt làm công dịch trong quan phủ, chưa được 60 tuổi chưa cho về làng, vì thế dân còn lại ốm yếu, bệnh tật ít có người tráng kiện33”
Trên đất Quảng Bình, không chỉ ở Đàng Trong của chúa Nguyễn mà ở Đàng Ngoài, châu Bắc Bố Chính của chúa Trịnh nhân dân cũng phải chịu lao dịch, thuế hóa nặng nề và nạn bắt lính cũng diễn ra không kém phần gay gắt.