Những hạn chế trong hoạt động quản lý nhà nước về an toàn vệ sinh thực phẩm ở huyện Quảng Xương hiện nay chủ yếu là về việc xây dựng, ban hành các văn bản pháp luật. Các văn bản pháp quy, các quy định về ATTP còn chưa thật đầy đủ, thiếu
đồng bộ, chưa theo kịp sự phát triển của đất nước và vẫn còn tình trạng chồng chéo. Các quy định pháp luật vẫn chưa đi sâu vào thực tiễn. Việc chỉ kiểm tra các đề mục giấy tờ mà không có biện pháp để đánh giá sản phẩm công bố của doanh nghiệp cho thấy, việc công bố giấy phép ATTP hoàn toàn là thủ tục hành chính, không đánh giá được sản phẩm có an toàn cho người sử dụng hay không.
Bên cạnh đó, lực lượng cán bộ quản lý ATTP còn thiếu về số lượng và yếu về chuyên môn; lực lượng thanh tra hiện còn quá mỏng. Việc phân công trách nhiệm chưa được rõ ràng dẫn đến tình trạng ỷ lại, trốn tránh trách nhiệm của một bộ phận nhỏ cán bộ quản lý. Đầu tư kinh phí cho công tác quản lý ATTP còn rất thấp. Công tác phối hợp giữa các cơ quan qyarn lý nhà nước về ATTP còn hạn chế dẫn đến nhiều vụ việc các cơ quan xử lý khác nhau và không có sự phối hợp trao đổi thông tin ảnh hưởng đến hiệu quả quản lý. Sự phối hợp của chính quyền địa phương trong kiểm tra, giám sát ATTP chưa chặt chẽ, thiếu tính thống nhất.
Quy định xử phạt với hành vi không có Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện ATTP. Tuy nhiên, Thông tư 47/2014/TT-BYT ngày 11/12/2014 của Bộ Y tế, Hướng dẫn quản lý ATTP cơ sở kinh doanh dịch vụ ăn uống không có Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh là cấp “Bản cam kết bảo đảm ATTP đối với cơ sở dịch vụ ăn uống”. Vì vậy, không thể xử phạt vi phạm hành chính khi các cơ sở này không ký cam kết với cơ quan quản lý về ATTP.
Hoạt động thanh tra kiểm tra đôi khi còn hạn chế. Nhiều lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý của ngành hầu như chưa được tiến hành thanh tra, kiểm tra... Cơ chế phối hợp giữa thanh tra chuyên ngành với các cơ quan quản lý thị trường, UBND các cấp và các cơ quan, tổ chức có liên quan đến công tác thanh tra chuyên ngành ATTP chưa được
quy định cụ thể khiến cho hoạt động thanh tra, kiểm tra đối với ATTP còn nhiều bất cập nhất định.
Một số nguyên nhân dẫn đến hạn chế trên là:
Thứ nhất, trình độ, quy mô sản xuất, chế biến thực phẩm chủ yếu là chế biến thủ công, hộ gia đình, cá thể. Vì vậy, điều kiện vệ sinh, an toàn thực phẩm của các cơ sở chế biến thực phẩm loại này thường không đảm bảo yêu cầu theo quy định.
Thứ hai, có đến ba cơ quan quản lý là Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn, Bộ Y tế và Bộ Công Thương nhưng hiện vẫn còn một số lĩnh vực thiếu sự phân định rõ ràng về trách nhiệm quản lý của từng cơ quan.
Thứ ba, một số văn bản pháp luật còn mâu thuẫn, chồng chéo do chịu sự quản lý của nhiều cơ quan; tính ổn định chưa cao khi có những văn bản phải sửa đổi, bổ sung hoặc bãi bỏ trong thời gian ngắn sau khi được ban hành hoặc các lĩnh vực thay đổi cơ quan quản lý (từ Bộ Y tế sang Bộ Công thương) gây khó khăn cho các chủ thể kinh doanh cũng như công tác kiểm soát của cơ quan chức năng.
Thứ tư, đội ngũ thực thi về an toàn vệ sinh thực phẩm còn hạn chế, chưa làm tròn trách nhiệm, thiếu thốn trang thiệt bị kiểm tra, kiểm nghiệm.
Thứ năm, công tác tuyên truyền pháp luật chưa được đẩy mạnh thường xuyên mà chỉ tập trung chủ yếu vào các thời điểm phát động phong trào.