Trong tổ chức thực hiện: giai đoạn thực hiện đầu tư xây dựng nói chung hay một nhà máy thủy điện kéo dài từ 2-4 năm. Đây là giai đoạn có thể nảy sinh nhiều phát sinh nhất, tác động tiến độ, chất lượng, chi phí của dự án.
2.5.2.1.Thiết kế kỹ thuật thi công:
Như đã nêu trong đặc trưng đầu tư dự án thủy điện vừa và nhỏ, thì các công trình thủy điện là công trình riêng rẽ, cùng một công suất nhưng tùy thuộc địa hình, điều kiện mà khối lượng máy móc, cấu trúc nhà máy, phương pháp thi công cũng khác nhau. Do vậy công tác thiết kế kỹ thuật thi công có vai trò quyết định và tiềm ẩn nhiều rủi ro phát sinh. Đáng lưu ý nhất là chất lượng thiết kế và tiến độ. Thiết kế có thể không phù hợp với đặc điểm điều kiện dẫn tới không có khả năng thực hiện. Ngoài ra trong thiết kế còn phải kể đến làm tổn thất, lãng phí nguồn vốn hay là không tận dụng được hết điều kiện sẵn có. Nguyên nhân trước hết là năng lực của đơn vị thiết kế, sau đó là phương thức tổ chức sản xuất - căn cứ chủ yếu vào báo cáo khảo sát mà không có sự thực tế dẫn tới áp đặt, sao chép khuôn mẫu từ dự án trước. ( nhất là phần thiết bị)
Nhưng đối với thuỷ điện vừa và nhỏ hiện nay, do nhiều chủ đầu tư không nghiên cứu, khảo sát kỹ lưỡng để có những phương án thi công tối ưu nên đã phát sinh nhiềudo yếu tố trượt giá, dokhó khăn do địa hình là đa số các dự án thuỷ điện vừa và nhỏ đều nằm ở đầu nguồn hạ tầng giao thông chưa phát triển.
2.5.2.3. Nguồn vốn
Mặc dù gọi là các dự án ''vừa và nhỏ" nhưng đầu tư phát triển thuỷ điện đòi hỏi vốn lớn (suất đầu tư bình quân cho mỗi MW vài chục tỷ đồng) Đây là số vốn không nhỏ đối với bất cứ một đơn vị nào. Việc khó khăn về vốn là nguyên nhân chính dẫn đến tiến độ thi công chậm, nhiều dự án bị ''treo''Tất cả dự án đều trông chờ vào nguồn vốn vay ngân hàng, nhưng theo quy định của ngân hàng thì ngân hàng chỉ cho vay tối đa 70%vốn đầu tư, vốn tự có từ 30%. Tuy nhiên, ngay cả đơn vị có tiềm lực tài chính tốt thì có khoảng 10-20%vốn đầu tư, nên thường thành lập Công ty cổ phần huy động thêm từ các cổ đông để có đủ 30% vốn tự có. Đối với đơn vị có thương hiệu lớn việc huy động 30% vốn từ cổ đông là không mấy khó khăn, còn đơn vị mới tham gia đầu tư thủy điện nếu không có phương án quảng bá từ đầu thì vốn sẽ trở thành yếu điểm có thể làm cho dự án trở thành không khả thi.
Ngay cả khi chủ đầu tư đã có đủ số vốn đối ứng, không phải khi nào việc vay vốn ngân hàng cũng xuôi chèo mát mái. Việc Ngân hàng tắc vốn, chậm giải ngân hoặc đòi hỏi quá nhiều giấy tờ quyết toán là rủi ro thường xuyên có tác động lớn dẫn tới dự án bị chậm tiến độ. Điều này xảy ra ở hầu hết tất cả các dự án. Tỉnh Sơn La hiện đã qui hoạch trên 30 dự án thủy điện vừa và nhỏ, riêng huyện Mộc Châu qui hoạch 13 dự án, nhưng số dự án đã khởi công chỉ đếm trên đầu ngón tay. Tuy là là tỉnh luôn coi thuỷ điện nhỏ là mục tiêu hàng đầu nhưng cũng không ít công trình đã khởi công phải tạm dừng vì thiếu vốn.
2.5.2.4. Năng lực quản lý của chủ đầu tư:
Những dự án thủy điện khẳng định sự đa dạng trong sản xuất, kinh doanh của các doanh nghiệp, đặc biệt là đối với các đơn vị kinh tế lớn đã và đang xây dựng tập đoàn, muốn khẳng định thương hiệu trong lĩnh vực kinh tế then chốt như thuỷ điện. Tuy vậy việc quản lý dự án đầu tư xây dựngcó nhiều tính đặc thù như công trình thủy điện thì cần không chỉ đòi hỏi nhiều kiến thức chuyên môn mà còn đòi hỏi kinh nghiệm quản lý. Nhiều đơn vị do không đủ kinh nghiệm đã phải chịu chi phí rất đắt cho những dự án thủy điện. Sự yếu kém thể hiện ngay từ việc triển khai công việc đến việc đánh giá năng lực các nhà thầu, phối hợp giữa các nhà thầu, ứng phó những bất trắc xảy ra.
2.5.2.5.Nhà thầu
Nhà thầu không có kinh nghiệm, không đủ trang thiết bị thi công. Phương án thi công không tối ưu dẫn tới thiệt hại cho chủ đầu tư. Đặc biệt có dự án nhà thầu không chịu điều kiện vất vả tại công trường đã tự ý phá bỏ hợp đồng. Theo kinh nghiệm hiện nay của chủ đầu tư, thì chỉ có đơn vị xây lắp của Tổng công ty Điện lực Việt Nam (EVN) và Tổng công ty xây dựng Sông Đà là có đủ năng lực, máy móc để thi công và xử lý kỹ thuật của dự án thủy điện do đã tham gia dự án thủy điện lớn như Hòa Bình, Yaly,… còn lại đa số các nhà thầu mới chỉ dựa chủ yếu trên kinh nghiệm xây dựng công trình dân dựng và công nghiệp khác.
Ở các đơn vị nhà thầu, việc xây dựng hồ sơ dự thầu và lực lượng thi công thực hiện chính là không cân xứng lại cộng sự kém chuyên nghiệp trong quản lý của chủ đầu tư khiến cho tiến độ, chất lượng của dự án luôn chậm và kém so yêu cầu đạt ra.
Nhà máy thủy điện có khối lượng thi công và máy móc thiết bị rất lớn. Điều kiện địa hình xa xôi lại kết hợp khí hậu không thuận lợi nên việc tính toán hàng dự trữ hết sức khó khăn. Nếu chủ đầu tư và nhà thầu không tính toán chặt chẽ tiến độ, dự báo nhu cầu xây dựng thì sẽ đối mặt sự thay đổi của giá nguyên vật liệu đầu vào dẫn tới tổng mức vốn đầu tư tăng lên và dự án không còn hiệu quả.
2.5.2.7. Điều kiện tự nhiên:
Đây là rủi ro bất khả kháng xảy ra với tần số cao đối với dự án thủy điện. Đó là lũ quét, sạt lở đất đá, Những thiên tai này xảy ra nhẹ thì làm chậm tiến độ dự án, nặng thì gây thiệt hại về người thiết bị, nghiệm trọng hơn có thể phải xem lại tính khả thi của dự án.