*Phát triển không đồng đều giữa các ngành và các vùng miền.
Mục tiêu của các công ty xuyên quốc gia là lợi nhuận, doanh số và ưu thế cạnh tranh. Nó thường xuyên mâu thuẫn với mục tiêu, chiến lược chung về phát triển kinh tế xã hội của Việt Nam là tăng trưởng đồng đều, cao và bền vững. Vì vậy các công ty xuyên quốc gia thường lựa chọn đầu tư vào các lĩnh
vực, các vùng miền có thị trường lớn, bảo toàn được vốn và thu được lợi nhuận cao, còn các ngành, các vùng có lãi suất thấp, yêu cầu đầu tư vốn lớn, chuyển vốn chậm không thu hút được các công ty xuyên quốc gia. Điều này dẫn đến sự phân bổ không đồng đều của sự đầu tư của TNC giữa các vùng miền và các ngành kinh tế. Dẫn đến sự phát triển kinh tế không đồng đều giữa các vùng miền và các ngành kinh tế.
Ví dụ : Tỉ lệ đầu tư lớn nhất dành cho các vùng kinh tế trọng điểm phía Nam: HCM, Đồng Nai, Bình Dương, Bà Rịa Vũng Tàu; phía Bắc: Hà Nội, Hải Dương, Hải Phòng, Quảng Ninh. Miền Bắc chiếm 27%, miền Trung 9%, miền Nam 64%.
*Áp lực cạnh tranh
Sự đầu tư của TNC vào Việt Nam đã mang các mặt hàng kinh tế vào thị trường Việt Nam. Các mặt hàng này có thể có chất lượng cao hơn, giá thành rẻ hơn bởi vì họ sử dụng công nghệ cao hơn sẽ chèn ép, cạnh tranh với các mặt hàng trong nước, làm cho sức tiêu các mặt hàng trong nước giảm dần và dần thay thế các mặt hàng trong nước. Dẫn đến việc Việt Nam bị phụ thuộc vào nước ngoài về mặt hàng kinh tế đó.
Ví dụ: Từ năm 2008 đến nay, thị trường thuốc bảo vệ thực vật, có 142 công ty, trong đó có 5 công ty xuyên quốc gia đến từ Thụy Sĩ, Hoa Kì, Nhật Bản, Hongkong, Trung Quốc chiếm phần lớn nguồn cung, khiến cạnh tranh trở nên gay gắt và các doanh nghiệp trong nước gặp khó khăn trong việc tìm kiếm thị trường tiêu thụ, nhiều doanh nghiệp buộc phải mở rộng việc xuất khẩu sang các thị trường Lào và Campuchia.
*Một số TNC lạm dụng ưu thế về vốn, công nghệ để thao túng và gây hậu quả xấu, thậm chí gây sức ép với cơ quan quản lý nhà nước
Trong một số liên doanh, các TNC nước ngoài sử dụng các ưu thế của mình để chèn ép các doanh nghiệp trong nước, hướng tới độc quyền trong nền kinh tế tự do hóa hiện nay. Việc các mặt hàng của các TNC độc chiếm thị trường Việt Nam sẽ dẫn đến rất nhiều hệ quả, ví dụ trong trường hợp công ty xuyên quốc gia đó lâm vào khủng hoảng thì nó sẽ làm ảnh hưởng đến nền kinh tế Việt Nam. Sự khủng hoảng về kinh tế sẽ dẫn đến các bất ổn về chính trị. Vì vậy Việt Nam cần phải cảnh giác với sự liên kết của các TNC với các doanh nghiệp nhà nước, tránh để xảy ra những tiêu cực.
Ví dụ: Trong thời gian vừa qua, việc công ty sản xuất thức ăn chăn nuôi của Trung Quốc là C.P Pokphand (CPP) mua và giành quyền kiểm soát Công
ty Cổ phần Chăn nuôi CP Việt Nam dẫn đến mối lo ngại thị trường chăn nuôi bị nước ngoài thao túng.
* Công nghệ lạc hậu
Với mục tiêu giảm tối thiểu chi phí sản xuất và chi phí chuyển giao công nghệ, các TNC mang đến Việt Nam những công nghệ đã lỗi thời hoặc không còn sử dụng được ở nước sở tại. Việt Nam trở thành nơi tiêu thụ cho các công nghệ hết hạn đó. Đồng thời việc chuyển giao công nghệ quá nhanh sẽ dẫn đến việc lao động Việt Nam không thích ứng nhanh chóng được.
Ví dụ: Năm 2011, một số công ty may mặc của Trung Quốc chuyển giao công nghệ lạc hậu vào Việt Nam bằng việc vận chuyển các máy móc đã lỗi thời hoặc đã quá hạn sử dụng, sau một thời gian bỏ không vì không còn sử dụng được.
*Ô nhiễm môi trường
Các TNC nhiều lúc vẫn chưa chấp hành đúng các quy định của Việt Nam về bảo vệ môi trường. Trong khi khai thác hay chế biến sản xuất, các một số các TNC vẫn bỏ qua các giai đoạn cần thiết cho việc bảo vệ môi trường để đạt được chi phí lớn nhất. Việc đó đã làm ảnh hưởng đến môi trường sinh thái và môi trường sống của các hộ dân xung quanh
Ví dụ: Công ty Viguato: Gây ô nhiễm nghiêm trọng cho khu dân cư (21/11/2012) . Cư dân sinh sống tại khu dân cư (KDC) Nam Long (KP.1, P.Tân Thuận Đông, Q.7, TP.HCM) phải chịu đựng tiếng ồn, mùi hôi khó chịu và nước thải từ Công ty TNHH sản xuất nông dược vi sinh Viguato.