Tại Cục Hải quan Hà Nội, công chức Hải quan làm nghiệp vụ phải có chuyên môn cao. Cục trưởng cục Hải quan Hà Nội rất quan tâm đến công tác đào tạo, bồi dưỡng công chức Hải quan. Chính vì vậy, công chức mới được tuyển dụng sẽ phải trải qua các khóa đào tạo để nâng cao trình độ chuyên môn. Cơ quan đào tạo chính là trường Hải quan Việt Nam, ngoài ra còn có các cơ sở riêng tại Cục và các chi cục lớn như Chi cục Hải quan Nội Bài, Chi cục Hải quan Láng Hòa Lạc. Với các hình thức đào tạo;
- Đào tạo dài hạn; gồm các khóa đào tạo từ 1 tháng trở lên, chủ yếu trang bị cơ sở lý luận cho công chức mới tuyển dụng.
- Đào tạo ngắn hạn; giảng dạy và trang bị những kiến thức cụ thể phục vụ cho công việc.
- Đào tạo từ xa; (gồm cả ngắn hạn và dài hạn), trang bị kiến thức và nghiệp vụ nâng cao về chuyên môn cho các cc ở xa như chi cục Hải quan Hòa Bình, chi cục Hải quan Yên Bái (mới sát nhập Cục Hải quan Hà Nội).
Ngoài ra còn có các khóa đào tạo khác.
* Đào tạo cho công chức mới tuyển dụng loại III (tốt nghiệp lớp 12): + Cử các công chức này đi học Đại Học Tại chức, từ xa. Mục tiêu là trang bị kiến thức cơ bản nhất cho một công chức nhà nước mới vào ngành để họ có ý thức làm việc tốt cho ngành Hải quan, thông thường là 4 năm, thời gian học vào cuối tuần.
* Đào tạo cho công chức mới tuyển dụng vào công chức loại II (đã tốt nghiệp đại học):
+ Đào tạo cơ bản: thời gian đào tạo từ 3 đến 6 tháng tại Trường Hải quan Việt Nam, mục tiêu nhằm trang bị cho công chức mới vào ngành những kiến thức cơ bản để làm việc.
+ Đào tạo chuyên ngành: đối tượng là các công chức đã qua khóa đào tạo cơ sở nói trên sau đó đã được phân công về làm công tác trực tiếp ít nhất 1 năm.
* Đào tạo công chức đã qua kỳ thi tuyển công chức loại I:
+ Đào tạo cơ bản: dành cho công chức ngay sau khi tuyển dụng đã qua kỳ thi tuyển công chức loại I. Thời gian đào tạo 1 tháng.
+ Đào tạo nâng cao: đào tạo cho công chức loại I đã có 1 năm công tác, thời gian đào tạo là 1 tháng tại Trường Hải quan Việt Nam. Các môn học chủ yếu như Luật Hải quan, kiểm soát, nghiệp vụ...
• Chương trình khác:
+ Khóa nghiên cứu dành cho những người được tuyển làm chuyên gia nghiên cứu (chủ yếu là giảng viên của trường Hải quan, công chức làm nhiệm vụ hoạch định chiến lược hải quan)