Về chuyển dịch cơ cấu kinh tế nông nghiệp còn bộc lộ khá nhiếu yếu kém như sản xuất chưa thực sự gắn với thị trường,còn mang nặng tính tự phát. Một số cây trồng vật nuôi được định hướng phát triển nhưng chưa dựa trên cơ sở quy hoạch, hợp đồng tiêu thụ và hợp tác sản xuất nên khi sản phẩm làm ra thường tiêu thụ khó, gây tác động bất lợi không nhỏ đến sản xuất và thu nhập của nông dân. Trên các lĩnh vực nông nghiệp, chuyển dịch cơ cấu kinh tế diễn ra chưa đồng bộ, mới chỉ dựa trên cơ cấu giống là chính. Vì vậy chưa tạo ra được sức mạnh tổng hợp trong quá trình chuyển dịch, nên dù tốc độ tăng trưởng cao, song tỷ trọng của các ngành sản xuất trong cơ cấu kinh tế nông - lâm - thủy sản ít thay đổi, sản xuất vẫn dựa vào trồng trọt là chính. Năng suất, chất lượng sản phẩm nông, lâm, thủy sản nhìn chung là thấp, giá thành cao, khối lượng hàng hóa ít, sức cạnh tranh thấp. Hoạt động xúc tiến thương mại, tìm kiếm thị trường vẫn chưa được đầu tư đúng mức, nhất là vai trò của các doanh nghiệp nhà nước, hợp tác xã nông nghiệp trong lĩnh vực này còn yếu kém. Việc bảo quản chế biến nông sản trên địa bàn tỉnh chưa phát triển. Số lượng, quy mô các điển hình sản xuất nông nghiệp hàng hóa và kinh tế trang trại ở tỉnh Quảng Ninh còn nhỏ bé, nhiều hạn chế. Vì vậy mới chỉ có những điển hình về xóa đói giảm nghèo, ít điển hình về làm giàu trong lĩnh vực sản xuất nông nghiệp.
Những hạn chế trên là do nhiều nguyên nhân, trong đó có các nguyên nhân chủ quan cần tháo gỡ. Đó là cần có sự chỉ đạo của Tỉnh ủy để các cơ quan chức năng trong tỉnh đề ra các cơ chế chính sách hợp lý, thúc đẩy quá trình chuyển dịch cơ cấu kinh tế nông nghiệp như: chính sách về đất đai, về
cho vay hoặc hỗ trợ vốn, về khuyến khích và ưu đãi đầu tư trên địa bàn. Việc tuyên truyền các chủ trương, chính sách của Đảng, Nhà nước, các thông tin về thị trường còn chưa thường xuyên, sâu rộng. Một bộ phận nông dân còn nặng tư tưởng bảo thủ, làm ăn theo truyền thống, lúng túng trong sản xuất,tiêu thụ. Vốn đầu tư cho nông nghiệp chưa thỏa đáng, nặng về hình thức và bình quân. Cùng với sự phát triển chung, công nghiệp phát triển với tốc độ cao nhưng chưa đồng đều vì mới chỉ tăng nhanh ở khu vực công nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài, khu vực công nghiệp nhà nước còn tăng chậm. Thiết bị công nghệ một số doanh nghiệp đã được đổi mới nhưng phần lớn là doanh nghiệp trung ương, doanh nghiệp địa phương còn chậm đổi mới. Phần lớn các doanh nghiệp chỉ khai thác được 50 đến 60% hoặc ít hơn công suất máy móc thiết bị. Hiệu quả sản xuất kinh doanh thấp, một số doanh nghiệp liên tục thua lỗ. Tiểu thủ công nghiệp và làng nghề sản xuất phân tán, quy mô nhỏ, trình độ thấp, chậm đổi mới, sản xuất theo lối cổ truyền, chưa có sản phẩm mũi nhọn,chưa có sản phẩm xuất khẩu, sức cạnh tranh và hiệu quả kinh tế thấp. Tỉnh đã có chính sách thu hút nhân tài nhưng chưa phù hợp và không hấp dẫn. Chưa có chính sách hữu hiệu để tranh thủ chất xám của các nhà khoa học, đáp ứng kịp thời cho sự nghiệp phát triển.
Lao động sản xuất công nghiệp đã phát triển nhưng phân bố chưa đồng đều. Đối với tiểu thủ công nghiệp nông thôn và làng nghề chưa thực sự được quan tâm, chưa có định hướng rõ ràng và chưa có bước phát triển lâu dài.
Công nghiệp chế biến phát triển khá nhanh, sự gắn bó giữa công nghiệp chế biến thực phẩm với vùng nguyên liệu chưa chặt chẽ. Các chính sách kinh tế vĩ mô triển khai thực hiện còn chậm hoặc chậm được cụ thể hóa ở các cấp bộ ngành, chậm được sửa đổi khi có vướng mắc. Khả năng nắm bắt thông tin kinh tế nhất là những tiến bộ về khoa học kỹ thuât, công nghệ, giá cả thị trường, nhu cầu thị trường… của các doanh nghiệp còn hạn chế. Việc xác định hướng đi, xác định ngành hàng, mặt hàng quan trọng cần đầu tư phát
triển chậm được khẳng định, mặt khác vốn đầu tư không thiếu nhưng thủ tục phức tạp, phiền hà làm hạn chế đến sự đầu tư phát triển.
Công tác điều tra cơ bản chưa được đầu tư đúng mức, thiếu căn cứ khoa học, không sát thực tiễn cho việc xây dựng các dự án đầu tư nên thiếu tính thuyết phục và hấp dẫn đối với các nhà đầu tư trong và ngoài nước.
Đội ngũ cán bộ quản lý, cán bộ kỹ thuật giỏi còn ít; kinh nghiệm quản lý sản xuất kinh doanh của đội ngũ cán bộ ở một số doanh nghiệp còn rất hạn chế, chưa thực sự năng động sáng tạo, còn biểu hiện trông chờ vào sự giúp đỡ bao cấp của Nhà nước. Chưa thực sự chú trọng cho đầu tư vào vùng nhiên liệu, đầu tư vào con người, vào khoa học kỹ thuật. Việc đổi mới sắp xếp doanh nghiệp Nhà nước còn chậm.