4. Ý nghĩa của đề tài
3.3.1.2 Xác định đột biến kháng Clarithromycin và Amoxicillin trên gen 23S
phẩm bệnh nhân viêm dạ dày được sử dụng với cặp mồi đặc hiệu:
F: 5’-CTCCATAAGAGCCAAAGCCC-3’ R: 5’-CCACAGCGATGTGGTCTC-3’
Tiến hành tương tự như trong nghiên cứu tối ưu hóa quy trình nhân gen 16S rRNA. Kết quả nghiên cứu xác định quy trình tối ưu hóa nhân gen 23S rRNA được trình bày ở bảng 3.4.
3.3.1.2 Xác định đột biến kháng Clarithromycin và Amoxicillin trên gen 23S rRNA gen 23S rRNA
Như đã trình bày ở trên, gen 23S rRNA là một chỉ thị phân tử để xác định đột biến kháng clarithromycin và amoxicillin đối với H. pylori trong dạ dày người. Nếu mẫu xét nghiệm có gen 23S rRNA thì chứng tỏ bệnh nhân có
Phản ứng PCR kết thúc, lấy 10 µl sản phẩm PCR tiến hành điện di cùng mẫu đối chứng dương (+) - chỉ thị phân tử 23S rRNA, mẫu đối chứng âm (-) và marker phân tử 100bp được dùng để xác định kích thước đoạn gen 23S rRNA. Kết quả được thể hiện tại hình 3.5.
1 2 3 M 5 6 7 8 9 10
Hình 3.5. Băng điện di sản phẩm PCR xác định gen 23S rRNA
M: Thang chuẩn DNA 100bp ; 9: Mẫu đối chứng dương; 10: Mẫu đối chứng âm ; Giếng 1,2,3,5,6,7,8: Các mẫu DNA bệnh phẩm.
Kết quả điện di đồ sản phẩm PCR thu được ở hình 3.5 cho thấy, các giếng 3, 5, 6, 8 xuất hiện băng DNA trùng với vị trí băng DNA 23S rRNA ở mẫu chứng dương. So sánh với marker phân tử, băng DNA này có kích thước ước đoán khoảng 0,5Kb. Chứng tỏ các mẫu 3, 5, 6, 8 mang gen 23S rRNA. Các giếng 1, 2, 7 không xuất hiện băng vạch DNA nào cả và giống như mẫu chứng âm. Chứng tỏ các mẫu 1, 2, 7 không mang gen 23S rRNA. Tuy nhiên, để khẳng định chính xác gen 23S rRNA mang đột biến kháng Clarithromycin và Amoxicillin của H. pylori có trong DNA bệnh phẩm, chúng tôi tiến hành đọc trình tự và đối chiếu kết quả với dữ liệu trên Genbank.