Hàng năm căn cứ theo số dự toán NS được Quốc hội phê duyệt, đối với các khoản chi thường xuyên, thủ trưởng đơn vị sự nghiệp có mức tự đảm bảo toàn bộ chi phí và đảm bảo một phần chi phí được quyết định một số mức chi quản lý, chi hoạt động nghiệp vụ cao hoặc thấp hơn mức chi do cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định. Thủ trưởng đơn vị sự nghiệp do ngân sách nhà nước đảm bảo toàn bộ kinh phí hoạt động được quyết định một số mức chi quản lý, chi hoạt động nghiệp vụ nhưng tối đa không quá mức chi do cơ qụan nhà nước có thẩm quyền quy định.
- Quyết định đầu tư xây dựng, mua sắm mới và sửa chữa lớn tài sản cố định thực hiện theo quy định của pháp luật
* Đối với khoản tiền lương, tiền công đơn vị sự nghiệp được chi theo quy định như sau:
- Đối với những hoạt động thực hiện chức năng, nhiệm vụ nhà nước quy định, chi phí tiền lương, tiền công cho cán bộ viên chức và người lao động đơn vị tính theo lương cấp bậc, chức vụ do nhà nước quy định.
- Đối với những hoạt động cung cấp sản phẩm do nhà nước đặt hàng có đơn giá tiền lương trong đơn giá sản phẩm được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt, đơn vị tính theo đơn giá tiền lương quy định. Trường hợp sản phẩm chưa được cơ quan có thẩm quyền quy định đơn giá tiền lương đơn vị tính theo lương cấp bậc, chức vụ do nhà nước quy định.
- Nhà nước khuyến khích các đơn vị sự nghiệp tăng thu, tiết kiệm chi thực hiện tinh giản biên chế, tăng thêm thu nhập cho người lao động trên cơ sở hoàn thành nhiệm vụ được giao, sau khi thực hiện nghĩa vụ đầy đủ với ngân sách nhà nước.
+ Đối với đơn vị tự đảm bảo chi phí hoạt động và đơn vị tự đảm bảo một phần chi phí hoạt động phải tự đảm bảo các khoản chi trả cho các khoản đó từ nguồn thu sự nghiệp và nguồn khác theo quy định của chính phủ.
+ Đơn vị sự nghiệp được ngân sách nhà nước đảm bảo toàn bộ kinh phí hoạt động thì nguồn chi trả đó được đảm bảo từ các nguồn do chính phủ quy định để đảm bảo mức tiền lương tối thiểu chung do nhà nước quy định.