Tuy công tác phân tích khách hàng đã có nhiều kết quả đáng ghi nhận nhng vẫn phải nhìn vào một thực tế là quá trình này vẫn còn gặp nhiều khó khăn và còn có nhiều vấn đề cần phải giải quyết.
Thứ nhất, CBTD vẫn cha thực sự đợc trang bị kiến thức đầy đủ về chế độ kế toán và kế toán DN. Vì vậy, rất có thể trong quá trình phân tích TCDN sẽ đa ra một số nhận xét không chính xác. Từ đó không hiểu đúng và đủ về tình hình tài chính của DN vay vốn.
Thứ hai, việc tính toán và đánh giá các hệ số tài chính vẫn còn sơ sài, CBTD không phân tích hết các chỉ tiêu quan trọng nh nguồn vốn CSH, thuế, các khoản phải nộp NSNN, TSCĐ… Từ đó dẫn đến kết quả phân tích không thật sự chính xác. Nguyên nhân của tồn tại này là do các DN vì không muốn lộ thông tin mà không nộp đủ các hồ sơ kinh tế nên CBTD không đủ dữ liệu để phân tích, nếu có đầy đủ dữ liệu thì có thể các thông tin này cũng sai lệch do không tuân thủ nghiêm ngặt các chẩn mực kế toán và cha đợc kiểm toán. Trong năm qua, có một số DN thực hiện quá trình hợp nhất và sáp nhập các công ty thành viên hoặc tiến hành cổ phần hóa nên không thể hoàn thành các BCTC đúng thời hạn, do đó CBTD không thể phân tích đợc.
Thứ ba, khi phân tích các chỉ tiêu của một DN, CBTD cha thể so sánh đợc với các DN cùng lĩnh vực kinh doanh. Đây là một hạn chế không chỉ của riêng chi nhánh Thăng Long mà còn của rất nhiều NHTM khác bởi đến nay vẫn cha có các chỉ tiêu trung bình ngành thống nhất trong cả nớc.
Thứ t, công tác phân tích TCDN đến nay vẫn cha có một qui trình chuẩn, trong một số trờng hợp, CBTD còn lúng túng trong xử lí nghiệp vụ, cha liên kết đợc các thông tin về DN, phải xin ý kiến chỉ đạo của cấp trên mới có đợc nhận xét và quyết định chính
xác. Điều này là kết quả của việc xác lập hệ thống cơ chế, chính sách cha đồng bộ, các văn bản hớng dẫn về qui trình phân tích khách hàng cha cụ thể, rõ ràng.
Thứ năm, dù thời gian thẩm định đã đợc rút ngắn nhng vẫn còn chậm. Đây là nguyên nhân do phơng tiện thu thập, xử lí thông tin cha tốt và năng lực CBTD còn hạn chế, tuổi đời và tuổi nghề còn rất trẻ.
Thứ sáu, Chi nhánh chủ yếu phân tích tình hình tài chính của các DN vay ngắn hạn. Cho vay trung dài hạn còn ít do tỉ lệ vốn tự có tham gia vào các dự án của DN còn thấp, không đáp ứng đủ qui định do Nhà nớc đề ra.