Trung tâm Hòa An đã trải qua 6 giai đoạn phát triển:
Giai đoạn I: từ 1976 – 1980 (giai đoạn thành lập Trƣờng Đoàn tỉnh Hậu Giang):
Ngày 15 tháng 5 năm 1976, theo quyết định số 150/QĐ.UB.76 của Ủy ban Nhân dân tỉnh Cần Thơ giao 370 ha đất cho Tỉnh Đoàn TNCS HCM Cần Thơ quản lý và sử dụng. Đoàn thanh niên cho xây một dãy 5 phòng học kiên cố, đào mương xổ phèn, lên líp (7 ha) để trồng khóm và mía và cải tạo mặt bằng để trồng lúa. Do chưa am hiểu nhiều về đất phèn nên sau nhiều năm chỉ có khóm và mía là sống được và có năng suất, nhưng rất thấp.
Giai đoạn II: từ 1980 - 1984 (giai đoạn nghiên cứu đất phèn):
Với tên gọi là Trung tâm Nghiên cứu và Sử dụng đất phèn VH-10. Ngày 10 tháng 10 năm 1980, Trường Đại học Cần Thơ cần diện tích đất phèn để nghiên cứu cho chương trình hợp tác giữa Việt Nam và Hà Lan (VH-10). Tỉnh có quyết định số 488.UBT.80 giao 60 ha (trong tổng số 370 ha của Tỉnh Đoàn quản lý) cho Trường quản lý và nghiên cứu. Trong thời gian nầy, Trường có cử nhóm cán bộ theo dõi tiến độ thi công Trung tâm nghiên cứu, các cán bộ Tỉnh Đoàn do không có kế hoạch sản xuất nên đã rút về Cần Thơ, phần diện tích do Tỉnh Đoàn quản lý bị bỏ hoang. Nguồn kinh phí chủ yếu là từ chương trình VH-10 và Trường Đại học Cần Thơ. Về xây dựng cơ bản, giai đoạn này còn để lại polder có hệ thống bờ bao và tưới tiêu và các kết quả nghiên cứu khoa học về đất phèn.
Giai đoạn III: từ 1984 – 1990 (giai đoạn sản xuất nông nghiệp):
Đến năm 1984 Tỉnh có quyết định số 65.QĐ.UBT.84 tạm giao phần đất Tỉnh Đoàn đang quản lý (310 ha) cho Trường Đại học Cần Thơ. Do thời gian dài từ 1980- 1984 phần đất nầy bỏ hoang, nhiều hộ dân không có đất sản xuất đến khai phá với tổng diện tích là 65 ha, chủ yếu là trồng 1 vụ lúa mùa nhưng năng suất rất bấp bênh. Trong giai đoạn nầy, Trường cho tiến hành xây dựng lại đồng ruộng, đào thêm kênh mương, phát triển hệ thống thủy nông dùng để tưới tiêu và xổ phèn, một số diện tích có thể làm 2 vụ lúa, năng suất có cải thiện nhưng còn thấp, bình quân khoảng 3,5 tấn/ha. Các hộ dân đã khẩn đất trước đây được hổ trợ công ăn việc làm, một số gia đình xin vào trại làm công nhân. Do hoạt động sản xuất nổi bậc nầy mà dân xung quanh vùng gọi là nông trường VH-10. Nguồn kinh phí chủ yếu từ Trường Đại học Cần Thơ.
Giai đoạn IV: từ 1990 – 2004 (giai đoạn nghiên cứu hệ thống canh tác và phát triển cộng đồng):
Ngày 17 tháng 02 năm 1990, Tỉnh ra quyết định số 39.QĐ.UBT.90 chính thức giao toàn bộ phần diện tích 370 ha (mà trước đây đã giao cho Tỉnh Đoàn) cho Trường Đại học Cần Thơ (thống nhất các quyết định có trước đây).
Đến 1992, do thay đổi mục tiêu là tập trung nghiên cứu, giảng dạy và phát triển cộng đồng. Đảng ủy và Ban Giám Hiệu đã chỉ đạo cho Ban Giám đốc phối hợp với chính quyền địa phương tiến hành bàn giao 310 ha mà Tỉnh đã cấp thêm vào năm 1984 cho địa phương để cấp lại cho dân. Trường chỉ giữ lại diện tích đất phèn nặng để làm nghiên cứu giảng dạy. Ngày 18 tháng 9 năm 1992 biên bản bàn giao đã được ký kết giữa các bên.
Tháng 7 năm 1993, Trường bổ nhiệm Ban Giám đốc mới để phục vụ công tác Nghiên cứu – Giảng dạy và Phát triển nông thôn. Ngày 05 tháng 12 năm 1994 chi cục quản lý đất đai tỉnh đã tiến hành đo đạc lại diện tích thực tế tổng cộng là 115,75 ha (lung bàu chiếm 43 ha) và Tỉnh đã ra quyết định số 3530.QĐ.UBT.94 giao phần đất trên cho Trường Đại học Cần Thơ quản lý và sử dụng cho mục đích trên.
Ngày 22 tháng 11 năm 2003, UBND tỉnh Cần Thơ (củ) cấp Quyền Sử Dụng đất số 00017 cho Trường Đại học Cần Thơ với tổng diện tích thực tế là 112,31 ha.
Giai đọan nầy với tên gọi là Trại Nghiên cứu Hệ thống canh tác – thuộc Viện Nghiên cứu và Phát triển Hệ thống Canh tác Đồng bằng Sông Cửu Long (gọi tắt là Trại Hòa An). Các hoạt động chính là nghiên cứu các hệ thống canh tác bền vững trên đất phèn, chuyển giao khoa học kỹ thuật và tham gia xóa đói giảm nghèo cho cộng đồng dân xung quanh.
Giai đoạn V: từ 2004 – 2011 (giai đoạn thành lập Trung tâm Nghiên cứu – Thực nghiệm - Đa dạng Sinh học Hòa An):
Ngày 25 tháng 6 năm 2004, Trường Đại học Cần Thơ đã có quyết định số: 487/QĐ-ĐHCT.TCCB thành lập Trung tâm Nghiên cứu – Thực nghiệm – Đa dạng Sinh học Hòa An (Trung tâm Hòa An), đơn vị trực thuộc Trường và trên cơ sở Trại Hòa An tách ra từ Viện Nghiên cứu và Phát triển Hệ thống Canh tác (nay đổi tên là Viện Nghiên cứu và Phát triển Đồng bằng Sông Cửu Long).
Mục tiêu của việc thành lập Trung tâm là nhằm đáp ứng nhu cầu nghiên cứu, giảng dạy của Trường Đại học Cần Thơ đến năm 2020. Trung tâm Hòa An đảm nhiệm việc nghiên cứu – thực hành, ăn ở của cán bộ và sinh viên Trường Đại học Cần Thơ.
Giai đoạn VI: từ 2011 đến nay (giai đoạn Trung tâm Hòa An trực thuộc Khoa Phát triển Nông thôn):
Ngày 01 tháng 7 năm 2011 Trung tâm Nghiên cứu – Thực nghiệm – Đa dạng Sinh học Hòa An trực thuộc Khoa Phát triển Nông thôn (Khoa PTNT).
Khoa PTNT có sứ mạng là tập trung đào tạo nguồn nhân lực, nghiên cứu và chuyển giao khoa học công nghệ ưu tiên cho vùng nông thôn ĐBSCL. Việc hình thành Khoa PTNT sẽ góp phần đáp ứng được nhu cầu cấp thiết về đào tạo nguồn nhân lực cũng như tiến hành các nghiên cứu khoa học liên quan cho vùng nông thôn ở ĐBSCL, theo kịp đà phát triển kinh tế - xã hội của cả nước và các nước trong khu vực. Đây là vấn đề mà Chính phủ đang rất quan tâm và tập trung mọi nguồn lực cho phát triển “nông nghiệp, nông dân và nông thôn”. Song song đó, việc thành lập Khoa PTNT tại Hòa An sẽ là một bước đột phá lớn, tạo ra hướng phát triển mới, mở rộng về qui mô và tầm ảnh hưởng của Trường, tạo động lực để nâng cấp, phát triển ổn định khu Hòa An về lâu dài trở thành khu đào tạo chính quy và hiện đại.