Tổ chức bộ máy: đứng đầu là Ủy ban Điều phối Quốc gia với Bộ Tài nguyên và môi trường là cơ quan đầu mối. Bên dưới có văn phòng tổng hợp và 4 văn phòng QLTHVBB vùng. Văn phòng tổng hợp xây dựng chiến lược, kế hoạch và các chính sách vùng, quản lý và điều hành hệ thống hoạt động chương trình thông qua Ban Điều phối dự án và Văn phòng QLTHVBB các tỉnh/thành.
Ban Điều phối dự án QLTHVBB cấp tỉnh/thành phố do một phó chủ tịch làm trưởng ban, trực thuộc UBND tỉnh/thành phố và chịu sự quản lý theo ngành dọc của Văn phòng chương trình QLTHVBB Bắc Bộ. Văn phòng dự án giúp Ban điều phối dự án thực hiện các hoạt động quản lý tổng hợp.
QLTHVBB Bắc Bộ được thực hiện theo các vấn đề ưu tiên, từng chu trình và các bước, thống nhất theo mục tiêu chung của quản lý cấp vùng (mô hình chung), nhưng có đặc thù riêng theo cấp tiểu vùng và cấp khu vực (mô hình cụ thể).
QLTHVBB trong 2011 – 2025 gồm ba chu trình lặp lại, nhưng ở trình độ cao hơn, phát triển theo vòng xoáy ốc, ứng với ba thời khoảng 2011 – 2015; 2016 – 2020 và 2021 – 2025. Chu Trình QLTHVBB 5 bước ở VBB Bắc Bộ
- Bước 1 “Khởi đầu” nhằm xác định mục tiêu, định hướng chương trình và tổ chức xây dựng bộ máy, cơ sở vật chất quản lý chương trình.
- Bước 2 “Xây dựng kế hoạch” nhằm xây dựng chiến lược, kế hoạch và những nhiệm vụ ưu tiên của chương trình, đề xuất những chính sách, quy định nhằm tạo hành lang pháp lý.
- Bước 3 “Thông qua chính thức” để có được sự cam kết của các cấp chính quyền với QLTH, liên kết các bên có lợi ích, sự tham gia của cộng đồng và xác định được nguồn tài chính bền vững.
- Bước 4 “Thực hiện” các nhiệm vụ đã được xác định, phê duyệt, kèm theo giám sát và giáo dục, tuyên truyền.
- Bước 5 “Đánh giá” nhằm đánh giá hiệu quả, tác động của chương trình, điều chỉnh những thay đổi và đề xuất chu trình mới.