Việc hoàn thiện tổ chức và đổi mới cơ chế quản lý của TCT HKVN cần phải được tiến hành từng bước trên cơ sở nghiên cứu một cách cơ bản , kỹ lưỡng những điều kiện khách quan và chủ quan tác động đến quá trình
đổi mới. Để đảm bảo thành công, trước hết TCT HKVN phải tập trung kiện toàn bộ máy tổ chức của TCT, từng bước đa dạng hóa hình thức sở hữu các công ty thành viên tùy theo điều kiện cụ thể của từng đơn vị, các công việc sẽ được triển khai theo hai giai đoạn , như sau :
2 .2 .1 – Giai đoạn 1 ( từ năm 2001 đến hết năm 2004) :
Đây là giai đoạn chuyển tiếp nhằm chuẩn bị điều kiện vật chất và con người cho tiến trình cổ phần hóa và thiết lập quan hệ công ty mẹ - công ty con. Trong đó, chủ yếu là tập trung kiện toàn về tổ chức bộ máy quản lý TCT HKVN. Đồng thời, TCT phải thực hiện các công việc sau :
• Từng bước đa dạng hóa hình thức sở hữu các công ty thành viên :
Chuyển đổi các doanh nghiệp thành viên HTĐL và 2 đơn vị hạch toán phụ thuộc là Xí nghiệp Chế biến suất ăn Nội Bài. Thành lập mới các công ty thành viên cổ phần là Công ty Dịch vụ hàng hóa Nội Bài, Công ty Bảo hiểm hàng không, Ngân hàng hàng không . Cổ phần hóa Công ty Dịch vụ hàng không . Sát nhập Công ty Vận tải ô tô hàng không vào Công ty Nasco. Hợp nhất các Xí nghiệp Sửa chữa máy bay A75, A76 thành Công ty TNHH Bảo dưỡng, sửa chữa tàu bay (công ty TNHH một thành viên). Phát triển Trung tâm Du lịch hàng không thành Công ty cổ phần Du lịch hàng không. Thành lập mới Công ty Tài chính hàng không .
• Định hướng hoạt động của Công ty Vasco :
TCT phải chuyển Công ty Vasco thành công ty TNHH một thành viên và định hướng hoạt động của Công ty Vasco. Tăng năng lực sản xuất và hiệu quả của công ty này bằng cách xúc tiến hợp tác với Tổng công ty bay dịch vụ của Bộ Quốc phòng để mở rộng thị trường bay dịch vụ . Ngoài hoạt động bay dịch vụ, phải phát triển hoạt động thương mại để tăng hiệu quả sản xuất kinh doanh, biến công ty này thành công ty hàng không thu gom nội địa của VN bằng các loại máy bay thuê tầm tải từ 30 đến 50 ghế . Từ năm 2005, Công ty Vasco sẽ tiếp nhận dần các loại máy bay ATR72 có 70 ghế từ VN để khai thác thêm các tuyến bay du lịch có dung lượng thị trường nhỏ như Lào, Campuchia và Đông Bắùc Thái Lan. Khi đó, VN sẽ tập trung khai thác chủ yếu bằng các loại máy bay có tầm tải từ 100 ghế trở lên đến các thị trường có dung lượng tương đối lớn.
• Nâng cao hiệu quả hoạt động của Viện Khoa học hàng không :
TCT phải đầu tư phát triển Viện Khoa học hàng không thành một Viện nghiên cứu các dự án có hiệu quả thiết thực cho hoạt động kinh doanh vận tải hàng không . Muốn vậy, phải thiết lập cơ chế cộng tác viên, tăng cường nguồn nhân lực cho Viện chính từ những chuyên viên đang tham gia điều hành TCT có năng lực , có kinh nghiệm thực tế . Các chuyên viên này vẫn giữ vị trí chủ chốt trong TCT và tham gia nghiên cứu như là một cộng tác viên, để giải quyết chính những vấn đề vướng mắc trong lĩnh vực hoạt động của mình.
2 .2 .2 – Giai đoạn 2 ( từ năm 2005 đến 2010) :
Khi bộ máy tổ chức của TCT HKVN đã được kiện toàn và hoạt động của các công ty thành viên đi vào ổn định . TCT cần tập trung đẩy mạnh đa dạng hóa quyền sở hữu, kể cả cổ phần hóa TCT HKVN, để tiến tới hình
thành Tập đoàn HKVN. Lúc này Nhà nước sẽ là cổ đông sáng lập, nắm quyền chi phối TCT HKVN thông qua quyền sở hữu cổ phần không dưới 50% vốn điều lệ của TCT HKVN. Chuyển Công ty Bảo dưỡng, sửa chữa tàu bay thành Công ty Liên doanh Bảo dưỡng sửa chữa tàu bay. Chuyển đổi các Xí nghiệp Thương mại mặt đất Nội Bài, Đà Nẵng, Tân Sơn Nhất thành các công ty TNHH một thành viên. Chuyển các công ty liên doanh với nước ngoài hết thời hạn liên doanh thành công ty cổ phần do TCT HKVN nắm giữ cổ phần từ chi phối trở lên.