Do thời gian nghiên cứu có hạn, bài tiểu luận không thể tránh khỏi sai sót và tồn đọng một vài hạn chế như:
Thứ nhất, quy mô mẫu còn nhỏ (22 quan sát trong giai đoạn 1996 – 2017) khiến kết quả thống kê định lượng không hoàn toàn chính xác. Kết luận chỉ mang tính áp dụng trong phạm vi hẹp của tiểu luận mà chưa thể áp dụng rộng rãi cho mọi trường hợp của nền kinh tế.
Thứ hai, có nhiều hơn các biến giải thích được sử dụng trong bài khi xét về tác động của các chỉ số kinh tế đến sự biến động của lãi suất. Tiêu biểu, đã có rất nhiều nghiên cứu trước đây, được đề cập trong mục 1.2 Tổng quan nghiên cứu trong và ngoài nước, cho rằng biến số quan trọng ảnh hưởng mạnh mẽ đến lãi suất dài hạn là thâm hụt ngân sách kỳ vọng. Vì vậy, mô hình định lượng sử dụng trong bài vẫn chưa thể bao quát hết các trường hợp và chưa thể kiểm định đâu là nhân tố thật sự trọng yếu tác động đến lãi suất thị trường.
Thứ ba, do sự khác biệt về quy định tính toán các chỉ số giữa Việt Nam và thế giới nên bộ số liệu có thể tồn tại sự không đồng nhất về mặt toán học, do đó gây ra sự chưa thật sự hợp lý về mặt kinh tế học.
Thứ tư, trong giai đoạn nghiên cứu của bài tiểu luận từ 1996 – 2017, có thời kỳ khủng hoảng kinh tế 2007 – 2009 chưa được nghiên cứu kỹ lưỡng, do vậy có thể đã bỏ sót những tác động của cuộc khủng hoảng, cũng như những thay đổi ngắn hạn của Chính phủ để đối phó kịp thời với khủng hoảng.
Thứ năm, do chưa thể tìm ra cách khắc phục tính không dừng của chuỗi số liệu cung tiền M2 nên nhóm chưa thể đưa ra kết luận về ảnh hưởng của chính sách tiền tệ đến lãi suất, từ đó chưa đưa ra được kết quả bao quát.
Thứ sáu, bài tiểu luận sử dụng mô hình hồi quy ước lượng bình quân nhỏ nhất OLS có thể chưa phản ánh hết được mối quan hệ giữa các biến độc lập (lạm phát, tăng trưởng kinh tế GDP, tỷ lệ bội chi ngân sách và cung tiền M2) và biến phụ thuộc do những ưu và nhược điểm riêng của mô hình này.