Những tồn tại trong sản xuất rau an toàn hiện nay là rất nhiều, đấy là thách thức lớn đối với sản xuất rau an toàn Việt Nam. Những tồn tại đó là:
- Diện tích trồng rau an toàn còn thấp, qua nghiên cứu thực trạng trên có thể thấy diện tích trồng rau an toàn hiện nay còn thấp, chưa đủ đáp ứng nhu cầu hiện tại và tương lai về rau an toàn.
- Bố trí đất sản xuất rau an toàn còn manh mún, đây là thực trạng vốn có của sản xuất nông nghiệp. Sản xuất rau an toàn có quy hoạch, tập trung mới có thể thu được hiệu quả cao và có thể ứng dụng được các tiến bộ khoa học công nghệ một cách dễ dàng. Khó khăn lớn hiện nay của sản xuất rau an toàn là sản xuất manh mún, khó quản lý, gây nên không đảm bảo chất lượng rau an toàn. Vấn đề quy hoạch tập trung đất sản xuất rau an toàn hiện nay vẫn là vấn đề nan giải.
- Quy trình sản xuất chưa đồng nhất giữa các địa phương. Mỗi địa phương đều có một cách thức sản xuất riêng nên khó quản lý được chất lượng rau an toàn và sản lượng rau cũng chưa cao. Chưa có sự chỉ đạo thống nhất giữa các địa phương, các ngành nên sản xuất rau an toàn chưa mang tính chất đồng bộ. Đồng thời còn thiếu tính liên kết giữa các địa phương để đảm bảo vừa thuận lợi trong sản xuất lại vừa thuận lợi cho tiêu thụ sản phẩm.
- Nhận thức của nông dân còn chưa rõ ràng. Nông dân còn chưa nhận thức rõ được lợi, hại của sản xuất rau an toàn không đảm bảo chất lượng, phun thuốc không hợp lý. Thậm chí vì lợi nhuận người ta còn không ngần ngại sử dụng những loại thuốc độc hại, thuốc cấm trong danh mục bảo vệ thực vật. Người dân còn gây lẫn lộn giữa rau an toàn và rau không an toàn mà không hiểu được đã đánh mất uy tín của chính sản phẩm của mình.
- Thiếu cơ chế chính sách khuyến khích. Lợi nhuận người sản xuất thu được từ sản xuất rau an toàn không cao hơn mấy so với rau không an toàn (giá rau an toàn người sản xuất bán được chỉ cao hơn khaỏng 20% so với rau không an toàn),chính vì vậy người dân không mặn mà gì với sản xuất rau an toàn. Bên cạnh đó lại thiếu cơ chế chính sách khuyến khích nên người dân càng không có ý định tham gia sản xuất rau an toàn, sản lượng rau sẽ không đủ đáp ứng và tình trạng lẫn lộn rau an toàn với rau không an toàn lại càng nan giải.
- Thiếu các doanh nghiệp tham gia. Đã xó một số doanh nghiệp tham gia và qua trình sản xuất kinh doanh rau an toàn nhưng các doanh nghiệp hiện nay còn ngại ngùng khi tham gia vào lĩnh vực nhiều rủi ro này. Điều đó làm cho hệ thống phân phối và tiêu thụ lại càng thêm bế tắc, không có người đứng ra làm trung gian, chịu trách nhiệm về chất lượng sản phẩm. Tiêu thụ rau an toàn vì thế đã khó khăn lại càng khó khăn hơn.
- Hơn nữa, thiên tai lũ lụt, hạn hán thường xuyên xảy ra gây khó khăn cho sản xuất, cơ sở hạ tầng cho sản xuất lại thấp kém.
Vấn đề mấu chốt dẫn tới hiệu quả thấp của sản xuất rau an toàn là mặc dù đã triển khai nhiều năm nhưng cho đến nay, các cơ quan chức năng vẫn chưa có phương
thức phân định rau an toàn với rau thông thường trên thị trường. Việc sử dụng các biện pháp kỹ thuật để phân định và quản lý chất lượng rau gặp nhiều khó khăn và không thực tế do rau quả là mặt hàng thực phẩm tươi sống, hư hỏng nhanh, được kinh doanh với khối lượng lớn, trên địa bàn rộng với nhiều người tham gia kinh doanh. Đánh giá chất lượng bằng phương pháp cảm quan không bảo đảm độ tin cậy. Xác định các chỉ tiêu vệ sinh an toàn thực phẩm bằng các phương pháp phòng thí nghiệm đòi hỏi thời gian dài (2- 3 ngày) và chi phí quá lớn (1,5-3 triệu đồng/mẫu xét nghiệm), không phù hợp với tính chất mặt hàng. Trong khi chưa kiểm soát được chất lượng rau, thì ngay cả một quy trình sản xuất rau an toàn thống nhất trên phạm vi cả nước vẫn chưa được Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ban hành. Về phân công tổ chức, trước những nảy sinh phức tạp của vấn đề an toàn thực phẩm, tháng 1/2007, Thủ tướng Chính phủ đã có cuộc họp hội nghị toàn quốc để bàn về bảo đảm an toàn thực phẩm cho người tiêu dùng. Theo đó, 11 cơ quan chức năng Nhà nước chịu trách nhiệm về từng khâu như sản xuất do Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn phụ trách, chế biến thuộc trách nhiệm của Bộ Công thương… và trên bàn ăn là Bộ Y tế. Theo đánh giá của các chuyên gia thì việc phân công như vậy làm cho ranh giới mỗi khâu không rõ rang, có khâu nhiều cơ quan chịu trách nhiệm, nhưng có khâu lại không có ai chịu trách nhiệm chính.
Bên cạnh đó việc quản lý quy trình sản xuất rau an toàn và chất lượng rau an toàn bị buông lỏng, không kiểm soát được khiến người tiêu dùng không tin tưởng vào chất lượng. Chính vì chưa có một quy trình thống nhất và cơ chế khuyến khích sản xuất và tiêu thụ rau an toàn nên không thu hút được các doanh nghiệp và người nông dân hưởng ứng.
Bên cạnh những tồn tại đó, thách thức đối với sản xuất rau an toàn ở Việt Nam hiện nay là khả năng cạnh tranh còn kém so với các nước khác trên thế giới. Các công ty cung ứng giống rau với chất lượng tốt của nước ngoài chiếm thị phần khá cao tại Việt Nam làm xói mòn quỹ gen giống địa phương và gây tâm lý thích sử dụng giống rau nhập nội của nông dân. Điều đó gây ảnh hưởng lớn đến các giống
quý hiện nay thích hợp với điều kiện sản xuất tại Việt Nam, và có thể gây thoái hóa giống.
Tập quán canh tác cũ chậm thay đổi, quy mô sản xuất nhỏ, manh mún làm giảm khả năng cạnh tranh các sản phẩm rau an toàn với các nước trong khu vực. Các nước trong khu vực hiện nay đang là các nước xuất khẩu rau quả lớn sang các nước lớn trên thế giới, với công nghệ áp dụng hiện đại, sản xuất có quy mô nên sản lượng cao và chất lượng thường đảm bảo. Việt Nam với xuất phát điểm thấp, nền nông nghiệp đi lên từ chiến tranh, chính vì vậy tập quán canh tác cũ lạc hậu bên cạnh đó tư tưởng còn cổ hủ nên thường chậm thay đổi. Điều đó làm kìm nén sự phát triển của sản xuất rau an toàn hiện nay.
Chương 3: Phương hướng và giải pháp phát triển sản xuất rau an toàn ở Việt Nam đến 2020