Bên cạnh những kết quả đạt được nêu trên, thuế GTGT cũng đã bộc lộ một số hạn chế. Nguyên nhân do luật thuế GTGT còn một số quy định có tính kế thừa của luật thuế doanh thu để phù hợp trong những năm đầu chuyển đổi. Mặt khác, trong quá trình thực hiện Nhà nước đã có nhiều văn bản điều chỉnh, bổ sung, nhằm tháo gỡ khó khăn cho sản xuất kinh doanh, trong đó có những giải pháp mang tính tình thế dẫn đến những hạn chế trong viêc thực hiện một số mục tiêu đã định khi xây dựng luật thuế GTGT như: đơn giản đảm bảo công bằng, mang tính trung lập cao, thúc đẩy lại cơ cấu nền kinh tế, nâng cao hiệu quả thực hiện luật thuế.
Thứ nhất, Thuế GTGT truớc hết là sự phân chia đối tượng chịu thuế và đối tượng không chịu thuế sẽ gây hiện tượng phân đoạn các hoạt động kinh tế, tức là các hoạt động này sẽ mất khả năng “chuyển đổi tương xứng” khi xét về khả năng được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, từ đó ảnh hưởng đến hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp. Đó là trường hợp các ngành sử dụng nguyên liệu không thuộc diện chịu thuế GTGT để sản xuất ra các sản phẩm chịu thuế GTGT (hoặc ngược lại).
Thứ hai, việc sử dụng hoá đơn nảy sinh nhiều vấn đề vướng mắc. Với hai phương pháp tính thuế đã nêu có hai loại hoá đơn: Hoá đơn GTGT (có sự tách biệt của thuế GTGT) và hoá đơn bán hàng thông thường (gộp cả thuế GTGT và tổng giá thanh toán).
Luật thuế quy định rằng “trường hợp cơ sở mua vật tư, hàng hoá không có hoá đơn,chứng từ hoặc có hoá đơn chứng từ nhưng không phải là hoá đơn GTGT hoặc hoá đơn GTGT nhưng không ghi riêng số thuế GTGT ngoài giá bán thì không được khấu trừ thuế đầu vào (trừ một số it trường hợp có quy định riêng). Tuy nhiên, trong nền kinh tế không phải các khu vực kinh doanh nép thuế theo từng phương pháp hoạt động riêng biệt nhau mà có quan hệ mua bán qua lại, đan xen lẫn nhau. Cho nên nếu doanh nghiệp nộp thuế theo phương pháp khấu trừ mà có quan hệ mua bán trao đổi với nhóm đối tượng nép thuế theo phương pháp trực tiếp thì sẽ không được khấu trừ phần thuế GTGT đầu vào mặc dù họ đã phải trả thuế GTGT cho số hàng mua đó. Trong điều kiện nước ta hiện nay, khu vực kinh doanh sử dụng hoá
đơn thông thường không ghi riêng thuế GTGT vẫn còn chiếm tỷ lệ lớn nên gây ra một vướng mắc không nhỏ.
Khi áp dụng phương pháp tinh thuế GTGT – cụ thể là phương pháp khấu trừ thì chế độ hoá đơn chứng từ được coi là công cụ quan trọng nhất và cơ chế khấu trừ là điểm cốt lõi quyết định tính hiện đại và trung lập của thuế GTGT. Do vậy trong trường hợp “ cơ sở sản xuất, chế biến mua nhiên liệu là nông, lâm, thuỷ sản chưa qua chế biến của người sản xuất bán ra không có hoá đơn và một số trường hợp khác (như sắt, thép, phế liệu) sẽ được tính khấu trừ thuế đầu vào theo tỷ lệ qui định trên giá trị hàng hoá mua vào sẽ đi ngược lại quan điểm của thuế GTGT và không phản ánh đúng bản chất của thuế GTGT (khấu trừ khống) bởi vì số thuế được khấu trừ đầu vào đươc xác định trên số thuế GTGT thực tế phát sinh khi mua hàng mà nếu khấu trừ theo tỷ lệ như trên sẽ phản ánh không đúng chính xác số thực tế được.
Hơn nữa, vẫn còn nhiều trường hợp thực hiện viêc quản lí, sử dụng hoá đơn, chứng từ chưa tốt thể hiện: bán hàng không xuất hoá đơn, in và sử dụng hoá đơn giả, đi mua, bán lại hoá đơn, viết không đúng doanh số trên hoá đơn. Trong trường hợp không có hoá đơn GTGT, việc cho khấu trừ đầu vào theo một tỷ lệ ấn định xuất phát từ tình hình thực tế ở Việt Nam và nhằm khuyến khích cũng như đảm bảo công bằng đối với các mặt hàng nông, lâm, hải sản, phế liệu do gần 80% dân số Việt Nam sản xuất ra. Nhưng chính đây cũng phát sinh những mâu thuẫn, lợi dụng những sơ hở chiếm đoạt tiền trên tránh thuế.
Thứ ba,việc tính toán thuế GTGT còn gặp nhiều lúng túng. Trong hai phương pháp tính thuế chỉ có phương pháp khấu trừ quyết định tinh hiện đại và trung lập kinh tế của thuế GTGT.
Đối với cách tính thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp ban đâu được coi là phù hợp với hoàn cảnh kinh tế, với các cơ sở kinh doanh qui mô nhỏ và các hộ kinh doanh cá thể chưa có điều kiện thực hiện chế độ hoá đơn chứng từ đầy đủ để áp dụng phương pháp khấu trừ. Trên thực tế phương pháp này lại không phát huy được hiệu quả. Các đối tượng này vẫn phải ghi sổ sách đầy đủ thì mới xác định được doanh số bán hàng và giá vốn đầu vào để tính GTGT làm căn cứ tính thuế. Nếu thực hiện được và chấp hành tốt chế độ ghi số thì họ có đủ căn cứ nép thuế
theo phương pháp khấu trừ. Còn trong trường hợp không thực hiện được thì việc xác định thuế GTGT làm căn cứ để tạo ra sự lẩn tránh nghĩa vụ thuế bằng cách khai giảm doanh thu. Việc tính toán theo phương pháp này phức tạp và dễ gây nhầm lãn, khó áp dụng. Một điểm nữa cần nói tới, đó là đại bộ phận các đối tượng nép thuế theo phương pháp trực tiếp đang nép theo mức khoán mang tính chủ quan, chưa xát với thực tiễn nên dẫn tới không công bằng.
Thứ tư,thuế GTGT gây nhiều khó khăn cho doanh nghiệp về vốn. Qui định phải nép thuế GTGT đối với mặt hàng nhập kho nhưng chưa bán làm cho một số doanh nghiệp khó khăn trong vấn đề vốn. Đặc biệt đối với những doanh nghiệp có vốn Ýt thì qui định này gây ra nhiều khó khăn. Nhiều doanh nghiệp hoạt động bằng vốn vay, khi áp dụng luật thuế GTGT phải vay thêm vốn để nép cho phần thuế đầu vào, gánh nặng thiếu vốn nay càng nặng thêm dù sau này có được khâu trừ hay hoàn thuế.Trường hợp các doanh nghiệp bán hàng đại lý khi chuyển hàng cho đại lý phải nép ngay thuế GTGT, trong đó chỉ khi nào đại lý bán được hàng mới thu được thuế GTGT từ người mua. Như vậy vốn của các doanh nghiệp bị chiếm dung một cách bất hợp lí.
Thứ năm, tốc độ hoàn thuế của doanh nghiệp còn chậm. Quá trình, thủ tục xin hoàn thuế khá rắc rối mất nhiều thời gian và công sức của các doanh nghiệp. Để được hoàn thuế các doanh nghiệp phải nép hồ sơ và toàn bộ hoá đơn chứng từ lên cơ quan thuế rồi chờ nhân viên thuế xuống đơn vị kiểm tra, đối chiếu hoá đơn, vì chỉ có hoá đơn thuế GTGT hợp lệ mới được xem xét khấu trừ thuế. Việc kiểm tra đối chiếu hoá đơn thực hiện bằng phương pháp thủ công, kéo dài thời gian kiểm tra làm chậm việc hoàn thuế.
Như vậy bên cạnh những ưu điểm rất lớn vượt trội so với thuế doanh thu thì thuế GTGT còn nhiều tồn tại và vướng mắc do còn nhiều thiếu sót trong khâu chuẩn bị và điều hành. Thêm vào đó việc áp dụng thi hành thuế GTGT trong điều kiện tốc độ phát triển kinh tế có những dấu hiệu suy giảm, có phần tác động bất lợi đến sự ổn định và phát triển kinh tế. Để thuế GTGT phát huy được hiệu quả tốt hơn thì cần phải thực hiện một số giải pháp.
Phần III: Hoàn thiện phương pháp tính và hoạch toán thuế GTGT trong các doanh nghiệp