Đối với mẫu đất
Đất là cơ chất thuận lợi nhất đối với sự phát triển của các loài vi sinh vật. Mẫu được lấy từ những vùng đất trồng khô ráo, không lấy mẫu khi đất bị ướt. Mẫu không được lấy ở những vùng đất đã được bón bột cà phê hoặc phân trộn trong vòng 6 tháng. Mẫu được thu ở những độ sâu khác nhau của những vùng đất nông nghiệp từ
những địa điểm khác nhau.
Dùng dao hoặc xẻng rửa sạch, lau cồn để lấy mẫu đất ở nhiều độ sâu khác nhau. Đầu tiên, ta cần loại bỏ lớp đất bề mặt dày 2 – 3 cm trên cùng tránh bị xâm
nhiễm bởi các vi sinh vật bên ngoài, sau đó lấy những tảng nguyên vẹn theo độ sâu
của lớp đất nghiên cứu. Chiều dài của tảng đất bằng chiều dày của tảng đất muốn
lấy. Trên diện tích 1 hecta lấy từ 2 – 5 mẫu. Các mẫu đất được trộn đều, sau đó lấy
khoảng 1 kg đất cho vào túi plastic.
Đối với mẫu phân
Mẫu lấy phải khô ráo, không lấy mẫu bị ướt. Dùng dao hoặc xẻng rửa sạch, lau cồn để lấy mẫu. Trên diện tích 1 hecta (hoặc trong một trang trại) lấy từ 2 – 5 mẫu.
Các mẫu được trộn đều, sau đó cho vào túi plastic.
Mẫu (đất hoặc phân) được phơi khô trong vòng một tuần, tán nhuyễn và lọc
qua rây 2mm. Mẫu được bảo quản trong bình hút ẩm.
Đối với mẫu nước thải
Nước thải là môi trường thuận lợi cho sự phát triển của vi sinh vật. Mẫu lấy từ nước thải của các khu công nghiệp hay từ các trại chăn nuôi. Mẫu được thu ở những độ sâu khác nhau từ những địa điểm khác nhau. Dùng ca lấy mẫu và cho vào chai sạch.
pH của các mẫu được xác định sau khi trộn và đồng nhất 1g mẫu (đất và phân bò) hay 1 ml mẫu (nước thải) trong 10 ml nước cất sau 20 phút. [4]