Cú nhiều cỏch phõn loại HTX nụng nghiệp như phõn loại theo quy mụ như HTX thụn, HTX toàn xó, theo mụ hỡnh quản lý như HTX một bộ mỏy ban quản trị kiờm nhiệm ban chủ nhiệm HTX, HTX hai bộ mỏy, tuy nhiờn cỏch phõn loại theo chức năng được sử dụng rất rộng rói trong nghiờn cứu trong và ngoài nước, trong nghiờn cứu này cũng sử dụng cỏch phõn loại theo chức năng. Dựa vào cỏc hoạt động kinh tế của HTX như đó đề cập ở phần 2.2, HTX trong lĩnh vực nụng nghiệp được chia làm 3 loại: (1) HTX sản xuất nụng nghiệp tập trung; (2) HTX thương mại dịch vụ nụng nghiệp và (3) HTX chế biến và tiờu thụ sản phẩm nụng nghiệp. Mặc dự một hợp tỏc xó trong lĩnh vực nụng nghiệp cú thể tiến hành sản xuất, kinh doanh một, hay hoặc cả ba loại hoạt động núi trờn, tuy nhiờn sẽ cú cỏc hoạt động chớnh, trọng tõm, đem lại doanh thu lớn
hơn cho HTX đú. Chớnh vỡ vậy, trong nghiờn cứu này, nếu cỏc HTX thực hiện nhiều hoạt động, cỏc HTX đú sẽ được xếp vào một trong ba loại HTX núi trờn, dựa vào tiờu chớ hoạt động chớnh đem lại doanh thu cho HTX đú.
HTX sản xuất nụng nghiệp là những HTX mà xó viờn gúp vốn, gúp đất để tiến hành sản xuất tập trung sản phẩm nụng nghiệp. HTX sản xuất nụng nghiệp mang nhiều đặc điểm của mụ hỡnh cụng ty với cỏc tầng bậc quản lý, sản xuất tập trung, được giỏm sỏt chặt chẽ bởi cỏc nhà quản lý.
HTX dịch vụ nụng nghiệp là cỏc HTX cung cấp cỏc đầu vào sản xuất như giống, phõn bún hoặc cỏc dịch vụ như làm đất, tưới tiờu v.v… cho xó viờn. Cỏc HTX dịch vụ nụng nghiệp cú khả năng cung cấp đầu vào sản xuất cho xó viờn với giỏ cả hợp lý do cú lợi thế theo quy mụ và kế hoạch mua bỏn nguyờn vật liệu được xõy dựng từ sớm.
HTX chế biến và tiờu thụ sản phẩm cũn được gọi là HTX marketing là cỏc HTX nhập cỏc sản phẩm nụng nghiệp của xó viờn để tiến hành chế biến, sau đú thực hiện cụng tỏc marketing, tiếp thị sản phẩm để tiờu thụ sản phẩm tới khỏch hàng. HTX chế biến và tiờu thụ sản phẩm là một mụ hỡnh khỏ mới và cú nhiều ưu thế trong quỏ trỡnh hoạt động như cú khả năng cung cấp tập trung, số lượng lớn sản phẩm tới tay khỏch hàng, cú thể thu hỳt đụng đảo sự tham gia của xó viờn, tiết kiệm chi phớ đầu tư mỏy múc, dõy chuyền, marketing, quảng cỏo của từng xó viờn.