Tuy nhiên, việc đổi mới công nghệ mạnh mẽ mới chỉ diễn ra ở những doanh nghiệp lớn, có đủ năng lực công nghệ và năng lực tài chính, còn ở những doanh nghiệp vừa và nhỏ, sản xuất giấy bao bì, quá trình đổi mới công nghệ không đáng kể, vì vậy chất lượng không nâng lên được bao nhiêu, vẫn thua xa hàng ngoại, hiệu quả kinh doanh còn thấp.
Vài năm gần đây, số lượng các cơ sở sản xuất giấy ở các thành phần kinh tế khác tiếp tục gia tăng. Với mức tăng hàng năm trên 20%, những thành phần này đã đóng góp không nhỏ cho việc gia tăng sản lượng giấy gấp 2 lần trong 5 năm qua. Tuy nhiên, việc phát triển này cũng có nhiều lo ngại. Thứ nhất, tăng về số lượng các đơn vị nhỏ làm ngành giấy vốn nhỏ bé tản mạn lại càng nhỏ bé tản mạn. Thứ hai, xu hướng thế giới tăng rất nhiều về quy mô với những tầm cỡ 200.000 – 300.000 tấn/năm, thì chúng ta lại gia tăng các loại cực nhỏ 1.000 – 1.500 tấn/năm. Thứ ba, số nhà máy nhỏ thường đồng nghĩa với ô nhiễm môi trường. Ở Trung Quốc từ năm đến năm 1999 đã đóng cửa gần 10.000 đơn vị sản xuất có năng lực dưới 5.000 tấn/năm. Ở Việt Nam thì ngược lại, phát triển hơn bao giờ hết.
Đầu tư mới (quy mô lớn, công nghệ tiên tiến) theo kế hoạch định hướng rất chậm trong khi phát triển tự do, phân tán với công nghệ lạc hậu vẫn tiếp tục tăng cao.
Đầu tư rừng tản mạn, thiếu quy hoạch, thiếu khoa học kỹ thuật. Giống cây trôi nổi, người trồng không cần biết đến năng suất, do đó năng suất không cao, giá nguyên liệu quá đắt không hấp dẫn được người mua. Ngoài ra, đất dành cho trồng rừng nguyên liệu giấy chưa có ưu đãi, thường được bố trí ở những nơi xa xôi hẻo lánh, đất bạc màu, đồi dốc. Không cơ giới hoá được việc trồng và khai thác cũng như bảo vệ chăm sóc; hầu hết là lao động thủ công với giống không tốt thì năng suất không thể cao được.
Mất cân đối giữa đầu tư sản xuất giấy và sản xuất bột giấy. Cung cấp nguyên liệu và kế hoạch trồng rừng phát triển ổn định trong khi phải vay vốn trồng rừng hoàn toàn. Hiện cung cao hơn cầu, trong đó có lý do vì chưa đầu tư sản xuất bột giấy.
Công tác nghiên cứu khoa học ứng dụng đã được quan tâm nhưng chưa có đầu tư đáng kể về phương tiện và con người. Hiệu quả ứng dụng chưa cao. Tuy nhiên, một số thành tích trong công tác nghiên cứu ứng dụng tiến bộ kỹ thuật cải tiến chất lượng sản phẩm, giảm tiêu hao nguyên nhiên vật liệu, cải tiến môi trường tập trung ở những đơn vị sản xuất lớn.