Thực tiễn hoạt động thẩm định dự án pháp lệnh thời gian qua cho thấy một số quy định về hoạt động thẩm định còn mang tính nguyên tắc, chưa xác lập được một cơ chế thẩm định thực sự hợp lý và hiệu quả, đặc biệt là cơ chế mời chuyên gia thẩm định chưa được quy định rõ và không khả thi.
Nguyên tắc cơ bản của công tác thẩm định là mang tính chất tư vấn, góp ý kiến nên Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ có thể theo hoặc không theo ý kiến thẩm định, góp ý kiến của Bộ Tư pháp. Do đó, ý kiến tư vấn của cơ quan thẩm định không có nhiều ảnh hưởng đối với cơ quan chủ trì soạn thảo; tiếp thu hay không tiếp thu ý kiến của cơ quan thẩm định cũng như ý kiến của các cơ quan hữu quan là quyền của cơ quan chủ trì soạn thảo.
Bên cạnh đó, nội dung thẩm định có khi còn nặng nề về hình thức, chưa đi sâu vào nội dung và tính khả thi của các quy định trong dự án, dự
thảo pháp lệnh. Mặt khác, đội ngũ chuyên gia thực hiện công tác thẩm định còn mỏng nên khi thẩm định các văn bản chuyên ngành thường gặp nhiều khó khăn do không am hiểu về lĩnh vực chuyên sâu của những lĩnh vực kinh tế - xã hội. Quy trình phối hợp giữa cơ quan chủ trì soạn thảo dự án, dự thảo với cơ quan thẩm định và các bộ, ngành có liên quan còn chưa tốt, việc tổ chức phối hợp thẩm định giữa các cơ quan trong Bộ Tư pháp chưa chặt chẽ nên thời gian thẩm định còn kéo dài so với yêu cầu.
Cũng bởi pháp luật hiện nay chưa có quy định rõ ràng về trách nhiệm của các chủ thể tham gia quá trình xây dựng pháp lệnh đối với chất lượng của các văn bản đó sau khi chúng được ban hành, cũng chưa có cơ chế gắn kết giữa các hoạt động trong quá trình xây dựng pháp lệnh với các chế tài được áp dụng sau đó trong trường hợp văn bản pháp lệnh được ban hành ra có khiếm khuyết. Chính vì vậy, ý kiến thẩm định dường như mới chỉ là ý kiến đóng góp, chưa thực sự được coi là ý kiến phản biện đối với dự án được cơ quan soạn thảo chuẩn bị, phần nào đó cũng ảnh hưởng tới chất lượng của các pháp lệnh được ban hành.