Hiện nay, vấn đề quản lý chất thải chưa được sự quan tâm đúng mức của các ngành, các cấp và nguồn nhân lực hoạt động trong lĩnh vực này thì cũng chưa nhiều. Hơn nữa, những cán bộ này không được hướng dẫn và đào tạo chuyên sâu dẫn đến hậu quả thiếu cán bộ có trình độ chuyên môn sâu về chất thải. Công tác kiểm tra, kiểm soát lượng chất thải phát sinh phần lớn dựa trên chứng từ mà các số liệu trên các giấy tờ đó thường không phù hợp với thực tế. Phần lớn các sổ đăng ký chủ nguồn thải được thống kê thủ công do đó rất tốn thời gian, nhân lực và kết quả thường thiếu chính xác. Việc áp dụng các quy định về xử lý vi phạm trong lĩnh vực quản lý chất thải còn gặp nhiều khó khăn do các quy định về vấn đề này tuy nhiều nhưng còn chung chung và chưa cụ thể, chi tiết. Hầu hết tại các địa phương, năng lực thu gom xử lý của các đơn vị hành nghề quản lý chất thải mới đáp ứng một phần lượng chất thải phát sinh. Còn rất nhiều loại chất thải không được các chủ nguồn thải quan tâm và đặc biệt xả thải một cách bừa bãi. Hiện nay, chưa có các hướng dẫn, khuyến cáo về loại hình công nghệ xử lý chất thải khiến cho việc đầu tư còn hạn chế. Bên cạnh, chưa áp dụng các thành tựu khoa học kỹ thuật vào quản lý chất thải nên công nghệ còn rất lạc hậu, hiệu quả xử lý cũng chưa cao. Công tác quản lý chất thải chưa có quy hoạch chi tiết nên cũng gặp nhiều trở ngại trong việc thực hiện. Các nhóm, mã chất thải chưa có đơn giá xử lý với phương pháp xử lý cụ thể, chưa có các chính sách ưu tiên đối với công tác quản lý chất thải. Nhận thức và ý thức về BVMT và quản lý chất thải còn rất hạn chế và chưa được nâng cao. Công tác phổ biến thông tin, nâng cao nhận thức về BVMT cho cộng đồng, cơ sở sản xuất, kinh doanh, dịch vụ, làng nghề, y tế cũng như công tác thanh tra, kiểm tra, cưỡng chế chưa được triển khai toàn diện để tạo sự chuyển biến rõ rệt dẫn đến việc chưa hình thành được ý thức BVMT của toàn thể nhân dân. Việc thu hút đầu tư từ nước ngoài cũng rất hạn chế nên đầu tư tài chính cho quản lý chất thải chưa tương xứng. Hoạt động thu gom, xử lý chất thải nói chung cần được đầu tư thỏa đáng về công nghệ và vốn. Đầu tư cho công tác quản lý chất thải còn rất ít, chưa đáp ứng được nhu cầu thực tế. Cho đến nay nguồn kinh phí đầu tư chủ yếu từ ngân sách nhà nước và các nguồn vốn ODA. Trong khi đó, mức phí thu gom, xử lý chất thải còn tương đối thấp, vì vậy việc thu gom, vận chuyển và xử lý chất thải còn manh mún, tự phát và không hiệu quả. Xã hội hóa trong thu gom, vận chuyển và xử lý chất thải chưa được thực hiện một cách đồng bộ và có hiệu quả. Thực tế, việc xã hội hóa cho
thu gom, xử lý chất thải còn ở mức độ thấp, vẫn chủ yếu dựa vào ngân sách nhà nước. Việc thu gom và xử lý CTNH đã có sự tham gia khá tích cực của khu vực tư nhân, tuy nhiên vẫn còn ở quy mô nhỏ lẻ. Mặc dù đã có những quy định trong việc xã hội hóa công tác BVMT trong đó có việc xử lý chất thải, tuy nhiên quá trình để triển khai vay vốn thực hiện các dự án xử lý chất thải còn nhiều thủ tục và khó khăn, số dự án xử lý chất thải được vay từ nguồn vốn là rất ít.