Có thể nói việc áp dụng các quy định về thời hạn tố tụng hiệu quả hay không có một phần quan trọng thuộc về ý thức trách nhiệm cũng như khả năng cá nhân của người tiến hành tố tụng. Nguyên nhân do những người tiến hành tố tụng, có ý kiến thức pháp luật nhất định, nhưng trong quá trình áp dụng các quy định của pháp luật về thời hạn, đã hiểu chưa đầy đủ tinh thần và ý nghĩa của chế định, quy phạm pháp luật trong Bộ luật tố tụng hình sự, vô tình vi phạm các quy định pháp luật về thời hạn. Ngoài ra, do những người tiến hành tố tụng hạn chế về kiến thức pháp luật, trình độ chuyên môn nghiệp vụ chưa đủ dẫn đến nhận thức sai, vô ý vi phạm các quy định pháp luật luật về thời hạn.
Ví dụ: Một số cán bộ, Kiểm sát viên khi được phân công kiểm sát điều tra còn thụ động chờ việc, chưa chủ động trong quan hệ phối hợp với Điều tra viên để sắp xếp thời gian nghiên cứu hồ sơ, khi phát hiện những vấn đề cần thiết phải bổ sung vào hồ sơ vụ án (như thiếu chứng cứ, lý lịch tư pháp, bổ sung hoặc thay đổi tội danh...) thì không đề ra yêu cầu điều tra bằng văn bản. Nhiều trường hợp do không nghiên cứu kỹ hồ sơ, nên không phát hiện được hồ sơ cần điều tra thêm những vấn đề gì để bổ sung về chứng cứ, cần bổ sung thêm thủ tục gì về tố tụng, vì vậy đã không có yêu cầu điều tra để Cơ quan điều tra thực hiện. Nên khi kết thúc điều tra, đề nghị truy tố hồ sơ không đầy đủ chứng cứ, phải trả hồ sơ để điều tra bổ sung. Bên cạnh những nguyên nhân mang tính vô ý trên, còn có nguyên nhân phổ biến gây nhức nhối xã hội hiện nay. Đó là sự tha hóa, biến chất về tư tưởng của một số cán bộ, những người có thẩm quyền cố tình vi phạm các quy định về thời hạn tố tụng nhằm đạt bao che tội phạm. Hành vi kéo dài thời hạn tố tụng một cách cố ý cũng còn là một phần hệ quả của tình trạng tham ô, tham nhũng…