Chính sách là công cụ và là định hướng trong việc thu ngân sách nhà nước nhằm thực hiện và quản lý cũng như sử dụng nguồn ngân sách. Vì vậy chính sách là yếu tố quyết định đến việc thu ngân sách và quản lý thu ngân sách. Chính sách quy định nhiều lĩnh vực khác nhau liên quan đến thu ngân sách, mỗi chính sách sẽ ảnh hưởng đến thu ngân sách trên các khía cạnh khác nhau. Ví dụ sau đây nói lên ảnh hưởng rõ ràng trong việc ảnh hưởng của chính sách đến thu ngân sách năm 2013 và 2014.
Năm 2013 Chính phủ đã ban hành Nghị định số 209/2013/NĐ-CP quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT). Tiếp đó, Bộ Tài chính đã có Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31- 12-2013 hướng dẫn thi hành cụ thể Luật Thuế GTGT và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP của Chính phủ. Tuy nhiên, việc thực thi chính sách thuế mới
Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Kinh tế Page 85 này đã ảnh hưởng trực tiếp đến số thu ngân sách nhà nước trên địa bàn, nhất là đối với nguồn thu thuế GTGT từ lĩnh vực kinh doanh hàng nông sản...
Trong năm 2014 này, theo tính toán của Cục Thuế tỉnh nhiệm vụ thu ngân sách nhà nước tiếp tục gặp nhiều khó khăn do nhiều yếu tố khách quan tác động. Nhất là trong bối cảnh nền kinh tế tuy có dấu hiệu phục hồi tăng trưởng, tuy nhiên hoạt động sản xuất kinh doanh của cộng đồng doanh nghiệp vẫn chưa đạt hiệu quả như kỳ vọng. Bên cạnh đó, việc thực hiện các chính sách thuế mới cũng làm giảm, hụt thu ngân sách hàng trăm tỷ đồng. Theo quy định Luật Thuế GTGT, thu nhập doanh nghiệp có hiệu lực từ ngày 1-1-2014, không kê khai, tính thu thuế GTGT đối với sản phẩm trồng trọt chưa qua chế biến ở khâu thương mại; miễn thuế thu nhập doanh nghiệp đối với thu nhập của doanh nghiệp trong lĩnh vực trồng trọt ở địa bàn có điều kiện kinh tế, xã hội đặc biệt khó khăn.
Qua phân tích, đánh giá tình hình của Cục Thuế tỉnh, quy định điểm 5, Điều 5 Thông tư số 219/2013/TT-BTC về việc hướng dẫn thi hành cụ thể Luật Thuế GTGT và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP của Chính phủ, thì hầu hết các doanh nghiệp kinh doanh nông sản trên địa bàn tỉnh năm 2014 đều thuộc đối tượng không phải kê khai nộp thuế GTGT. Trong khi đó, số thuế GTGT từ lĩnh vực kinh doanh này chiếm một phần không nhỏ trong việc cân đối ngân sách.
Bên cạnh đó khó khăn trong việc thực hiện khi mà Thông tư số 219/2013/TT- BTC ra đời sau khi lập dự toán…những điều này ảnh hưởng rất lớn đến công tác thu ngân sách.