Sau khi lên nắm chính quyền đợc một thời gian, Thiên Hoàng đã xoá bỏ các lãnh chúa và Hoàng thân để hình thành một tầng lớp thợng đẳng
(Kazoku) của xã hội Nhật Bản (gồm quý tộc hoàng gia và quý tộc lãnh địa). Tầng lớp này tuy chiếm số lợng ít nhng là một bộ phận quan trọng trong giai cấp phong kiến, phần lớn nắm giữ những chức vụ chủ chốt trong bộ máy nhà nớc, họ có vai trò to lớn trong việc hoạch định chính sách cho đất nớc Nhật Bản.
Bên cạnh đó do nhu cầu cuộc sống, ngay từ những năm đầu thế kỷ XIX, giới võ sĩ (Samurai) đã phải tạm quên đi địa vị của mình để tham gia vào hoạt động sản xuất. Theo đó, ranh giới đẳng cấp bị phá vỡ, giữa các đẳng cấp có sự đan xen hòa lẫn vào nhau. Đến thời kỳ Minh Trị, ranh giới đẳng cấp đó đã bị xoá bỏ hoàn toàn. Tầng lớp Samurai (võ sĩ) không còn là một đẳng cấp riêng biệt với nhiều đặc quyền đặc lợi nh trớc đây mà họ bị phân hóa một cách sâu sắc. Sau cuộc cách mạng Minh Trị, các chức vụ quan trọng của chính quyền trung ơng đã đợc trao chủ yếu cho các Samurai và các Samurai có năng lực đã đợc chính phủ rất u đãi, đồng thời chính phủ đã xóa bỏ hệ thống đẳng cấp phù hợp với các nguyên tắc chỉ đạo là: Nhà nớc Minh Trị không đợc trở thành một nhà nớc phong kiến. Nh vậy, tầng lớp Samurai bị phân hóa, một bộ phận có năng lực thì đợc giữ các chức vụ trong chính phủ hoặc vào quân đội, một bộ phận thì trở thành những nhà kinh doanh. Còn đại đa số không tìm hoặc cha tìm cho mình một công việc thích hợp thì bất mãn với chính phủ. Đối với Samurai cấp thấp, ngay cả khi họ nhận đợc một khoản phụ cấp 4 năm bằng tiền mặt hay tín phiếu chính phủ, số tiền chẳng đáng là bao và họ không còn có thể phô bày vị trí xã hội là Samurai của mình. “ Các Samurai đợc hởng phụ cấp sau khi đất đai và các đền, chùa đều sát nhập vào của công. Song vì số ngời đợc hởng phụ cấp quá nhiều ( khoảng 400000 ngời ) nên tiền phải chi chiếm tới 1/2 số thuế đất đai, đây thực sự trở thành gánh nặng cho ngân sách quốc gia. Về vấn đề này, năm 1872, chính phủ đề nghị thay vì trợ cấp sẽ vay tiền của ngân hàng Anh quốc trả ngay cho những ngời này một số tiền mặt để họ sinh sống, lập nghiệp. Chẳng hạn, ngời đợc trợ cấp dới 100 Koku ( 1 Koku
= 180 Kg ) sẽ nhận ngay một số tiền bằng 4 hay 6 năm trợ cấp. Số này trả ngay 1/2 bằng tiền, 1/2 trả bằng công phiếu ( lãi 8% ) có thể bán lại trong 3 năm .” [ 17, 13 - 14]. Thời kỳ Tôcgaoa, ngoài phụ cấp, vị trí Samurai còn đem lại những khoản lợi khác, nhng sau cải cách Minh Trị họ đã mất tất cả. Những phần tử bất mãn này thờng xuyên gây bạo loạn. Chính quyền đã phát hiện ra khả năng thực hiện một cuộc viễn chinh để thu hút sự chú ý của Samurai bất mãn này. Kế hoạch tấn công Triều Tiên do Saigo Takamoni đệ trình đã bị gạt bỏ. Nhng đã có một cuộc viễn chinh tới Đài Loan (1874). Sau khi kiến nghị của mình bị bác bỏ, Saigo - một trong những nhân vật phục vụ xuất sắc nhất cuộc cách mạng Minh Trị đã từ chức. Những Samurai bất mãn với chính quyền đã coi ông ta là ngời chỉ huy của họ và cuối cùng họ đã nổi dậy chống chính quyền vào năm 1877 trong cuộc bạo loạn Satsuma. Cuộc bạo loạn bị chính phủ đàn áp và bị thất bại, song nó cũng gây nên một tổn thất lớn cho đất nớc.
Nh vậy dới thời Minh Trị duy tân, xã hội có sự phân hóa sâu sắc, tầng lớp Samurai không còn thuần túy là giới võ sĩ với tinh thần võ sĩ đạo cao cả nữa. Cuộc sống cùng với những mối quan hệ phức tạp thời kỳ này khiến họ phải bằng mọi cách để thích ứng với xã hội mới. Một điều hết sức đặc biệt ở Nhật Bản là chính tầng lớp Samurai đã đóng một vai trò rất to lớn cho sự thành công của cuộc cách mạng này. Thậm chí có thể nói rằng: Công cuộc phục hng xã hội Nhật Bản nửa cuối thế kỷ XIX gần nh là sự nghiệp của các Samurai trẻ miền Tây. Khi đánh giá về tầng lớp này, Michio Morishima khẳng định: "Nếu không có các võ sĩ đạo đợc huấn luyện tốt này thì Nhật Bản đã không thể thành lập đợc một chính quyền hiện đại cũng nh không thể thi hành chính sách một đất nớc giàu với một quân đội mạnh ngay sau cách mạng Minh Trị đợc".[16]
Trớc sự biến đổi đi lên của đất nớc, các giai tầng trong xã hội đều bị tác động và có sự chuyển biến.