Bờn cạnh những kết quả đó đạt đƣợc, Cụng ty vẫn cũn tồn tại những hạn chế yếu kộm nhất định đũi hỏi phải đƣợc giải quyết trong thời gian tới.
Cụng ty chƣa cú chiến lƣợc kinh doanh tổng quỏt và dài hạn gõy ảnh hƣởng đến việc định mục tiờu và phƣơng hƣớng hoạt động sản xuất kinh doanh đặc biệt là lộ trỡnh cổ phần hoỏ trong thời gian tới.
Chƣa hoàn thiện hệ thống cỏc định mức kinh tế kỹ thuật, định mức về chi phớ. Do đú, việc ỏp dụng cỏc định mức này trong quỏ trỡnh sản xuất kinh doanh thời gian vừa qua chƣa đƣợc kiểm soỏt một cỏch chặt chẽ nờn xảy ra tỡnh trạng lóng phớ vật tƣ, cỏc yếu tố đầu vào khỏc cả trong cụng tỏc sản xuất kinh doanh và cụng tỏc điều hành, quản lý.
Cỏc chỉ tiờu phản ỏnh kết quả và hiệu quả kinh doanh của Cụng ty đạt đƣợc trong thời gian qua là tƣơng đối cao và tăng trƣởng mang tớnh ổn định, tuy nhiờn kết quả đú chƣa tƣơng xứng với tiềm năng và lợi thế của Cụng ty nhất là trong điều kiện Cụng ty cú khả năng dồi dào về nguồn vốn cựng với cỏc chớnh sỏch ƣu đói của Nhà nƣớc và địa phƣơng nhằm khuyến khớch cỏc đơn vị hoạt động trong lĩnh vực hoỏ chất phục vụ nụng nghiệp phỏt triển.
hiệu suất sử dụng vốn cố định thấp và suất hao phớ vốn cố định cũn cao, nhất là trong điều kiện những năm vừa qua Cụng ty đó và đang thực hiện đầu tƣ cải tạo và nõng cấp dõy chuyền cụng nghệ nhằm tăng cụng suất của nhà mỏy, điều đú gõy tỡnh trạng lóng phớ và ảnh hƣởng đến hiệu quả kinh doanh của Cụng ty.
Tỡnh hỡnh quản lý chi phớ của Cụng ty chƣa thực sự tốt, tỡnh trạng hao hụt, thất thoỏt vẫn xảy ra làm giảm tỷ suất doanh lợi doanh thu và lợi nhuận.
Do Cụng ty quản lý định mức chi phớ khụng tốt, đặc biệt là định mức hao phớ nguyờn vật liệu nờn việc dự trữ nguyờn vật liệu chƣa sỏt với thực tế. Điều này thể hiện cụ thể ở việc xỏc định chi phớ về nguyờn vật liệu chƣa thƣờng xuyờn tớnh đến phần chi phớ hao hụt, thất thoỏt chi phớ chạy thử nghiệm, khụng tớnh đến giỏ trị nguyờn vật thu hồi và đƣợc tỏi sử dụng mà chỉ coi là giỏ trị phế liệu thu hồi. Tuy nhiờn, cú thời điểm dự trữ nguyờn vật liệu quỏ lớn làm gia tăng chi phớ bảo quản hao hụt và thất thoỏt…
Dõy chuyền sản xuất của Cụng ty cũn lạc hậu và thiếu đồng bộ, mặt khỏc Cụng ty chƣa xõy dựng đƣợc mụi trƣờng văn hoỏ và phong cỏch kinh doanh mang màu sắc đặc thự của Cụng ty.