Hoạt động tố tụng hình sự có ảnh hưởng trực tiếp đến các quyền của con người, ảnh hưởng đến việc bảo vệ an ninh chính trị, trật tự an toàn xã hội và các lợi ích khác của Nhà nước, của các tổ chức, cá nhân. Xuất phát từ sự nhạy cảm và tính chất quan trọng như vậy, nên pháp luật không giao thẩm quyền cho một cơ quan thực hiện toàn bộ quá trình chứng minh và xử lý tội phạm, mà giao cho nhiều cơ quan thực hiện. Mỗi cơ quan được pháp luật giao cho một nhiệm vụ khác nhau ở từng giai đoạn. Trong đó hoạt động điều tra chủ yếu sẽ do Cơ quan điều tra thực hiện, còn hoạt động giai đoạn truy tố là thẩm quyền của, TA có thẩm quyền xét xử. Chính vì điều đó, để đảm bảo cho hoạt động tố tụng được khách quan, có căn cứ và hợp pháp, pháp luật tố tụng hình sự đã đặt ra mối quan hệ phối hợp chế ước giữa các cơ quan này, trong đó có mối quan hệ giữa TA và VKS. Quan hệ phối hợp để hỗ trợ cùng thực hiện các hoạt động tố tụng để giải quyết vụ án được kịp thời theo chức năng, nhiệm vụ được giao, cùng nhau hướng đến mục đích chung là chứng minh và xử lý tội phạm; quan hệ chế ước để tác động khống chế, kiềm chế lẫn nhau, bảo đảm cho hoạt động tố tụng được khách quan, có căn cứ và đúng pháp luật. Điều này hoàn toàn phù hợp với quan điểm của Đảng và Nhà nước ta đã thể hiện trong Nghị quyết số 49 NQ/TW của Bộ Chính trị về chiến lược cải cách tư pháp đến năm 2020 “quyền lực Nhà nước là thống nhất, có sự phân công, phối hợp giữa các cơ quan nhà nước trong việc thực hiện các quyền lập pháp, hành pháp, tư pháp”. Tuy nhiên, các quy định của pháp luật và thực tiễn áp dụng tố tụng hiện nay chưa thể hiện đúng bản chất của mối quan hệ này. Tính chế ước của TA trong giai đoạn hiện nay chưa được bảo đảm thực hiên, chưa xứng tầm với chức năng nhiệm vụ của mình, mà hầu như trong nhiều trường hợp quyền hạn của TA đã bị hạn chế bởi VKS58.
Mặc khác, theo tinh thần cải cách tư pháp của Nghị quyết số 48 ngày 24 tháng 05 năm 2005 Bộ Chính trị về chiến lược xây dựng và hoàn thiện hệ thống pháp luật Việt
Nam đến năm 2010, định hướng đến năm 2020 và Nghị quyết số 49 của Bộ Chính trị về chiến lược cải cách tư pháp đến năm 2020 đã xác định:
+ Xây dựng và hòan thiện pháp luật về tổ chức và hoạt động của các cơ quan tư pháp phù hợp với mục tiêu, định hướng của chiến lược cải cách tư pháp; xác định đúng, đủ quyền năng và trách nhiệm pháp lý cho từng cơ quan, chức năng tư pháp. Trong đó, trọng tâm là hoàn thiện pháp luật về tổ chức hoạt động của Tòa án nhân dân;
+ Đảm bảo đảm TA xét xử độc lập, đúng pháp luật kịp thời;
+ Đổi mới việc tổ chức phiên tòa xét xử, xác định rõ hơn vị trị, quyền hạn, trách nhiệm của người tiến hành tố tụng và người tham gia tố tụng theo hướng đảm bảo tính công khai, dân chủ, nghiêm minh; nâng cao chất lượng tranh tụng tại phiên tòa xét xử, coi đây là khâu đột phá của hoạt động xét xử.
Để bảo đảm cho việc xét xử sơ thẩm vụ án hình sự theo đúng tinh thần cải cách tư pháp của Đảng và Nhà nước đề ra, đồng thời giải quyết những tồn tại về mối quan hệ giữa TA và VKS như hiện nay, thiết nghĩ trong tương lai cùng với sự hoàn thiện đồng bộ pháp luật hình sự nói chung thì việc xem xét và hoàn thiện mối quan hệ tố tụng giữa TA và VKS trong xét xử sơ thẩm vụ án hình sự theo hướng tạo sự độc lập của TA trong hoạt động xét xử là điều cần thiết, mà trọng tâm là hoàn thiện mối quan hệ giữa TA và VKS