Nguyên nhân khách quan dẫn đến những tồn tại trong việc xét xử giữa TA và VKS là do xuất phát từ những quy định của pháp luật hình sự chưa thật sự phù hợp, cụ thể:
54 Những điều này được đưa ra trong các Nghị quyết 08-NQ/TW, ngày 02-01-2002 của Bộ chính trị “về một số nhiệm vụ trọng tâm công tác tư pháp trong thời gian tới”; Nghị quyết 49-NQ/TW, ngày 02 tháng 06 năm 2005 “về chiến lược cải cách tư pháp đến năm 2020.
Thứ nhất, các pháp luật trong lĩnh vực hình sự chưa thật sự hoàn chỉnh, trong đó có cả về luật nội dung lẫn hình thức nhưng công công tác hướng dẫn thi hành chưa được thực hiện một cách nhanh chóng kịp thời đầy đủ nên khi áp dụng pháp luật còn mâu thuẫn chưa thống nhất, đồng bộ. Vì thế, khi xét xử TA và VKS thường có quan điểm trái ngược nhau, nên việc xét xử thường kéo dài do phải trả hồ sơ điều tra quá nhiều lần, còn có những vụ án phải kiến nghị lên cấp trên để xem xét. Chẳng hạn như trong quy định của BLHS giữa Tội cố ý gây thương tích theo Điều 104 và tội giết người theo Điều 93 đang là một trong những quy định thường có sự mâu thuẫn trong việc xác định tội danh giữa TA và VKS. Ví dụ như trong vụ án ở Tây Ninh, Đạt dùng mã tấu chém K, buộc K bỏ chạy vào hẻm cụt. Đạt sấn tới ép K vào góc tường rồi chém nhiều nhát vào vùng đầu của K theo hướng từ trên xuống, K đưa tay lên đỡ thì bị chặt đứt bàn tay phải và bị thương tật ở vùng đầu là 27 %. VKS truy tố Đạt về tội cố ý gây thương tích nhưng TA không đồng ý vì cho rằng đó là tội giết người do bị cáo đã dùng hung khí nguy hiểm chém K đến cùng, nên ý chí của Đạt là muốn giết K55. Do đó sau khi xét xử sơ thẩm TA đã kiến nghị lên cấp trên. Do đó việc luật hướng dẫn áp dụng thống nhất quy định này là một làm cần thiết tránh lãng phí thời gian xét xử chỉ vì quy định của pháp luật chưa thể hiện rõ cách xác định tội, dẫn đến việc áp dụng pháp luật không thống nhất, chưa kể đến việc xử sai bỏ lọt tội phạm. Hay như việc triển khai công tác hướn dẫn các quy định trong BLTTHS, mà cụ thể hơn là công tác hướng dẫn các quy định về việc trả hồ sơ điều tra bổ sung BLTTHS ra đời từ năm 2003 nhưng cho đến nay mới có văn bản hướng dẫn áp dụng các quy định này là một ví dụ.
Thứ hai, trong các quy định của pháp luật có những quy định còn trùng lặp, mâu thuẫn với nhau nên khi áp dụng chưa thống nhất với nhau. Chẳng hạn như trong quy định tại khoản 2 Điều 196 BLTTS và điểm b khoản 1 Điều 179 BLTTHS thì luật quy định có sự trùng lặp, vừa cho TA xét xử đồng thời cũng cho TA trả hồ sơ điều tra bổ sung. Do đó, trong mối quan hệ giữa TA và VKS khi áp dụng pháp luật chưa có sự thống nhất dẫn đến việc kéo dài vụ án.
Thứ ba, trong mối quan hệ giữa TA và VKS còn thiếu văn bản hướng dẫn thi hành về mối quan hệ giữa hai cơ quan này trong xét xử sơ thẩm vụ án hình sự nên việc áp dụng pháp luật chưa tạo ra một sự thống nhất, đồng bộ.