Bênh cạnh những thuận lợi mà tuyến xe buýt Cần Thơ – Vĩnh Long mang lại thì còn rất nhiều khó khăn, thách thức phải đối mặt. Với chi phí rẻ hơn các cách di chuyển bằng các phương tiện khác như taxi, xe honda ôm,.... nhưng thời gian các chuyến xe buýt liên tiếp cách nhau khá xa khoảng 15 phút chạy 1 chuyến nhiều lúc các xe còn bỏ tài chạy nên hành khách phải đợi mất nhiều thời gian nếu đã lỡ chuyến trước đó. Mỗi một chuyến đi từ Vĩnh Long – Cần Thơ hay ngược lại thì mất thời gian khoảng 2 tiếng trong khi lộ trình đường đi chỉ khoảng 35 km, điều đó làm hành khách có cảm giác mệt mõi vì đợi quá lâu. Chi phí rẻ nhưng thời gian đợi chờ quá lâu, đó cũng là một bất
29
tiện và là một trong những nguyên nhân khiến nhiều hành khách rất ít khi đi xe buýt.
Một việc khiến hành khách không thích đi xe buýt đó là văn hoá trên xe buýt. Nỗi khổ phải chờ lâu, rồi xe bỏ trạm, xe quá đông khách, chạy với tốc độ chóng mặt, nhân viên, tài xế làm "mặt lạnh", quát tháo vô tội vạ, chửi thề... là chuyện rất thường thấy trên các chuyến xe buýt hiện nay. Theo quy định trên các xe buýt đều có bảng cấm hút thuốc nhưng hiện nay trên nhiều chuyến xe các hành khách vẫn phì phèo nhả khói, thậm chí có bác tài cũng làm việc này mà không có ai nhắc nhở, cảnh cáo. Đi xe vào giờ cao điểm vừa nhồi nhét vừa chạy đua với tốc độ cao, vừa hít xăng xe khói bụi, vừa phải chịu đựng thêm khói thuốc lá nữa quả là quá cực hình với các hành khách. Đó là chưa kể trên các chuyến cuối trong ngày (17 giờ), xe thường hay quá tải, hành khách buộc phải "đứng và đu", thường bị các hành khách “vô văn hóa” giở trò sàm sỡ, quấy rối, nhiều người còn bị kẻ gian móc túi lấy hết giấy tờ tiền bạc nữa. Đó là văn hoá xe buýt của chúng ta hiện nay.
Thêm một nỗi nhức nhối là hiện nay là dường như rất nhiều nhà chờ xe buýt đã "chuyển đổi chức năng" thành nơi ngủ nghỉ cho những người lang thang, nhiều nhà chờ đã dỡ ra, nhiều nhà chờ bố trí ở những địa điểm không hợp lý nên đã mất chức năng đúng nghĩa là “nhà chờ”. Nhiều hành khách không bao giờ đến đúng các trạm chờ để đón xe, chỉ cần đứng bên đường, thấy xe buýt chỉ cần vẫy tay là đón được vì thế về lâu về dài họ đã quen dần với việc ấy nên không cần đến trạm xe họ vẫn đón xe được.
Hiện nay vẫn chưa có làn đường riêng dành cho xe buýt, nên xe buýt chạy với vận tốc không cao và do xe buýt đón khách thường xuyên tại các trạm chờ nên cứ ra vô liên tục gây cản trở lưu thông của nhiều phương tiện giao thông khác cùng tham gia trên tuyến đường. Bên cạnh đó là ý thức tham gia giao thông của các phương tiện khác như nhiều người dân, nhiều phương tiện chiếm điểm đỗ xe, khi xe buýt có tín hiệu ra vào họ không tránh.
Ngoài ra chất lượng cuộc sống và mức sống của người dân càng ngày được nâng lên, thu nhập ngày càng tăng vì thế người dân có thể mua các phương tiện đi lại như xe máy,… để có thể thuận tiện đi lại và chủ động về thời gian. Điều đó cũng gây khó khăn làm giảm lượng hành khách xuống, Mức sống của người dân ngày càng cao thì càng đòi hỏi nhất là về chất lượng dịch vụ, khi hành khách cảm thấy không hài lòng thì ít nhiều gì cũng ảnh hưởng đến quyết định có đi xe buýt hay chuyển sang đi bằng phương tiện khác. Làm sao để cải thiện chất lượng dịch vụ xe buýt đó vẫn còn là một vấn đề nan giải.