Mặc dù vậy, khi tiến hành cổ phần hóa, công ty cũng không thể tránh khỏi những nhƣợc điểm còn tồn tại. Những vƣớng mắc gặp phải trong quá trình cổ phần hóa của công ty nói riêng cũng nhƣ các doanh nghiệp nhà nƣớc khi tiến hành cổ phần hóa nói chung là không tận dụng đƣợc sự hỗ trợ của nhà đầu tƣ chiến lƣợc cho việc cổ phần hóa. Để chuyển đổi hình thức sở hữu từ 100% vốn nhà nƣớc sang cổ phần, công ty cũng nhƣ đa số các doanh nghiệp
nhà nƣớc khi tiến hành cổ phần hóa khác là đều làm theo quy trình: chọn một công ty chứng khoán làm tƣ vấn, tổ chức đấu giá công khai, bán cho cán bộ công nhân viên và bán riêng lẻ cho các nhà đầu tƣ có tổ chức, trong đó có nhà đầu tƣ chiến lƣợc. Một nhƣợc điểm khác là việc Nghị định 109 quy định giá bán cho nhà đầu tƣ chiến lƣợc không đƣợc thấp hơn giá đấu bình quân thành công tại đợt chào bán công khai cổ phiếu lần đầu ra công chúng đã khiến các nhà đầu tƣ chiến lƣợc không vui vì họ cảm thấy bị đối xử không công bằng. Chính vì vậy mà công ty cũng nhƣ các doanh nghiệp nhà nƣớc khác trong quá trình cổ phần hóa đã không tận dụng đƣợc sự giúp đỡ của các nhà đầu tƣ chiến lƣợc, trong khi đó chính các nhà đầu tƣ chiến lƣợc là cá nhân vạch ra phƣơng hƣớng để làm cho công ty ngày càng phát triển. Mục đích của việc cổ phần hóa doanh nghiệp nhà nƣớc nhằm đẩy mạnh doanh thu và hiệu quả hoạt động của doanh nghiệp. Vì vậy, xây dựng phƣơng án kinh doanh khả thi và tìm kiếm nhà đầu tƣ chiến lƣợc là yếu tố then chốt tạo nên sự thành công của doanh nghiệp.
Bên cạnh đó, trong quá trình cổ phần hóa, công ty còn mắc phải những nhƣợc điểm riêng nhƣ các đơn vị thành viên còn chậm trễ và ỷ lại trong việc áp dụng các chính sách cổ phần hóa. Nhiều văn bản đƣợc trình lên cơ quan lãnh đạo nhƣng còn phải chờ đợi khá lâu để đƣợc ký duyệt. Hơn thế nữa mọi vấn đề liên quan đến quyết định chính sách cổ phần hóa đều phải đƣợc trình lên Tổng công ty và chờ Tổng công ty quyết định, nên hoạt động này cũng gây mất thời gian khá nhiều trong quá trình công ty tiến hành cổ phần hóa. Bên cạnh đó tâm lý ngƣời lao động trong công ty còn chƣa ổn định, cơ quan lãnh đạo còn chậm trễ trong hoạt động phổ biến, tuyên truyền chính sách cổ phần hóa để làm ổn định tinh thần cho cán bộ công nhân viên, gây ảnh hƣởng đến quá trình sản xuất của công ty. Đây cũng là những nhƣợc điểm khiến cho công ty bị chậm tiến trình cổ phần hóa.
Tóm lại, Công ty Supe phốt phát và hóa chất Lâm Thao nói riêng và các doanh nghiệp nhà nƣớc đƣợc tiến hành cổ phần hóa nói chung khi tiến hành cổ phần hóa đều đạt đƣợc những ƣu điểm và còn mắc phải những nhƣợc điểm nhất định. Đối với công ty supe, tiến trình cổ phần hóa tuy bị chậm so với dự kiến nhƣng những ƣu điểm trong quá trình công ty tiến hành cổ phần hóa đã mang lại nhiều thành tựu lớn cho công ty ở cả thời điểm hiện tại và ngay cả trong tƣơng lai.
Chương 3