Quy trình kiểm tra thuế là trình tự và các bƣớc công việc cụ thể bắt buộc phải tuân thủ khi thực hiện một quyết định kiểm tra thuế, một chƣơng trình hay một kế hoạch kiểm tra cụ thể. Ngoài công tác lập kế hoạch kiểm tra hàng năm và công tác báo cáo thực hiện kết quả kiểm tra, thì kiểm tra bao gồm một loạt các bƣớc lô gíc với nhau từ lúc công chức kiểm tra nhận hồ sơ cho đến khi hoàn thành.
Thực hiện công cuộc cải cách và hiện đại hóa ngành thuế nói chung và công tác kiểm tra thuế nói riêng, Luật quản lý thuế có hiệu lực từ ngày 1/7/2007 đã chi phối quy trình thực hiện kiểm tra thuế. Quy trình kiểm tra thuế đƣợc thực hiện theo Quyết định số 528/QĐ-TCT ngày 29 tháng 5 năm 2008 của Tổng cục trƣởng Tổng cục Thuế, nội dung quy trình đƣợc quy định cụ thể nhƣ sau:
1.3.4.1. Kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan Thuế
28
Bộ phận kiểm tra thuế và công chức kiểm tra thuế sử dụng dữ liệu kê khai thuế của NNT trong hệ thống cơ sở dữ liệu của ngành và những dữ liệu thông tin của NNT chƣa đƣợc nhập vào hệ thống dữ liệu của ngành (nếu có) để kiểm tra tất cả các hồ sơ khai thuế; phân tích, đánh giá lựa chọn các cơ sở kinh doanh có rủi ro về việc kê khai thuế.
Ngoài các dữ liệu, thông tin trong hồ sơ khai thuế, bộ phận kiểm tra và công chức kiểm tra thuế còn phải tổ chức thu thập thêm thông tin nếu có liên quan đến việc xác định nghĩa vụ thuế của NNT từ các nguồn thông tin của các cơ quan nhƣ Ngân hàng, Kho bạc, Kiểm toán, Quản lý thị trƣờng, tài nguyên môi trƣờng, kế hoạch và đầu tƣ, thanh tra, công an, toà án...
* Lựa chọn cơ sở kinh doanh để lập danh sách kiểm tra hồ sơ khai thuế
Hàng năm Đội kiểm tra thuộc Chi cục Thuế phải kiểm tra sơ bộ tất cả các loại hồ sơ khai thuế. Phân tích, đánh giá, lựa chọn các cơ sở kinh doanh có rủi ro về thuế để lập danh sách phải kiểm tra theo hƣớng dẫn sau:
Lựa chọn các cơ sở kinh doanh có ý thức tuân thủ pháp luật về thuế thấp nhƣ: - Nộp hồ sơ khai thuế thƣờng không đầy đủ các tài liệu kèm theo hoặc nộp không đúng hạn các loại hồ sơ khai thuế.
- Khai thuế hay sai sót không đúng với số thuế thực tế phải nộp, phải điều chỉnh nhiều lần; cơ quan Thuế đã nhiều lần nhắc nhở nhƣng chậm khắc phục.
- Vi phạm về hồ sơ khai thuế tháng, quý mà cơ quan Thuế phải ra Quyết định kiểm tra tại trụ sở cơ sở kinh doanh ít nhất 3 lần trong 1 năm.
- Không nộp đầy đủ số thuế đã kê khai và nộp chậm kéo dài, thƣờng xuyên có tình trạng nợ thuế.
- Có các dấu hiệu không bình thƣờng về khai thuế so với tháng trƣớc hoặc năm trƣớc.
- Có số thuế GTGT âm (-) liên tục nhƣng không xin hoàn hoặc có xin hoàn nhƣng hồ sơ khai thuế không đầy đủ và cơ quan Thuế đã có yêu cầu bổ sung hoàn thiện nhƣng không thực hiện đƣợc.
29
Lựa chọn cơ sở kinh doanh có doanh thu năm trƣớc hoặc số thuế phải nộp lớn. Thủ trƣởng cơ quan Thuế quy định mức doanh thu và số tiền thuế phải nộp để xác định cơ sở kinh doanh có doanh thu hoặc số thuế phải nộp lớn.
Lựa chọn một số cơ sở kinh doanh theo chỉ đạo của Thủ trƣởng cơ quan Thuế hoặc theo chỉ đạo của Thủ trƣởng cơ quan Thuế cấp trên.
Khi lập danh sách số lƣợng cơ sở kinh doanh phải kiểm tra hồ sơ khai thuế để trình Thủ trƣởng cơ quan Thuế duyệt, Trƣởng phòng kiểm tra thuế hoặc Đội trƣởng Đội kiểm tra thuế cần phải cân đối với nguồn nhân lực hiện có đảm bảo kiểm tra đƣợc tất cả các loại hồ sơ khai thuế của cơ sở kinh doanh đã đƣợc lập theo danh sách.
Đối với các loại hồ sơ khai thuế: Thuế nhà thầu nƣớc ngoài; nộp tiền thuế sử dụng đất khi đƣợc giao đất; thuế nhà đất; thuế chuyển quyền sử dụng đất; thuế sử dụng đất nông nghiệp; thuế môn bài; lệ phí trƣớc bạ; phí và các loại lệ phí khác... không thuộc diện lập danh sách để Thủ trƣởng cơ quan Thuế duyệt hàng năm. Bộ phận đƣợc giao kiểm tra các loại hồ sơ khai thuế nêu trên phải bố trí công chức kiểm tra tất cả các loại hồ sơ khai thuế phát sinh trong năm.
* Duyệt và giao nhiệm vụ kiểm tra hồ sơ khai thuế
Chậm nhất là ngày 20 tháng 12 hàng năm, từng bộ phận kiểm tra thuế phải trình Thủ trƣởng cơ quan Thuế danh sách NNT phải kiểm tra hồ sơ khai thuế theo đánh giá rủi ro (nội dung 2 nêu trên).
Chậm nhất là ngày 30 tháng 12 hàng năm, Thủ trƣởng cơ quan Thuế phải duyệt xong danh sách NNT phải kiểm tra hồ sơ khai thuế của từng bộ phận kiểm tra thuế.
Căn cứ vào danh sách số lƣợng NNT phải kiểm tra hồ sơ khai thuế đã đƣợc Thủ trƣởng cơ quan Thuế duyệt, Đội trƣởng kiểm tra thuế giao cụ thể số lƣợng NNT phải kiểm tra hồ sơ thuế cho từng công chức kiểm tra thuế.
Công chức kiểm tra thuế có trách nhiệm kiểm tra tất cả các loại hồ sơ khai thuế bao gồm: Hồ sơ khai thuế theo từng lần phát sinh; các loại hồ sơ khai thuế theo tháng; các loại hồ sơ khai thuế theo quý; các loại hồ sơ khai thuế theo năm của NNT đƣợc giao.
* Nội dung kiểm tra hồ sơ thuế
Kiểm tra việc ghi chép phản ánh các chỉ tiêu trong hồ sơ khai thuế. Trƣờng hợp phát hiện NNT không ghi chép, phản ánh đầy đủ các chỉ tiêu trong hồ sơ khai
30
thuế, công chức kiểm tra thuế phải báo cáo Thủ trƣởng cơ quan Thuế ra thông báo yêu cầu NNT bổ sung các chỉ tiêu chƣa phản ánh trong hồ sơ khai thuế.
Kiểm tra các căn cứ tính thuế để xác định số thuế phải nộp; số tiền thuế đƣợc miễn, giảm; số tiền hoàn thuế... theo phƣơng pháp đối chiếu so sánh nhƣ sau:
- Đối chiếu với các quy định của các văn bản pháp luật về thuế. - Đối chiếu các chỉ tiêu trong tờ khai thuế với các tài liệu kèm theo.
- Đối chiếu các chỉ tiêu phản ánh trong tờ khai thuế, các tài liệu kèm theo tờ
khai thuế với tờ khai thuế, các tài liệu kèm theo tờ khai thuế tháng trƣớc, quý trƣớc,
năm trƣớc.
- Đối chiếu với các dữ liệu của NNT có quy mô kinh doanh tƣơng đƣơng, có cùng ngành nghề, mặt hàng kinh doanh.
- Đối chiếu với các thông tin, tài liệu thu thập đƣợc từ các nguồn khác.
* Xử lý kết quả kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan Thuế
Kết thúc kiểm tra mỗi hồ sơ khai thuế, công chức kiểm tra thuế phải nhận xét hồ sơ khai thuế theo mẫu số 01/Ktra kèm theo quy trình này.
Xử lý sau khi nhận xét hồ sơ khai thuế:
- Đối với các hồ sơ khai thuế khai đầy đủ chỉ tiêu; đảm bảo tính hợp lý, chính xác của các thông tin, tài liệu; không có dấu hiệu vi phạm thì bản nhận xét hồ sơ khai thuế đƣợc lƣu lại cùng với hồ sơ khai thuế.
- Đối với các hồ sơ khai thuế phát hiện thấy căn cứ để xác định số thuế khai là có nghi vấn thì công chức kiểm tra thuế phải báo cáo Thủ trƣởng cơ quan Thuế ra thông báo yêu cầu NNT hoàn chỉnh hồ sơ theo quy định.
- Đối với hồ sơ khai thuế, số liệu khai phát hiện thấy chƣa chính xác hoặc có những chỉ tiêu cần làm rõ liên quan đến số thuế phải nộp; số tiền thuế đƣợc miễn, giảm; số thuế đƣợc hoàn... Công chức kiểm tra thuế phải báo cáo Thủ trƣởng cơ quan Thuế ra thông báo bằng văn bản đề nghị NNT giải trình hoặc bổ sung thông tin tài liệu.
Thời hạn NNT phải giải trình hoặc bổ sung thông tin tài liệu đƣợc ghi trong thông báo không quá 10 ngày làm việc kể từ ngày Thủ trƣởng cơ quan Thuế ký thông báo.
31
- Trƣờng hợp NNT trực tiếp đến cơ quan Thuế giải trình hoặc bổ sung thông tin tài liệu theo thông báo của cơ quan Thuế, công chức kiểm tra thuế phải lập biên bản làm việc.
- Xử lý sau khi NNT đã giải trình hoặc bổ sung thông tin tài liệu:
- Trƣờng hợp NNT đã giải trình hoặc bổ sung thông tin tài liệu chứng minh đƣợc số thuế khai là đúng thì Bản giải trình, tài liệu bổ sung hoặc Biên bản làm việc (nếu làm việc trực tiếp) đƣợc chấp nhận và lƣu lại cùng với hồ sơ khai thuế.
- Trƣờng hợp NNT đã giải trình hoặc bổ sung thông tin tài liệu nhƣng không chứng minh số thuế khai là đúng thì công chức kiểm tra thuế báo cáo Thủ trƣởng cơ quan Thuế ra thông báo lần 2 yêu cầu NNT tiếp tục giải trình hoặc bổ sung thêm thông tin tài liệu. Thời hạn yêu cầu NNT tiếp tục giải trình hoặc bổ sung thêm thông tin tài liệu đƣợc ghi trong thông báo không quá 5 ngày làm việc kể từ ngày Thủ trƣởng cơ quan Thuế ký thông báo.
- Hết thời hạn theo thông báo lần 2 của cơ quan Thuế mà NNT không giải trình, bổ sung thêm thông tin tài liệu hoặc trong thời hạn theo thông báo của cơ quan Thuế, NNT giải trình, bổ sung thêm thông tin tài liệu nhƣng không chứng minh đƣợc số thuế khai là đúng thì công chức kiểm tra thuế báo cáo Thủ trƣởng cơ quan Thuế:
Quyết định ấn định số thuế phải nộp hoặc quyết định kiểm tra tại trụ sở của NNT trong trƣờng hợp không đủ căn cứ để ấn định số thuế phải nộp.
* Thủ tục hành chính khi công chức kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan Thuế ra thông báo thuế hoặc quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở NNT như sau:
Thủ tục trình lãnh đạo để thực hiện ra thông báo lần thứ nhất, lần thứ hai: Thông báo lần thứ nhất phải có tờ trình và kèm theo các tài liệu:
- Dự thảo thông báo;
- Bản nhận xét kết quả kiểm tra; - Hồ sơ khai thuế.
Thông báo lần thứ hai phải có tờ trình và kèm theo các tài liệu:
32
- Bản giải trình hoặc các thông tin tài liệu của NNT bổ sung theo thông báo lần thứ nhất hoặc biên bản làm việc (đối với trƣờng hợp NNT trực tiếp đến cơ quan thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu).
- Toàn bộ hồ sơ trình theo thông báo lần thứ nhất. Hồ sơ trình quyết định ấn định số thuế phải nộp gồm: - Tờ trình nêu rõ các căn cứ để ấn định số thuế phải nộp. - Dự thảo thông báo ấn định số thuế phải nộp.
- Các tài liệu kèm theo thông báo lần thứ nhất và thông báo lần thứ hai. Hồ sơ trình quyết định kiểm tra gồm:
- Tờ trình nêu rõ lý do phải kiểm tra; nội dung kiểm tra đƣợc ghi cụ thể kiểm tra vấn đề gì.
- Dự thảo quyết định kiểm tra thuế. Trong quyết định kiểm tra phải có những nội dung cơ bản sau đây:
+) Căn cứ pháp lý để kiểm tra;
+) Đối tƣợng kiểm tra (nếu đối tƣợng kiểm tra có các đơn vị thành viên thì phải ghi cụ thể danh sách các đơn vị thành viên thuộc đối tƣợng kiểm tra);
+) Nội dung, phạm vi kiểm tra;
+) Thời gian tiến hành kiểm tra;
+) Thành phần đoàn kiểm tra gồm: Trƣởng đoàn và các thành viên; +) Quyền hạn và trách nhiệm của đoàn kiểm tra và của đối tƣợng kiểm tra.
- Các tài liệu kèm theo thông báo lần thứ nhất và thông báo lần thứ hai.
1.3.4.2. Kiểm tra tại trụ sở của NNT
* Trình tự, thủ tục kiểm tra thuế tại trụ sở của NNT
Quyết định kiểm tra thuế phải đƣợc gửi cho NNT chậm nhất là 3 ngày làm việc, kể từ ngày quyết định kiểm tra đƣợc Thủ trƣởng cơ quan Thuế ký.
Trƣớc thời điểm tiến hành kiểm tra tại trụ sở NNT, NNT có văn bản đề nghị hoãn thời gian tiến hành kiểm tra thì trong thời hạn 5 ngày làm việc kể từ ngày nhận
33
đƣợc văn bản đề nghị hoãn thời gian kiểm tra, Trƣởng đoàn kiểm tra thuế phải xem xét và trình Thủ trƣởng cơ quan thuế ra văn bản chấp nhận hay không chấp nhận việc hoãn thời gian kiểm tra.
Trƣớc thời điểm tiến hành kiểm tra tại trụ sở của NNT mà NNT chứng minh đƣợc số thuế khai là đúng thì trong thời hạn 5 ngày làm việc Trƣởng đoàn kiểm tra thuế trình Thủ trƣởng cơ quan Thuế ra quyết định bãi bỏ Quyết định kiểm tra thuế.
Việc kiểm tra thuế tại trụ sở của NNT phải đƣợc tiến hành chậm nhất là 10 ngày làm việc, kể từ ngày ban hành Quyết định kiểm tra thuế. Trƣởng đoàn kiểm tra thuế có trách nhiệm công bố quyết định kiểm tra thuế và giải thích nội dung kiểm tra theo quyết định. Khi kết thúc công bố quyết định kiểm tra, Đoàn kiểm tra thuế và NNT phải có biên bản xác định thời gian và nội dung công bố quyết định kiểm tra
Sau một ngày công bố quyết định kiểm tra, Trƣởng đoàn kiểm tra phải phân công các thành viên trong đoàn thực hiện kiểm tra từng phần việc theo nội dung ghi trong quyết định kiểm tra.
Các thành viên đoàn kiểm tra phải thực hiện phần công việc theo sự phân công của Trƣởng đoàn kiểm tra và chịu trách nhiệm về phần công việc đƣợc giao. Kết thúc phần việc đƣợc giao, thành viên đoàn kiểm tra phải lập biên bản xác định số liệu kiểm tra với ngƣời đƣợc uỷ quyền của NNT làm việc với đoàn kiểm tra.
Trong quá trình thực hiện kiểm tra, Đoàn kiểm tra đƣợc quyền kiểm tra tài sản, vật tƣ, hàng hoá, xem xét chứng từ kế toán, sổ sách kế toán, báo cáo tài chính, các tài liệu có liên quan trong phạm vi nội dung của Quyết định kiểm tra thuế.
Trƣờng hợp cần phải tạm giữ tài liệu, tang vật liên quan đến hành vi trốn thuế, gian lận thuế thì Trƣởng đoàn kiểm tra phải báo cáo Thủ trƣởng cơ quan Thuế có quyết định áp dụng biện pháp tạm giữ tài liệu, tang vật liên quan đến hành vi trốn thuế, gian lận thuế theo quy định.
Khi tạm giữ tài liệu, tang vật liên quan đến hành vi trốn thuế, gian lận thuế, Trƣởng đoàn kiểm tra thuế phải lập biên bản tạm giữ tài liệu, tang vật có xác nhận của NNT.
34
Trƣởng đoàn kiểm tra và các thành viên trong đoàn kiểm tra không đƣợc yêu cầu NNT cung cấp các thông tin tài liệu không liên quan đến nội dung kiểm tra; thông tin tài liệu thuộc bí mật của Nhà nƣớc, trừ trƣờng hợp pháp luật có quy định khác.
Thời hạn kiểm tra tại trụ sở của NNT không quá 5 ngày làm việc, kể từ ngày công bố quyết định kiểm tra tại trụ sở NNT. Trong trƣờng hợp xét thấy cần phải kéo dài thời gian để xác minh, thu thập tài liệu, chứng cứ thì chậm nhất là trƣớc một ngày kết thúc thời hạn kiểm tra, Trƣởng đoàn kiểm tra phải báo cáo Thủ trƣởng cơ quan Thuế để có quyết định bổ sung thời hạn kiểm tra. Mỗi cuộc kiểm tra chỉ đƣợc bổ sung thêm thời hạn kiểm tra một lần. Thời gian bổ sung không quá 5 ngày làm việc.
* Lập biên bản kiểm tra
Biên bản kiểm tra thuế phải phải nêu rõ căn cứ để lập biên bản kiểm tra là số liệu và tình hình đƣợc phản ánh trong biên bản kiểm tra từng phần việc mà Trƣởng đoàn kiểm tra đã giao cho từng thành viên trong đoàn thực hiện.
Biên bản kiểm tra gồm các nội dung chính nhƣ sau: - Các căn cứ pháp lý để thiết lập biên bản.
