Khi sử dụng bất kỳ một kỹ thuật số hóa nào, thì các yêu cầu về lấy mẫu là không thể thiếu. Một trong những lý thuyết quan trọng nhất trong lấy mẫu là định lý lấy mẫu Nyquist, chỉ ra tần số lớn nhất mà còn có thể lấy mẫu chính xác, cho bởi:
T 2
1
fmax = (6.5)
ở đó T là khoảng giữa các điểm lấy mẫu. Nếu tín hiệu FID bao gồm một thành phần tần số fmax + ∆, thì nó sẽ xuất hiện một thành phần tần số đối xứng qua gốc là fmax - ∆. Có thể giải quyết được vấn đề này trong khâu đọc dữ liệu ra, hoặc chuyển hướng bằng cách sử dụng một bộ lọc thông dải để cắt bỏ bất cứ tần số nào có thể gây nhiễu. Trong mã hóa pha ta cần phải đảm bảo rằng có đủ các điểm lấy mẫu tương ứng với lượng mã hóa pha đưa vào. Một lựa chọn khác là khử nhiễu tín hiệu từ bên ngoài trường nhìn (field of view - FOV) sử dụng kích thích của xung RF.
Có 3 loại nhiễu xảy ra do lấy mẫu, đặc trưng cho các kỹ thuật DFT 2 chiều, và một loại khác đặc trưng cho EPI, chuyển động của đối tượng tạo ảnh trong quá trình quét gây ra hiện tượng tách vùng.
Đây không phải là một vấn đề trong EPI khi ảnh được thu lại trong thời gian ngắn (< 1s), nhưng nó sẽ là một vấn đề đáng lưu tâm nếu ở trong các chuỗi tạo ảnh chậm hơn, chẳng hạn "làm lệch spin". Tùy thuộc vào nguồn gốc của dịch chuyển, ta sẽ có một số các biện pháp khắc phục. Thí dụ như ở tim hay các van hô hấp, quá trình quét được khóa chặt vào một pha cụ thể của các chu kỳ riêng, thường được tận dụng trong tạo ảnh tim.
Những chu kỳ này có thể được theo dõi trực tiếp, ví dụ như sử dụng ECG, hay bằng cách lấy mẫu pha của tín hiệu NMR.
Trong EPI có một số loại nhiễu lấy mẫu khác nhau, mà ta biết như là nhiễu Nyquist hay bóng mờ N/2. Hiện tượng này xảy ra là bởi trong EPI, các đường thẳng kế
tiếp nhau trong không gian k được lấy mẫu dưới các gradient đọc đối ngược nhau. Nếu có bất kỳ sai sót nào trong khâu lấy mẫu hay có sự khác biệt ở các gradient âm và dương, thì sẽ có một đường thẳng được điều biến xen vào trong không gian k, dẫn tới hiện tượng "mờ" của ảnh. Nếu có hiện tượng xếp chồng của ảnh, một dải các đường vân sáng sẽ xuất hiện.
Trong EPI , việc đổi chiều (dấu) của gradient không đủ nhanh thì dạng sóng của gradient sẽ không là hình vuông được. Trong thực tế, thông thường sử dụng dạng sóng gradient hình sin. Nếu quá trình lấy mẫu là tuyến tính, đơn giản và sử dụng một gradient có dạng sóng sin sẽ xuất hiện một nhiễu sóng kép trên hướng xoay.