Giả định cơ sở của MRI đó là tần số của chuyển động tiến động của spin chỉ phụ thuộc vào biên độ của gradient từ trường đưa vào tại thời điểm đó. Có hai lý do cho thấy tại sao điều này có thể không đúng.
Trước tiên, đó là sự tồn tại của hiện tượng dịch chuyển hóa học. Điều này có ảnh hưởng làm dịch chuyển vị trí biểu kiến trong ảnh của một bộ các spin liên kết với các spin khác, thậm chí nếu chúng bắt nguồn từ cùng một phần của mẫu. Nhiễu dịch chuyển hóa học thông thường được chú ý ở những nơi có mỡ và đường biên với các mô khác, ở đó mỡ xung quanh sọ tạo thành 1 dịch chuyển "halo". Nhiễu này có thể được bằng cách "nén" spin, một xung lựa chọn chỉ kích thích các proton có trong mỡ khi xung kích thích ảnh được đưa vào sau đó, các spin mỡ đã ở trạng thái bão hòa, và vì vậy sẽ không tác động tới ảnh nữa.
Thứ hai, từ trường tĩnh (B0) có thể không đồng dạng hoàn toàn. Thậm chí, nếu nam châm có được chế tạo tốt đến mấy, những khác biệt về độ nhạy giữa xương, mô và không khí trong cơ thể, ám chỉ rằng trường cục bộ không chắc sẽ được đồng dạng. Nếu sự khác biệt về độ nhạy lớn, từ trường cục bộ cắt ngang một voxel, thay đổi một lượng lớn, giá trị của T2* ngắn và sẽ có ít hoặc không có từ những voxel đó. Hiệu ứng này là hiển nhiên một cách đặc biệt, nếu bất cứ vật thể kim loại nào xuất hiện. Nếu những khác biệt nhỏ hơn, và trường bị ảnh hưởng trên một số voxel tiếp sau, hiệu ứng là một vết nhòe của ảnh. Trong các kỹ thuật 2DFT các biến dạng nhạy xảy ra ở các hướng đọc ra, nhưng ngược lại trong EPI chúng xảy ra trong quá trình mã hóa pha đó là hướng được lật. Lý do của điều này là bởi có các hướng mà tại đó, sự tách biệt về tần số của các pixel là nhỏ nhất. Trong EPI, sự tách biệt này có thể là rất nhỏ vì vậy thậm chí một thay đổi nhỏ về tần số chuyển động cũng có thể được phát hiện. Để làm giảm nhiễu, ta có thể chỉnh sửa cục bộ trường, sử dụng một bộ các cuộn chêm (shimming). Những trường đưa vào này cắt ngang qua mẫu và kết hợp tạo dạng làm tăng sự đồng nhất. Độ nhạy của nhiễu càng hiển nhiên hơn trong các phương thức tạo ảnh nhanh như là EPI và FLASH, và sẽ rất khó để làm giảm mà không bị mất đi tốc độ tạo ảnh nhanh. Một
phương pháp để làm giảm sự biến dạng là thu 2 ảnh với gradient mã hóa pha được đưa vào theo 2 hướng ngược nhau. Những biến dạng này cũng sẽ ở các hướng đối diện.