Biên chế cán bộ của Tòa án nhân dân sơ thẩm khu vực sẽ chủ yếu là đội ngũ cán bộ của Tòa án nhân dân cấp huyện, do đó cần thiết phải có sự điều chỉnh giữa các đơn vị để đảm bảo sự phù hợp về số lƣợng và chất lƣợng. Khi Tòa án nhân dân sơ thẩm khu vực đƣợc thành lập tất yếu sẽ có sự bố trí, sắp xếp lại đội ngũ Thẩm phán, Thẩm tra viên, Thƣ ký tòa án, cán bộ, công chức, viên chức cũng nhƣ đòi hỏi phải tăng biên chế, số lƣợng Thẩm phán, Thẩm tra viên, Thƣ ký tòa án các cấp, trong đó có việc sửa đổi ngạch bậc Thẩm phán để có thể bố trí Thẩm phán ở các Tòa án khu vực trọng điểm, thụ lý giải quyết số lƣợng án lớn. Trong công tác tổ chức cán bộ thì đây là vấn đề nhạy cảm, tác động đến tâm lý của cán bộ, và cũng là một khó khăn cần có cách giải quyết tốt.
75
Đối với những nơi mà Tòa án nhân dân sơ thẩm khu vực đƣợc thành lập trên cơ sở hợp nhất từ 2 Tòa án nhân dân cấp huyện trở lên sẽ phải sắp xếp lại đội ngũ cán bộ cho phù hợp với mô hình mới, cụ thể là giảm bớt số lƣợng cán bộ lãnh đạo, điều chỉnh, phân công lại nhiệm vụ và giải quyết chế độ chính sách đối với một số cán bộ. Điều này sẽ nảy sinh nhiều vấn đề nhạy cảm và phức tạp về bố trí cán bộ nhƣ: Nhu cầu cán bộ lãnh đạo quản lý giảm sẽ dôi ra một số ngƣời không bố trí đƣợc nhƣ chức vụ cũ bởi lẽ Tòa án nhân dân sơ thẩm khu vực chỉ cơ cấu 01 Chánh án và một số Phó Chánh án mà không bố trí hết đƣợc số cán bộ lãnh đạo Tòa án cấp huyện hiện nay giữ chức vụ lãnh đạo. Vì vậy, ở những nơi Tòa án nhân dân sơ thẩm khu vực đƣợc sáp nhập từ một số Tòa án cấp huyện phải thực hiện tốt việc lựa chọn cán bộ lãnh đạo quản lý đáp ứng yêu cầu.
Ngoài ra, việc thay đổi địa điểm đặt trụ sở sẽ dẫn đến tình trạng có nhiều ngƣời phải công tác xa nhà, khó khăn trong việc đi lại, từ đó nhu cầu nhà công vụ tăng lên và vấn đề bố trí phân công nhà công vụ cho cán bộ tòa án cũng gặp nhiều trở ngại nhất là trong điều kiện cơ sở vật chất còn thiếu thốn nhƣ hiện nay.