Thứ nhất là, Chính sách thuế nhập khẩu ôtô thực hiện cùng lúc nhiều
mục tiêu, trong đó có những mục tiêu mâu thuẫn nhau:
Trong điều kiện nền kinh tế đang trong giai đoạn chuyển đổi, đặc biệt bước đầu tham gia hội nhập kinh tế khu vực và thế giới, thuế nhập khẩu ôtô cùng lúc phải thực hiện các mục tiêu cơ bản sau đây:
- Hỗ trợ nguồn thu cho Ngân sách Nhà nước với tỷ lệ động viên bình quân khoảng từ 0,55% đến 3,03% trên tổng thu ngân sách từ thuế nhập khẩu ôtô. Để có tỷ lệ động viên này vào Ngân sách Nhà nước, mức thuế bình quân đánh vào mặt hàng ôtô hiện nay là khá cao so với các nước trong khu vực và thế giới khoảng 83%. Mức thuế suất cao như vậy, rõ ràng làm cản trở quá trình hội nhập kinh tế quốc tế.
- Bảo hộ nền sản xuất ôtô trong nước bằng cách ban hành các mức thuế cụ thể cho từng loại ôtô mà Nhà nước xét thấy cần thiết phải bảo hộ. Chính điều này đã làm cho biểu thuế có nhiều dạng mức thuế suất, làm phức tạp biểu thuế nhập khẩu ôtô. Chính điều này đi ngược nguyên tắc minh bạch, đơn giản, dễ hiểu, dễ thực hiện. Bên cạnh đó, để bảo hộ sản xuất ôtô, biểu thuế xây dựng trên cơ sở bảo hộ ngành hàng bằng việc đánh thuế dựa vào mục đích sử dụng của ôtô. Mục tiêu này đi ngược lại với mục tiêu công bằng trong chính sách thuế nhập khẩu ôtô giữa các đối tượng tham gia vào quá trình hoạt động kinh tế đối ngoại.
Qua phần phân tích, đánh giá trên đây cho thấy rằng chính sách thuế nhập khẩu ôtô trong thời gian qua cùng lúc phải thực hiện nhiều mục tiêu, trong đó có những mục tiêu mâu thuẫn nhau đã làm giảm đáng kể hiệu quả của thuế nhập khẩu đối với sự phát triển của nền kinh tế, làm cản trở đến tiến trình hội nhập kinh tế khu vực và thế giới của đất nước ta.
Thứ hai là, Chính sách, thủ tục hải quan đối với nhập khẩu ôtô và phối
hợp liên quan đến thuế nhập khẩu ôtô của các ngành, các cấp còn thiếu thống nhất, thiếu đồng bộ, thiếu cơ chế phối hợp tổ chức thực hiện:
Cơ chế điều hành nhập khẩu ở nước ta hiện nay, theo đánh giá của Tổng cục Hải quan: “Những văn bản pháp quy về quản lý nhập khẩu do Tổng cục Hải quan ban hành không quá 20%. Còn hơn 80% là do các Bộ, ngành
khác ban hành, như các doanh nghiệp phản ánh, nhiều điều không rõ, không cụ thể, không minh bạch, lưỡng tính”. Trách nhiệm của ngành Hải quan phải tổ chức thực hiện kiểm tra, kiểm soát và thu thuế nhập khẩu ôtô cùng các loại thuế khác liên quan đến việc nhập khẩu ôtô. Nhưng trên thực tế, các văn bản các Bộ, ngành ban hành thiếu thống nhất, thiếu minh bạch, thiếu kịp thời khó tổ chức thực hiện từ phía doanh nghiệp và cả ngành Hải quan, làm ảnh hưởng đến hiệu quả đến chính sách thuế nhập khẩu ôtô. Thể hiện bất cập ở chỗ:
- Thể hiện chưa nhất quán và kịp thời giữa luật thuế nhập khẩu ôtô và các văn bản hướng dẫn thực hiện.
- Thiếu đồng bộ giữa chính sách thuế nhập khẩu ôtô và thủ tục hải quan đối với nhập khẩu ôtô gây cản trở đến quá trình hội nhập.
- Chưa định rõ trách nhiệm của các chủ thể tham gia vào quan hệ pháp luật hải quan đối với hoạt động nhập khẩu, ví dụ như người nhập khẩu, người làm thủ tục hải quan nhập khẩu ôtô, người vận chuyển, người gửi hàng.
- Chưa quy định đầy đủ, chặt chẽ các quy trình thủ tục, kiểm tra, giám sát của Cơ quan Hải quan đối với các loại hình nhập khẩu trong điều kiện mới.