Trình độ chuyên môn, năng lực, kiến thức tổng hợp và xử lí thông tin của cán bộ thẩm định còn có nhiều hạn chế, chưa đáp ứng được yêu cầu của hiện đại hóa và hội nhập quốc tế. Một số cán bộ còn bị động, còn thiếu kinh nghiệm, chưa đáp ứng được đòi hỏi ngày càng cao và chưa gợi mở được nhu cầu khai thác thông tin từ khách hàng. Đa số cán bộ thẩm định tốt nghiệp từ khối kinh tế nên không có kiến thức chuyên sâu về kĩ thuật hay các lĩnh vực mà ngân hàng đầu tư nên không lường trước được khả năng rủi ro, chưa đánh giá chính xác và toàn diện được đối tác.
Cán bộ thẩm định thu thập thông tin về khách hàng, về dự án của khách hàng còn chưa đầy đủ, thiếu chính xác, chủ yếu dựa vào nguồn thông tin do khách hàng cung cấp, phân tích BCTC còn sơ sài, qua loa, đại khái. Cán bộ thẩm định thường không thu thập đủ thông tin liên quan đến hệ thống tổ chức quản lí, điều hành sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp để đánh giá hiệu quả hoạt động của khách hàng, cá nhân lãnh đạo chủ doanh nghiệp, cán bộ lãnh đạo chủ chốt của doanh nghiệp để đánh giá năng lực quản lí, năng lực chuyên môn, kinh nghiệm và uy tín của cá nhân đó.
Công tác thẩm định dự án còn sơ sài, nhận xét, đánh giá còn theo cảm tính, quy trình thẩm định còn khái quát không cụ thể các công việc cần làm, thực hiện không đầy đủ quy trình thẩm định.
Từ hạn chế về trình độ đã làm hạn chế về khả năng phân tích của cán bộ thẩm định, nhất là khả năng đánh giá các dự án đầu tư, kĩ năng phân tích, kĩ năng lập một bảng LCTT, mà những con số của dự án đầu tư chỉ là những con số dự toán trong tương lai, không ai có thể dám chắc rằng nó sẽ không thay đổi về sau, từ đó áp dụng phương thức đầu tư thích hợp.