... categories, some of which have been described in the previous section To so, a matrix Ω was constructed quantifying the overlap between the 282 GO level-5 significant enriched functional categories and ... [21] They are also involved in plant response to environmental stresses and their expression is strongly correlated with cell death during the hypersensitive response to pathogen attack, including ... signal-to-noise ratio, and to reduce number of spots with saturated pixels Spot intensities were quantified using GenePix Pro 6.0 (Axon Molecular Devices) Microarray data analysis Spots with a...
... to the scientific objectives of the experiment It is often difficult for an experimenter to choose quantitative criteria that characterize the aspects of a gene expression profile of interest Second, ... significance, and generate confidence intervals on discovered gene expression differences Our method is strongly influenced by the FDR-adjusted confidence interval (FDR-CI) approach recently introduced by ... constraint: |µt (g) − ηt (g)| > fcmin for at least one t ∈ {1, , T } Here, the MAD constraint is quantified by the user-specified minimum magnitude foldchange fcmin (expressed in log base 2) Thus,...
... giống trồng nhân giống vô tính qua hàng nghìn năm có di truyền hẹp, đa dạng phương pháp chọn lọc biến dị dòng sôma: Ví dụ: Chuối sản sinh hạt có khả sinh sản Việc chọn giống chuối chủ yếu đuờng vô ... vật công nghệ tế bào Trên giới có kho bảo quản hạt giống lớn, gồm hầu hết hạt giống giới Nhìn chung phương thức bảo quản invitro có vai trò lớn chủ yếu cần khoảng không gian nhỏ hẹp, lưu giữ số ... 1998: Toàn gới có 48 giống trồngchuyển gene thương mại hoá + Năm 1999: Chuyển gene tạo giống lúa có giá trị dinh dưỡng hàm lượng vitamin A cao + Từ năm 2000 đến nay, trồngchuyển gene không ngừng...
... di ADN giống khác có đa hình: Các giống lúa không thơm Q5 94-30 sản phẩm điện di ADN khoảng gần 300 bp giống lại (trong có giống lúa thơm AC5, Bắc thơm, Hương thơm số giống lúa không thơm KD) cho ... lúa thơm không thơm cho thấy: + Các thị phân tử RG28, RM342 không phân biệt giống lúa mang gen thơm không mang gen thơm + Chỉ thị phân tử L05 phân biệt giống lúa thơm không thơm, độ xác không cao ... lai giống lúa thơm không thơm cho thấy: + Trong 420 dòng lúa đánh giá có 73 dòng mang gen thơm đồng hợp tử (chiếm 17,4%) + 91 dòng mang gen thơm dị hợp tử (chiếm 21,7%) 256 dòng không mang gen thơm...
... băng có kích thước 226bp + Đối với gen CryIA(b), hình xuất băng có kích thước 184bp KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN Hoàn thiện quy trình ly trích DNA mẫu bắp chuyển gen Tách chiết DNA bước quantrọng để có ... muốn Tuy nhiên, có khác biệt độ rõ nét thay đổi hàm lượng primer Chúng nhận thấy sử dụng primer liều lượng 1µl cho band điện di gel rõ Do liều lượng sử dụng để tiếp tục khảo sát tìm chế độ nhiệt ... điện di sản phẩm PCR sử dụng primer Bt hoạt động chế độ nhiệt khác Từ hình nhận thấy với nhiệt độ 650C đoạn gen CryIA(b) khuyếch đại thành band điện di có kích thước 184bp Kết thu tương tự với...
... thước 226bp (có chuyển gen Invertase) Với cặp primer Bt, sản phẩm PCR sau chụp hình cho thấy có mẫu có band kích thước 184bp (có chuyển gen CryIA(b) Như vậy, bảy mẫu không phát có dấu hiệu chuyển ... - Ghi chú: (+): Phát cóchuyển gen; (-): Không phát cóchuyển gen Từ Bảng nhận thấy lô sản phẩm bắp thu thập không thuộc giống đònh mà hỗn hợp bao gồm bắp chuyển gen bắp khôngchuyển gen trộn ... đối bắp cóchuyển gen Tần số xuất bắp cóchuyển gen CryIA(b) Chúng tiến hành kiểm tra diện gen CryIA(b) với cặp primer Bt Như kết cho thấy có sản phẩm B - AG có xuất xứ từ Argentina có xuất band...
... gene I.1.1 Thuật ngữ quan niệm gene Sinh học phân tử ? Sinh học phân tử (Molecular biology) môn học nghiên cứu tƣợng sinh học mức phân tử Ngày nay, sinh học phân tử đƣợc hiểu sinh học phân tử gene ... tích gene sẵn có vào sử dụng trực tiếp sở liệu NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG PHẦN B: TỔNG QUAN - Giới thiệu Sinh học – Gene B TỔNG QUAN TÀI LIỆU I Giới thiệu sinh học I.1 Cơ sở sinh học gene ... sống chủ yếu sinh vật biểu cách tổ chức hoạt động protein thể sinh vật Chính xếp thành phần amino acid protein định xếp không gian (cấu trúc bậc hai bậc ba) chức protein I.1.2 DNA sinh vật khác...
... đƣợc kích hoạt nhiệt, ánh sáng hay hormon Một số NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG PHẦN B: TỔNG QUAN - Giới thiệu Sinh học - Chuyển Gene 22 promoter hoạt động số mô hay quan định, khônghoạt động ... nhận biết nhiều codon mã hóa cho amino acid Nói cách khác không cần phải có đủ 61 tRNA để vận chuyển acid amin trình dịch mã (nhƣng tRNA không nhận biết hai amino acid khác nhau) Theo giả thuyết ... biến sinh ra, thay đổi base thứ ba thƣờng không gây hậu quả, codon đột biến không làm thay đổi tRNA Các nối wobble cho phép tế bào tiết kiệm vật chất lƣợng: không cần 61 tRNA để nhận biết 61...
... học mới, nhà sinh học phải làm quen với máy tính Truy xuất liệu từ trang web liệu sinh học công cụ phân tích chúng thƣờng không đủ Để thật tạo cách mạng thông tin sinh học, nhà sinh học phải ... trình ứng dụng không nằm quy luật đó, luôn thay đổi để ngày phù hợp với yêu cầu thực tế Tính khó thích nghi có thay đổi nhƣợc điểm quantrọng lập trình thủ tục + Trong chƣơng trình có cấu trúc nhiều ... Ví dụ danh sách toàn gene ngƣời có sẵn, thay đổi cách làm việc ngƣời lĩnh vực nghiên cứu di truyền Theo phƣơng cách truyền thống, nhà sinh học trải qua nhiều ngày suy nghĩ chiến lƣợc cho việc...
... với khả tìm kiếm cao Để xem query đƣợc dịch nhƣ nào, ta chọn lớp Details Chức hữu ích trƣờng hợp ta không tìm thấy kết quả, kết không mong muốn Trong trƣờng hợp này, ta xemcách dịch query Entrez ... Thông thƣờng ta không cần phải dùng tên khoa học để tìm kiếm (vì NCBI có sở liệu Taxanomy bao gồm tên thông thƣờng tên khoa học sinh vật, sinh vật có tên thông thƣờng Taxanomy ta không cần dùng ... chủ yếu quantrọng vấn đề quan tâm b Sử dụng công cụ tìm kiếm mạng để tìm đến địa lƣu trữ thông tin cần thiết c Sử dụng chức lọc thông tin công cụ để hạn chế tiếp nhận thông tin không liên quan...
... tự quantrọngkhông Làm ta lấy trình tự ta có primer loại gene số này? Ta biết BLAST có nhiều chƣơng trình khác phục vụ cho việc tìm kiếm trình tự tƣơng đồng, ta biết trình tự tƣơng đồng có tính ... mong biết nguồn gốc xuất phát trình tự… Có nhiều cách để phân loại liệu, nhiên việc phân loại liệu phải phụ thuộc vào việc khảo sát liệu có đƣợc Dữ liệu ta record Genbank, ta thấy khảo sát liệu ... tìm kiếm xemcó sẵn module làm công việc hay không Ta tìm thƣ viện Perl có sẵn ta cài đặt trình biên dịch Perl (nhƣ ActivePerl Windows), hay trang Web Module LWP::Simple thƣ viện Perl có chứa...
... keyword, để trang web hoạt động ta chuyển mã trang thành mã Java Servlet (sau cải tiến cách dùng JSP công cụ khác) Ở ta lấy ví dụ cụ thể cách tìm kiếm để minh họa cụ thể cáchhoạt động trang web: ... kê tất kiểu tìm kiếm có Tools: cung cấp công cụ phân tích trình tự hoạt động web server hay software download Documentation: cung cấp tài liệu trang NLBI search nhƣ cáchhoạt động trang, dẫn ... cần tách Cách tách trƣờng (các trƣờng đƣợc khoanh đỏ) đƣợc thực phƣơng thức lớp GetFieldOfGenBank giống nhƣ lớp Trong trƣờng trƣờng FEATURES chứa thông tin quantrọng trình tự Ở ta quan tâm thông...
... Hiện trung tâm Phân Tích tiến hành giải trình tự sản phẩm PCR nghiên cứu sinh học phân tử Việc giải trình tự hoàn hảo hay không, nhiên kết cần cho tham khảo so sánh lần thí nghiệm hay thí nghiệm ... Trần Linh Thƣớc, 2002 Thực tập Bioinformatics Đại Học Khoa Học Tự Nhiên, 64 trang Trần Văn Cách, 2005 Tin – Sinh Học Nhà xuất Khoa Học Kỹ Thuật, 144 trang TIẾNG NƢỚC NGOÀI Baldi, Pierre and Brunak, ... Thị Ngọc Phƣợng, 2003 Tài liệu sở liệu Đại học Khoa Học Tự Nhiên, 22 trang Bùi Trang Việt, 2002 Sinh học phân tử (Giáo trình cao học) ĐH Quốc gia TP HCM Nguyễn Hồng Minh Ngọc, 2004 Hoàn thiện...
... Thay cách trên, không dùng GenBank divisions để trích tất trình tự từ sinh vật đặc biệt, ta dùng NCBI Taxonomy Browser Modification Ngày trƣờng Locus ngày cập nhật cuối Record Date Ví dụ: Ngày ... nhật ngày cho trình tự có xuất record đặc biệt GenBank Cách tìm kiếm: dùng chuẩn chọn lựa “All Fields’ Keyword Cách tìm kiếm: từ khóa [KYWD] Chỉ dẫn: Bởi từ khóa mặt nhiều records, điều không ... Journal chứa địa Ngày trƣờng Journal ngày mà tác giả sửa submission Trong NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG 149 Phần phụ lục nhiều trƣờng hợp, ngày mà trình tự đƣợc thừa nhận nhóm GenBank Cách tìm kiếm:...
... trình tao_hash_acc có nhiệm vụ tạo bảng băm với keys chứa tất Accession number values chứa tất nội dung tóm tắt tƣơng ứng với giá trị keys Ta kiểm tra hoạt động chương trình cách tạo chương trình ... trình có chức riêng hỗ trợ cho chƣơng trình tao_hash_acc Chƣơng trình get_next_sum đƣợc dùng vòng lặp, với vòng lặp chƣơng trình trả nội dung tóm tắt trình tự file kết Chƣơng trình tach_acc_sum có ... (@filetext,read_dir("$directory/$file")); } Cuối trả lại mảng chứa file text @filetext: return @filetext; Ta kiểm tra hoạt động chương trình cách tạo chương trình hoàn chỉnh sau: (lƣu file tên text_sub1.pl) #!/usr/bin/perl use...
... biệt Tháng năm 2002 Scirus mục tới 69 triệu trang liên quan tới khoa học, bao gồm file PDF mẫu tin phản biện, bao phủ đa số internet liên quansinh học NGUYỄN KỲ TRUNG – LÊ THÀNH TRUNG ... đƣợc dùng Internet Scirus Sự giới hạn lớn cho công cụ tìm web không đƣợc mục tới đƣợc sở liệu Vấn đề xảy nhiều sở liệu tạo internet sinh học, nhƣ sở liệu trình tự vài nguồn dựa cho phép nhƣ tạp ... nghị tóm tắt liên quan khoa học Cơ sở liệu Medline đƣợc cung cấp hệ thống BioMedNet, đòi hỏi đăng nhập BioMedNet miễn phí mật mã để lấy Scirus cung cấp nhiều tùy chọn qui định cách tìm kiếm để...