Định danh và phân loại một số loài cá nước ngọt phổ biến ở đồng bằng sông cửu long dựa trên đặc điểm hình thái và di truyền

BỘ GIÁO DỤC & ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NHA TRANG VIỆN CÔNG NGHỆ SINH HỌC VÀ MÔI TRƯỜNG -o0o - THÁI THỊ LAN PHƯƠNG ĐỊNH DANH VÀ PHÂN LOẠI MỘT SỐ LOÀI CÁ NƯỚC NGỌT PHỔ BIẾN Ở ĐỒNG BẰNG SÔNG CỬU LONG DỰA TRÊN ĐẶC ĐIỂM HÌNH THÁI VÀ DI TRUYỀN ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC Chuyên ngành: CÔNG NGHỆ SINH HỌC Nha Trang, tháng 06 năm 2014 Ket-noi.com Ket-noi.com kho kho tai tai lieu lieu mien mien phi phi BỘ GIÁO DỤC & ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NHA TRANG VIỆN CÔNG NGHỆ SINH HỌC VÀ MÔI TRƯỜNG -o0o - THÁI THỊ LAN PHƯƠNG ĐỊNH DANH VÀ PHÂN LOẠI MỘT SỐ LOÀI CÁ NƯỚC NGỌT PHỔ BIẾN Ở ĐỒNG BẰNG SƠNG CỬU LONG DỰA TRÊN ĐẶC ĐIỂM HÌNH THÁI VÀ DI TRUYỀN ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC Chuyên ngành: CÔNG NGHỆ SINH HỌC GVHD: ThS VŨ ĐẶNG HẠ QUYÊN TS ĐẶNG THÚY BÌNH Nha Trang, tháng 06 năm 2014 i LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành đồ án tốt nghiệp, em xin gửi lời cảm ơn đến Viện Công nghệ sinh học môi trường, trường Đại học Nha Trang tạo điều kiện thuận lợi sở vật chất cho em suốt trình thực đồ án Đặc biệt em xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành sâu sắc tới ThS Vũ Đặng Hạ Quyên TS Đặng Thúy Bình tận tình bảo hướng dẫn em suốt trình nghiên cứu thực đồ án Em xin chân thành cảm ơn thầy cô giáo môn Công nghệ sinh học giảng dạy, cung cấp kiến thức cho em suốt trình học tập năm qua Cảm ơn đề tài nghiên cứu "Di truyền học bảo tồn ứng dụng đa dạng sinh học nâng cao quản lý tài nguyên Đồng sông Cửu Long" thuộc dự án PEER (USAID NSF tài trợ) cung cấp kinh phí hỗ trợ thực nghiên cứu Em xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới gia đình, bạn bè, người thân quan tâm, hỗ trợ động viên để em làm tốt đồ án Trong trình thực khơng thể tránh khỏi thiếu sót, em mong nhận góp ý thầy giáo để đồ án hoàn thiện Em xin chân thành cảm ơn! Nha Trang, ngày tháng năm 2014 Sinh viên Thái Thị Lan Phương Ket-noi.com Ket-noi.com kho kho tai tai lieu lieu mien mien phi phi ii MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN i DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT iv DANH MỤC BẢNG BIỂU v DANH MỤC HÌNH ẢNH vi MỞ ĐẦU CHƯƠNG – TỔNG QUAN 1.1 Tổng quan vùng nghiên cứu 1.2 Tình hình nghiên cứu đa dạng sinh học cá sông Mekong nước 1.3 Kỹ thuật di truyền ứng dụng đa dạng sinh học cá 10 1.3.1 Hệ gen ty thể hệ gen nhân 10 1.3.2 Ứng dụng kỹ thuật di truyền mã vạch DNA barcoding 13 CHƯƠNG – ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 16 2.1 Đối tượng, địa điểm phương pháp thu mẫu 16 2.2 Sơ đồ nghiên cứu 17 2.3 Phân loại hình thái 18 2.4 Nghiên cứu di truyền cá ĐBSCL 20 2.4.1 Tách chiết DNA, khuếch đại giải trình tự 20 2.4.2 Phân tích liệu xây dựng mối quan hệ phát sinh chủng loại 22 CHƯƠNG – KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 27 3.1 Phân loại hình thái 27 3.1.1 Thành phần loài loài cá nước phổ biến thu ĐBSCL, Việt Nam 27 3.1.2 Đặc điểm hình thái lồi cá nước phổ biến thu ĐBSCL,Việt Nam 31 3.2 Nghiên cứu di truyền loài cá nước phổ biến ĐBSCL 76 3.2.1 Tách chiết DNA tổng số 76 iii 3.2.2 Khuếch đại, giải trình tự DNA cá nước ĐBSCL 76 3.2.3 So sánh khác biệt trình tự loài cá nghiên cứu 77 3.2.4 So sánh tương đồng trình tự với Genbank 80 3.2.5 Xây dựng phát sinh loài cá nước ĐBSCL 82 CHƯƠNG – KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 87 4.1 Kết luận 87 4.2 Kiến nghị 88 TÀI LIỆU THAM KHẢO 89 PHỤ LỤC Ket-noi.com Ket-noi.com kho kho tai tai lieu lieu mien mien phi phi iv DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT bp Base pairs cm Centimeter CO1 Cytochrome c oxidase subunit cs Cộng Cyt b Cytochrome b DNA Deoxyribonucleic acid ĐBSCL Đồng sông Cửu Long g Gam GB Ký hiệu cho loài từ Genbank mm Milimeter µL Microliter µM Micromol mt DNA Mitochondrial deoxyribonucleic acid MRC Mekong River Commission PCR Polymerase Chain Reaction RNA Ribonucleic acid rRNA Ribosomal ribonucleic acid tRNA Transfer ribonucleic acid U Unit v DANH MỤC BẢNG BIỂU Bảng 2.1 – Trình tự gen 16S mtDNA lồi cá nước 22 Bảng 3.1 – Danh sách loài cá nước phổ biến thu ĐBSCL, Việt Nam 27 Bảng 3.2 – Chỉ tiêu hình thái lồi cá nước phổ biến ĐBSCL 29 Bảng 3.3 – Sự khác biệt trình tự 16S mt DNA 22 loài cá nước phổ biến ĐBSCL 79 Bảng 3.4 – Kết độ tương đồng trình tự 16S mt DNA từ 22 loài cá thu ĐBSCL, Việt Nam với liệu từ Genbank 80 Ket-noi.com Ket-noi.com kho kho tai tai lieu lieu mien mien phi phi vi DANH MỤC HÌNH ẢNH Hình 1.1 – Lưu vực sông Mekong Hình 1.2 – Đồng sông Cửu Long (Albers cs, 2013) Hình 1.3 – DNA ty thể người, bao gồm 22 gen tRNA, gen rRNA, 13 vùng mã hóa protein 11 Hình 2.1 – Các địa điểm thu mẫu cá địa bàn ĐBSCL(đánh dấu màu đỏ) 16 Hình 2.2 – Sơ đồ khối nội dung nghiên cứu 17 Hình 2.3 – Một số phận cá xương 18 Hình 2.4 – Các số đo phân loại cá 19 Hình 2.5 – Các số đếm phân loại cá 20 Hình 2.6 – Chu trình nhiệt phản ứng PCR 21 Hình 3.1 - Tỷ lệ (%) số lượng họ, giống, loài thành phần cá nước thu ĐBSCL, Việt Nam 28 Hình 3.2a – Hình dáng cá chạch lấu Mastacembelus favus 31 Hình 3.2b – Đặc điểm hình thái cá chạch lấu Mastacembelus favus…………… 32 Hình 3.3a – Hình dáng cá heo rừng Syncrossus helodes 33 Hình 3.3b – Đặc điểm hình thái cá heo rừng Syncrossus helodes 34 Hình 3.4a – Hình dáng cá heo vạch Yasuhikotakia modesta 35 Hình 3.4b – Đặc điểm hình thái cá heo vạch Yasuhikotaka modesta 36 Hình 3.5a – Hình dáng cá khoai sơng Acantopsis sp 37 Hình 3.5b – Đặc điểm hình thái cá khoai sơng Acantopsis sp 38 Hình 3.6a – Hình dáng cá linh Henicorhynchus lobatus 39 Hình 3.6b – Đặc điểm hình thái cá linh Henicorhynchus lobatus 40 Hình 3.7a – Hình dáng cá thiểu mẫu Paralaubuca typus 41 Hình 3.7b – Đặc điểm hình thái cá thiểu mẫu Paralaubuca typus 42 Hình 3.8a – Hình dáng cá bơn phên Cynoglossus feldmanni 43 Hình 3.8b – Đặc điểm hình thái cá bơn phên Cynoglossus feldmanni 44 Hình 3.9a – Hình dáng cá bơn lưỡi mèo Brachirus panoides 45 Hình 3.9b – Đặc điểm hình thái cá bơn lưỡi mèo Brachirus panoides 46 Hình 3.10a – Hình dáng cá thát lát Notopterus notopterus 47 Hình 3.10b – Đặc điểm hình thái cá thát lát Notopterus notopterus 48 Hình 3.11a – Hình dáng cá mang rổ Toxotes chatareus 49 vii Hình 3.11b – Đặc điểm hình thái cá mang rổ Toxotes chatareus 50 Hình 3.12a – Hình dáng cá sặc rằn Trichopodus pectoralis 51 Hình 3.12b – Đặc điểm hình thái cá sặc rằn Trichopodus pectoralis 52 Hình 3.13a – Hình dáng cá sặc chấm Trichopodus trichopterus 53 Hình 3.13b – Đặc điểm hình thái cá sặc chấm Trichopodus trichopterus 54 Hình 3.14a – Hình dáng cá sặc điệp Trichopodus microlepis 56 Hình 3.14b – Đặc điểm hình thái cá sặc điệp Trichopodus microlepis 56 Hình 3.15a – Hình dáng cá hường vện Datnioides polota 58 Hình 3.15b – Đặc điểm hình thái cá hường vện Datnioides polota 59 Hình 3.16a – Hình dáng cá rơ biển Pristolepis fasciata 60 Hình 3.16b – Đặc điểm hình thái cá rơ biển Pristolepis fasciata 61 Hình 3.17a – Hình dáng cá chốt sọc mitti Mystus mysticetus 62 Hình 3.17b – Đặc điểm hình thái cá chốt sọc mitti Mystus mysticetus 63 Hình 3.18a – Hình dáng cá trèn bầu Ompok bimaculatus 64 Hình 3.18b – Đặc điểm hình thái cá trèn bầu Ompok bimaculatus 65 Hình 3.19a – Hình dáng cá bơng lau Pangasius krempfi 66 Hình 3.19b – Đặc điểm hình thái cá bơng lau Pangasius krempfi 67 Hình 3.20a – Hình dáng cá sát sọc Pangasius macronema 68 Hình 3.20b – Đặc điểm hình thái cá sát sọc Pangasius macronema 69 Hình 3.21a – Hình dáng cá Pangasius sp 71 Hình 3.21b – Đặc điểm hình thái cá Pangasius sp.…………………………… 71 Hình 3.22a – Hình dáng cá cơm trích Clupeoides borneensis 72 Hình 3.22b – Đặc điểm hình thái cá cơm trích Clupeoides borneensis 73 Hình 3.23a – Hình dáng cá lịng tong Coilia rebentischii………………………… 74 Hình 3.23b – Đặc điểm hình thái cá lòng tong Coilia rebentischii 75 Hình 3.24 – Kết điện di DNA tổng số số mẫu cá nước ĐBSCL 76 Hình 3.25 – Kết điện di sản phẩm PCR đoạn gen 16S mtDNA mẫu cá ĐBSCL 77 Hình 3.26 – Cây phát sinh lồi từ phương pháp Maximum Neighbor – Joining với độ lặp lại 1000 lần dựa gen 16S mt DNA loài cá thu ĐBSCL, Việt Nam 83 Ket-noi.com Ket-noi.com kho kho tai tai lieu lieu mien mien phi phi MỞ ĐẦU Nằm hạ lưu sông Mekong, Đồng sơng Cửu Long (ĐBSCL) có tổng diện tích 40.553,1 km2 (Tổng cục Thống kê, 2012) Với hệ thống sơng ngịi dày đặc, loại hình thủy vực khác sông, kênh rạch, vùng cửa sông, rừng ngập mặn bãi bồi ven biển, ĐBSCL có điều kiện thuận lợi phát triển nông nghiệp trồng lúa khai thác, nuôi trồng thủy hải sản Mức độ đa dạng loài cá nước khu vực cao (Nguyễn Văn Hảo, 2005a, 2005b), chủ yếu lồi cá có nguồn gốc từ thượng nguồn sông Mekong đổ (Campell, 2009) Tuy nhiên, đa dạng sinh học ĐBSCL phải đối mặt với thách thức từ bùng nổ dân số, khai thác mức (Kỷ Quang Vinh, 2012; Campell, 2012), xây dựng đập (MRC, 2010) biến đổi khí hậu (Kỷ Quang Vinh, 2012) Áp lực việc gia tăng dân số đòi hỏi đáp ứng nhu cầu ngày tăng người nguồn tài nguyên thiên nhiên, đặc biệt đất nông nghiệp nuôi trồng thủy sản, làm giảm đáng kể mức độ sinh cảnh tự nhiên bán tự nhiên vùng đồng (Campell, 2012) Theo Tổng cục thủy sản (2012), sản lượng thủy sản giảm từ 24,8% xuống 21,9 % năm 2010, thể suy giảm nguồn lợi thuỷ sản tác động đến mức độ đa dạng sinh học khu vực Theo Đánh giá môi trường chiến lược Ủy hội sông Mekong (MRC, 2010), việc 11 đập dự kiến xây dựng sông Mekong, đoạn chảy qua Lào, Campuchia, Thái Lan Việt Nam ngăn chặn di cư cá sông Mekong thay đổi môi trường sống tự nhiên chúng Nguồn lợi cá sông Mekong bị suy giảm ước tính từ 26% đến 42%, 100 lồi có nguy tuyệt chủng (MRC, 2010) Nhiều nghiên cứu đa dạng sinh học loài cá nước Việt Nam tiến hành với phương pháp phân loại truyền thống dựa đặc điểm hình thái (Nguyễn Văn Hảo Ngơ Sỹ Vân, 2001; Nguyễn Văn Hảo, 2005a, 2005b) Đa dạng sinh học lồi cá nước ĐBSCL có nghiên cứu Mai Đình Yên cs (1992); Trương Thủ Khoa Trần Thị Thu Hương (1993); Trần Đắc Định cs (2013) Tuy nhiên, đặc điểm hình thái tác động môi trường biến dị cá 45 Hall, T A (1999), “BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT”, Nucleic Acids Symposium Series, 41, pp 95-98 46 Harris, P M and Mayden, R L.(2001), “Phylogenetic relationships of major clades of Catostomidae (Teleostei: Cypriniformes) as inferred from mitochondrial SSU and LSU rDNA sequences”, Mol Phylogenet Evol., 20 (2), pp 225-237 47 Hebert, P D N., Penton, E H., Burns, J M., Janzen, D H and Hallwachs, W (2004), “Ten species in one: DNA barcodingreveals cryptic species in the neotropical skipper butterfly Astrapes fulgerator”, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of American, 101(41), pp 14812–14817 48 Hebert, P D N., Ratnasingham, S., de Waard, J R (2003b), “Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit divergences among closely related species”, Proceeding of the Royal Society Part B: Biological Sciences, 270 (1), pp 96 – 99 49 Hebert,P.D.N.,Cywinska, A., Ball,S.L.and deWaard, J.R (2003a ),“Biological identifications through DNA barcodes”, Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 270(1512), pp 313–321 50 Hori, H (2000), The Mekong: Environment and Development, United Nations University Publications 51 Hortle, K G (2009), “Fisheries of the Mekong River Basin”, The Mekong-Biophysical environment of an international river basin, pp 197–247 52 Hubert, N., Hanner, R., Holm, E., Mandrak, N.E., Taylor, E., Burridge, M., Watkinson, D., Dumont, P., Curry, A ,Bentzen, P., Zhang, J., April, J and Bernatchez, L (2008), “Identifying Canadian freshwater fishes through DNA barcodes”, PLoS ONE, 3(6), e2490 53 Inoue, J G., Kumazawa,Y., Miya, M and Nishida, M (2009), “The historical biogeography of the freshwater knifefishes using mitogenomic Ket-noi.com Ket-noi.com kho kho tai tai lieu lieu mien mien phi phi approaches: a mesozoic origin of the Asian notopterids (Actinopterygii: Osteoglossomorpha)”, Mol Phylogenet Evol., 51 (3), pp 486-499 54 International Rivers (2013), The Lower Mekong dams factsheet text, International Rivers Report, http://www.internationalrivers.org/resources/the-lowerMekong-dams-factsheet-text-7908 55 IPCC – Intergovernmental Panel on Climate Change (2007b): Climate Change 2007: Impacts, Adaptation and Vulnerability Fourth Assessment Report and Summary for Policymakers Geneva: IPCC 56 Jayaram, K C (1954), “Siluroid fishes of India, Burma and Ceylon, Fishes of the genus Mystus Scopoli”, Records of the Indian Museum (Calcutta), 51 (4), pp 527-558 57 Jerdon, T C (1849) , “On the fresh water fishes of southern India.”, Madras Journal of Literature and Science, 15 (1), 139-149 58 Jondeung, A., Sangthong, P and Zardoya, R (2007), “The complete mitochondrial DNA sequence of the Mekong giant catfish (Pangasianodon gigas), and the phylogenetic relationships among Siluriformes”, Science Direct, 387(1-2), pp 49-57 59 Jumawan, J C., Vallejo, B M., Herrer, A A., Buerano, C C and Fontanilla, I K C (2011), “DNA barcodes of the suckermouth sailfin catfish Pterygoplichthys (Siluriformes: Loricariidae) in the Marikina River system, Philippines”, Molecular perspective of an invasive alien fish species, Philippine Science Letters, 4(2) 60 Karinthanyakit, W and Jondeung, A (2012), “Molecular phylogenetic relationships of Pangasiid and Schilbid catfishes in Thailand”, Journal of Fish Biology (Impact Factor: 1.83), 80(7), pp 2549 - 2570 61 Kottelat, M (2001a), Fishes of Laos, WHT Publications, Colombo, 198 pp, 48 plates 62 Kottelat, M (1998), “Fishes of the Nam Theun and Xe Bangfai basins, Laos, with diagnoses of twenty-two new species (Teleostei: Cyprinidae, Balitoridae, Cobitidae, Coiidae and Odontobutidae)”, Ichthyol Explor Freshwat., 9(1), pp 1128 63 Kottelat, M (2001b), Freshwater fishes of Northern Vietnam, Environment and Social Development Unit, East Asia and Pacific region,The World Bank, 123pp 64 Kottelat, M and Whitten, T (1996), Freshwater biodiversity in Asia with special reference to fish, World Bank Technical Paper No 343, The World Bank, Washington, D C., USA 65 Krishnamurthy, P K and Francis, R A (2012), “A critical review on the utility of DNA barcoding in biodiversity conservation”, Biodiversity and Conservation, 21(8), pp 1901-1919 66 Kwun, H J and Kim, J K (2010), “Validation of morphology-based identification for two Cynoglossidae larvae using mitochondrial DNA”, Hangug Susan Haghoi Ji, 43 (5), pp 482-488 67 Lavoue, S., Miya, M and Nishida, M (2010), “Mitochondrial phylogenomics of anchovies (family Engraulidae) and recurrent origins of pronounced miniaturization in the order Clupeiformes”, Mol Phylogenet Evol 56 (1), pp 480 - 485 68 Lavoué, S., Miya, M., Musikasinthorn, P., Chen, W.J., and Nishida, M (2013), “Mitogenomic evidence for an Indo-West Pacific origin of the Clupeoidei (Teleostei: Clupeiformes)”, Molecular Phylogenetics and Evolution, 43 (2007), pp 1096 - 1105 69 Lavoue, S., Miya, M., Saitoh, K., Ishiguro, N.B and Nishida, M (2007),” Phylogenetic relationships among anchovies, sardines, herrings and their relatives (Clupeiformes), inferred from whole mitogenome sequences”, Mol Phylogenet Evol., 43 (3), pp 1096-1105 70 France Lacepède, B G E (1800), Histoire naturelle des poisons, A Paris, Ket-noi.com Ket-noi.com kho kho tai tai lieu lieu mien mien phi phi 71 Lefébure, T., Douady, C J., Gouy, M and Gibert, J (2006), “Relationship between morphological taxonomy and molecular divergence within Crustacea: Proposal of a molecular threshold to help species delimitation”, Molecular Phylogenetics and Evolution,40 (2), pp 435–447 72 Mekong River Commission (1997), Mekong River Basin diagnostic study – Final report, Report No MKG/R 97010 , Mekong River Commission, Bangkok, Thailand 73 Mekong River Commission (2002), The genus Henicorhynchus – A common fish with identity problems in the Mekong basin, Mekong fish Catch and Culture, 8(1) 74 Mekong River Commission (2003), The MRC Mekong fish database,Vientiane, Lao PDR, Mekong River Commission Secretariat 75 Mekong River Commission (2010) State of the Basin Report 2010, Mekong River Commission,Vientiane, Lao PDR 76 Mekong River Commission (2011), Atlas planning of the Lower Mekong River Basin, Mekong River Commission Cambodia, Lao PDR, Thailand, Vietnam 77 Pham Van Mien (2002), "Draft report on Review Biological Assessment of Freshwater Ecosystems in Viet Nam", Viet Nam National Mekong Committee Enviromental Program, pp 1–30 78 Miya , M., Kawaguchi, A and Nishida, M (2001),”Mitogenomic exploration of higher teleostean phylogenies: a case study for moderate-scale evolutionary genomics with 38 newly determined complete mitochondrial DNA sequences”, Mol Biol Evol., 18 (11), pp 1993–2009 79 MOC/China (2004), Lancang River, Ministry of Culture, Beijing, China 80 Muchlisin, Z A., Thomy, Z., Fadli, N., Sarong, M A and Siti-azizah, M N (2013), “DNA barcoding of freshwater fishes from Lake Laut Tawar, Aceh Province, Indonesia”, Acta Ichthyologica et Piscatoria, 43(1), pp 21–29 81 Nam, H H., Corneli, P S., Watkins, M., Olivera, B and Bandyopadhyay, P (2009), “Multiple genes elucidate the evolution of venomous snail-hunting Conus species”, Molecular Phylogenetics and Evolution, 53(3), pp 645-652 82 Nalbant, T T (2002), “Sixty million years of evolution Part one: family Botiidae (Pisces: Ostariophysi: Cobitoidea)”, Travaux du Muséum d'Histoire Naturelle "Grigore Antipa", 44, pp 309-333 83 Na-Nakorn, U., Sukmanomon, S., Nakajima, M., Taniguchi, N., Kamonrat,W., Poompuang, S and Nguyen, T T T (2006), “MtDNA diversity of the critically endangered Mekong giant catfish (Pangasianodon gigas Chevey, 1913) and closely related species: implications for conservation”, Anim Conserv., (4), pp 483-494 84 Neigel, J., Domingo, A and Stake, J (2007), “DNA barcoding as a tool coral reef conservation”, Coral Reefs, 26, pp 487-499 85 Ovenden, J., Berry, O., Welch, D J., Buckworth, R C., Dichmont, C M (2013), “Ocean’s eleven: a critical evaluation of the tole of population, evolutionary and molecular genetics in the management of wild fisheries”, Fish and Fisheries, ISI Journal Citation Reports 86 Pallas, P S (1769), Spicilegia Zoologica quibus novae imprimis et obscurae animalium species iconibus, descriptionibus atque commentariis illustrantur, Berolini, Gottl Lange 87 Pallas, P S (1770), “Spicilegia Zoologica quibus novae imprimis et obscurae animalium species iconibus, descriptionibus atque commentariis illustrantur Berolini, Gottl Lange 88 Palumbi, S., Martin, A., Romano, S., Mcmillan, W O., Stice, L and Grabowski, G (1991), The Simple Fool's Guide to PCR, version 2, University of Hawaii Press Honolulu 89 Pereira, L H G., Hanner, R., Foresti1, F., and Oliveira, C (2013), “Can DNA barcoding accurately discriminate megadiverse Neotropical freshwater fish fauna?”, BMC Genetics, pp 14-20 Ket-noi.com Ket-noi.com kho kho tai tai lieu lieu mien mien phi phi 90 Pleijel, F., Jondelius, U., Norlinder, E., Nygren, A., Oxelman, B., Schander, C., Sundberg, P and Thollesson, M (2008), “Phylogenies without roots A plea for the use of vouchers in molecular phylogenetic studies”, Molecular Phylogenetics and Evolution, 48, pp 369–371 91 Poulsen, A F., Hortle, K G., Valbo-Jorgensen, J., Chan, S., Chhuon, C K., Viravong, S., Bouakhamvongsa, K., Suntornratana, U., Yoorong, N., Nguyễn T T., Trần, Q B (2005), Phân bố sinh thái số lồi cá sơng quan trọng hạ lưu sông Mekong, Ủy hội sông Mekong 92 Pouyaud, L , Gustiano, R and Teugels, G G (2002), “Systematic revision of Pangasius polyuranodon (Siluriformes, Pangasiidae) with description of two new species”, Cybium, 26 (4), pp 243-252 93 Qiao, H., Cheng, Q., Chen, Y., Chen, W and Zhu,Y (2013), “The complete mitochondrial genome sequence of Coilia ectenes (Clupeiformes: Engraulidae)”, Mitochondrial DNA 24 (2), pp 123-125 94 Ragnasingham, S and Hebert, P D N (2007), “BOLD: The Barcode of Life Data System (http://www.barcodinglife.org)”, Molecular Ecology Notes, 7(3), pp 355-364 95 Rainboth, W J (1996), Fishes of the Cambodian Mekong, FAO Species Identification Field Guide for Fishery Purposes, FAO, Rome, 265 pages, 27 plates 96 Regan, C T (1910), “The Asiatic fishes of the family Anabantidae”, Proceedings of the Zoological Society of London, pp 767-787 97 Roberts, T R and Vidthayanon , C (1991), “Systematic revision of the Asian catfish family Pangasiidae, with biological observations and descriptions of three new species”, Proceedings of the Academy of Natural Sciences of Philadelphia , 143, pp 97-143 98 Roberts, T R (1992), “Revision of the striped catfishes of Thailand misidentified as Mystus vittatus, with descriptions of two new species (Pisces: Bagridae)”, Ichthyological Exploration of Freshwaters, (1), pp 77- 88 99 Roberts, T R (1993), “Artisanal fisheries and fish ecology below the great waterfalls of the Mekong River in southern Laos”, Natural History Bulletin of the Siam Society, 42, pp 67 - 77 100 Roberts, T R and Kottelat , M (1994), “The Indo-Pacific tigerperches, with a new species from the Mekong basin (Pisces: Coiidae)”, Ichthyological Exploration of Freshwaters, (3), pp 257-266 101 Roberts, T R and Baird, I G (1995), “Traditional fisheries and fish ecology on the Traditional fisheries and fish ecology on the Mekong River at Khone Waterfalls in southern Laos”, Natural History Bulletin of the Siam Society, (43), pp 219 - 262 102 Ruber, L., Britz, R and Zardoya, R (2006), “Molecular phylogenetics and evolutionary diversification of labyrinth fishes (Perciformes: Anabantoidei), Syst Biol., 55 (3), pp.374-397 103 Rubinnoff, D (2006), “Utility of mitochondrial DNA barcodes in species conservation”, Conservation Biology, 20(4), pp 1026-1033 104 Saccone, C., De Giorgi, C., Gissi, C., Pesole, G and Reyes, A (1999), “ Evolutionary genomics in the Metazoa : the mitochondrial DNA as a model system”, Gene, 238(1) , pp 195 – 210 105 Saitoh, K., Sado, T., Doosey, M H., Bart, H L Jr., Inoue, J G., Nishida, M., Mayden, R L and Miya, M (2011), “Evidence from mitochondrial genomics supports the lower Mesozoic of South Asia as the time and place of basal divergence of cypriniform fishes (Actinopterygii: Ostariophysi)”, Zool J Linn Soc., 161, pp 633-662 106 Saitoh, K., Sado, T., Mayden, R L., Hanzawa, N., Nakamura, K., Nishida, M and Miya, M (2006), “Mitogenomic evolution and interrelationships of the Cypriniformes (Actinopterygii: Ostariophysi): the first evidence toward resolution of higher-level relationships of the world's largest freshwater fish clade based on 59 whole mitogenome sequences” , J Mol Evol., 63 (6), pp 826-841 Ket-noi.com Ket-noi.com kho kho tai tai lieu lieu mien mien phi phi 107 Sauvage, H E (1876 ), Sur quelques poissons des eaux douces du Laos cambodgien, Bulletin de la Société philomathique de Paris (6th Série),13, pp 97-100 108 Sauvage, H E (1881), Recherches sur la faune ichthyologique del’Asie et description de espèces nouvelles de l’Indochine, Nouv Arch Mus Hist Nat., Paris, 4, pp 123-194 109 Schander, C and Willassen, E (2005), “What can biological barcoding for marine biology”, Marine Biology Research, 1, pp 79-83 110 Schmitt, K (2009), “Management of Natural Resources in the Coastal Zone of Soc Trang Province”, Mekong Delta Climate Change Forum, 3, pp.76 111 Scopoli, J A (1777), Introductio ad historiam naturalem, sistens genera lapidum, plantarum et animalium hactenus detecta, caracteribus essentialibus donata, in tribus divisa, subinde ad leges natura London 112 Smith, H M (1931), “Descriptions of new genera and species of Siamese fishes”, Proceedings of the Unite'd States National Museum, 79 (2873), pp 1- 48 113 Smith, H M (1945), The Freshwater fishes of Siam, or Thailand, Bullentin of the United States National Museum 114 Smith, M A., Fisher, B L., Hebert, P D N (2005), “DNA barcoding for effective biodiversity assessment of a hyperdiverse arthropod group: the ants of Madagascar”, Philosophical Transactions of the Royal Society Part B: Biological Sciences, 360 (1462), pp 1825–1834 115 Smith, W L and Craig, M T (2007), “Casting the Percomorph Net Widely: The Importance of Broad Taxonomic Sampling in the Search for the Placement of Serranid and Percid Fishes”, Copeia, 2007(1), pp 35–55 116 Smith, W L and Craig, M T (2007), “Casting the percomorph net widely: The importance of broad taxonomic sampling in the search for the placement of serranid and percid fishes”, Copeia, 1, pp 35-55 117 Sokheng, C., Chhea, C K.,Viravong, S., Bouakhamvongsa, K., Suntornratana, U., Yoorong, N., Tung, N T., Bao, T Q., Poulsen, A F and Jorgensen, J V (1999), Fish migrations and spawning habits in the Mekong mainstream: a survey using local knowledge (basin-wide), Assessment of Mekong fisheries: Fish Migrations and Spawning and the Impact of Water Management Project (AMFC), AMFP Report 2/99, Vientiane, Lao, P D R 118 Steindachner, F (1878), “Sitzungsberichte der Kaiserlichen Akademie der Wissenschaften”, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Classe, 78 (1), pp 377400 119 Swainson, W (1838), On the natural history and classification of fishes, amphibians, & reptiles, or monocardian animals, A Spottiswoode, London 120 Swartz, E R., Mwale, M and Hanner, R (2008), “A role for barcoding in the study of African fish diversity and conservation”, South African Journal of Science, 104(4), pp 293-298 121 Tamura, K., Stecher, G., Peterson , D., Filipski, A., and Kumar, S (2013), “MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0”, Molecular Biology and Evolution, 30, pp 2725-2729 122 Tautz, D., Arctander, P., Minelli, A., Thomas, R H and Vogler, A P (2003), “A plea for DNA taxonomy”, Trends in Ecology and Evolution, 18 (2), pp 70–74 123 Taylor, R W and Turnbull, D M (2005), “Mitochondrial DNA mutations in human disease”, Nature Reviews Genetics, 6, pp 389-402 124 Tirant, G (1885), “Notes sur les poissons de la Basse-Cochinchine et du Cambodge Excursions et reconnaissances”,10, pp 91-198 125 Teletchea, F (2009), “Molecular identification methods of fish species: reassessment and possible applications”, Review in Fish Biology and Fisheries, 19, pp 265-293 126 van Hasselt, J C (1823), “Uittreksel uit een' brief van Dr J C van Hasselt, aan den Heer C J Temminck”, Algemeene Konst- en Letter-bode II Deel, 35, pp.130-133 Ket-noi.com Ket-noi.com kho kho tai tai lieu lieu mien mien phi phi 127 Valbo-Jørgensen, J., Coates, D and Hortle, K (2009), “Fish diversity in the Mekong basin”, The Mekong: biophysical environment of and international river basin, Academic, Amsterdam, pp 161–196 128 Vences, M., Thomas, M., Bonett, R M and Vieites, D R (2005), “Deciphering amphibian diversity through DNA barcoding: chances and challenges”, Philosophical Transactions of the Royal Society Part B: Biological Sciences, 360 (1462), pp 1859–1868 129 Vidthayanon, C (2008), Field Guide to Fishes of the Mekong Delta, Mekong River Commission, Vientiane, Lao PDR 130 Waugh, J (2007), “DNA barcoding in animal species: progress, potential and pitfalls”, BioEssays, 29(2), pp 188-197 131 Willette, D A., Allendorf, F W., Barber, P H., Barshis, D J., Carpenter, K E., Crandall, E D., Cresko, W A., Fernandez‐Silva, I., Matz, E., Meyer, M V., Santos, M D., Seeb, L W and Seeb, J E (2014), “So, you want to use next‐generation sequencing in marine systems”, Insight from the Pan‐Pacific Advanced Studies Institute, Bulletin of Marine Science 132 Wolstenholme, D R (1992), “Animal mitochondrial genome: structure and evolution”, International Review of Cytology, 141, pp 172-216 133 Wong, L L (2011), “DNA Barcoding and Related Molecular Markers for Fish Species Authentication, Phylogenetic Assessment and Population Studies”, A dissertation submitted to the Graduate Faculty of Auburn University in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Doctor of Philosophy, Auburn, Alabama 134 Woodruff, D S (2010), “Biogeography and conservation in Southeast Asia: how 2.7 million years of repeated environmental fluctuations affect today's patterns and the future of the remaining refugialphase biodiversity”, Biodiversity and Conservation,19, pp 919 - 941 135 Wongratana, T (1983), “Diagnoses of 24 new species and proposal of a new name for a species of Indo-Pacific clupeoid fishes”, Japanese Journal of Ichthyology 29 (4), pp 385-407 136 Yagishita, N., Miya, M., Yamanoue,Y., Shirai, S M., Nakayama, K., Suzuki, N., Satoh, T P., Mabuchi, K., Nishida, M and Nakabo, T (2009), ”Mitogenomic evaluation of the unique facial nerve pattern as a phylogenetic marker within the percifom fishes (Teleostei:Percomorpha)”, Mol Phylogenet Evol., 53 (1), pp 258-266 137 Yang, L., Arunachalam, M., Sado, T., Levin, B A., Golubtsov, A S., Freyhof, J., Friel, J P., Chen, W J., Vincent, H M., Manickam, R., Agnew, M K., Simons, A M., Saitoh, K., Miya, M., Mayden, R L and He, S (2012), “Molecular phylogeny of the cyprinid tribe Labeonini (Teleostei: Cypriniformes”,Mol Phylogenet Evol., 65 (2), pp 362-379 138 Yang, Z Y., Liang, H W., Li, Z., Wang, X Y and Zou, G W (2013), “Mitochondrial genome sequence of the Botia superciliaris (Teleostei, Cypriniformes)”, Mitochondrial DNA, 24 (4), pp 347-349 139 Zhang, B., Xu, T., Wang, R., Jin, X and Sun, Y (2013), “Complete mitochondrial genome of the Osbeck's grenadier anchovy Coilia mystus (Clupeiformes, Engraulidae)”, Mitochondrial DNA, 24 (6),pp 657-659 140 Zhang, J (2011), “Species Identification of Marine Fishes in China with DNA barcoding”, Evidence – Based Complementary and Alternative Medicine, Hindawi Publishing Corporation Ket-noi.com Ket-noi.com kho kho tai tai lieu lieu mien mien phi phi TÀI LIỆU INTERNET http://www.blast.ncbi.nlm.nih.gov/ http://www.fishbase.org/home.htm (Hệ thống liệu cá giới) http://mail.nbfgr.res.in/fmir/ http://webworld.unesco.org/water/wwap/pccp/useful_links/Mekong_maps.shtml http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/ https://support.geneious.com/home PHỤ LỤC Phụ lục 1: Quy trình tách chiết DNA tổng số kit Thermo Scientific Dream Taq DNA Polymerase (Thermo Scientific): - Cắt 20 mg mô cá, cho vào tube 1,5mL nghiền nhỏ - Thêm 180µL Digestion Solution, mix - Thêm 20 µL Proteinase K Solution, mix - Ủ 560C mơ tan hồn tồn - Thêm 20 µL Rnase A Solution, vortex ủ 10 phút nhiệt độ phịng - Thêm 200 µL Lysis Solution, vortex 15s cho đồng - Thêm 400 µL ethanol 50%, mix - Chuyển tồn thể tích tube 1,5mL sang cột GeneJET Genomic DNA Purification Column, tiến hành: + Ly tâm phút 8000 vòng/phút + Loại bỏ dịch + Đặt GeneJET vào tube mL - Thêm 500 µL Wash Buffer I vào GeneJET, ly tâm phút 10.000 vòng/phút , tiếp tục loại bỏ dịch đặt cột trở lại - Thêm 500 µL Wash Buffer II vào GeneJET, ly tâm phút 16.000 vòng/phút, tiếp tục loại bỏ dịch chuyển cột GeneJET sang tube 1,5mL - Thêm 100 µL Elution Buffer, đặt nhiệt độ phòng phút, sau ly tâm phút 8000 vòng/phút - Loại bỏ cột GeneJET  Thu DNA tổng số tube 1,5mL - Bảo quản DNA tổng số -200C đến -400C Ket-noi.com Ket-noi.com kho kho tai tai lieu lieu mien mien phi phi Phụ lục – Sự khác biệt trình tự 16S mtDNA loài thuộc giống Pangasius Đơn vị : % (1) (2) (3) (4) (5) (1) (2) (3) (4) (5) (6) (7) (8) (9) (10) (11) (12) (13) ID 1,4 2,7 1,8 1,9 1,4 2,3 2,5 2,7 2,5 2,7 4,8 ID 2,5 1,4 1,6 1,6 1,2 2,1 2,3 2,5 2,7 3,3 4,6 ID 2,7 2,7 3,5 3,1 3,1 3,3 1,8 3,5 5,2 ID 1,8 1,9 1,4 2,3 2,5 2,7 2,5 2,7 4,8 ID 1,9 1,6 2,1 2,3 2,7 2,7 3,1 4,4 ID 1,6 3,3 3,1 3,5 3,5 3,5 4,6 ID 2,7 3,1 3,1 3,8 4,6 1,2 3,1 3,1 2,9 4,2 ID 3,3 3,1 2,9 4,2 ID 1,8 3,5 5,2 ID 3,6 4,8 ID (6) (7) (8) (9) (10) (11) ID 3,1 (12) (13) ID Chú thích: (1) – Pangasius krempfi; (2) – Pangasius sp.; (3) – Pangasius macronema; (4) – P krempfiGB; (5) – P sanitwongseiGB; (6) – P larnaudiiGB; (7) – P pangasiusGB; (8) – P nasutusGB; (9) – P conchophilusGB; (10) – P macronemaGB; (11) – P polyuranodonGB; (12) – P bocourtiGB; (13) – P hypophthalmusGB Phụ lục – Sự khác biệt trình tự 16S mtDNA loài cá thuộc giống Ompok Đơn vị : % Ompok bimaculatus (1) (1) (2) (3) (4) (5) ID 3,4 4,1 4,3 ID 3,8 5,4 3,6 ID 4,9 5,3 ID 5,5 Ompok bimaculatusGB (2) Ompok malabaricusGB (3) Ompok paboGB (4) Ompok pabdaGB (5) ID GB: Ký hiệu loài từ Genbank Phụ lục – Sự khác biệt trình tự 16S mtDNA loài cá thuộc giống Pristolepis Đơn vị : % Pristolepis fasciata (1) (1) (2) (3) (4) ID 2,4 2,6 3,8 ID 0,2 3,8 ID 3,9 Pristolepis rubripinnisGB (2) Pristolepis fasciataGB (3) Pristolepis marginata GB (4) ID GB: Ký hiệu loài từ Genbank Phụ lục – Sự khác biệt trình tự 16S mtDNA lồi cá thuộc giống Notopterus Đơn vị : % Notopterus notopterus (1) N.notopterus ThaiGB (2) N.notopterus IndiaGB (3) Chitala blanciGB (4) Chitala ornataGB (5) Chitala lopisGB (6) (1) (2) (3) (4) (5) (6) ID 0,6 2,2 4,6 4,8 ID 2,4 4,8 4,6 4,8 ID 4,2 5,7 ID 3,7 3,7 ID 3,9 ID GB: Ký hiệu loài từ Genbank ... CÔNG NGHỆ SINH HỌC VÀ MÔI TRƯỜNG -o0o - THÁI THỊ LAN PHƯƠNG ĐỊNH DANH VÀ PHÂN LOẠI MỘT SỐ LOÀI CÁ NƯỚC NGỌT PHỔ BIẾN Ở ĐỒNG BẰNG SÔNG CỬU LONG DỰA TRÊN ĐẶC ĐIỂM HÌNH THÁI VÀ DI TRUYỀN ĐỒ ÁN TỐT... đề tài ? ?Định danh phân loại số loài cá nước phổ biến Đồng sông Cửu Long dựa đặc điểm hình thái di truyền? ?? thực nhằm cung cấp dẫn liệu hình thái di truyền số loài cá nước ĐBSCL, làm sở cho nghiên... điểm hình thái Xây dựng liệu đặc điểm sinh học loài cá nước phổ biến ĐBSCL - Xây dựng liệu di truyền mã vạch (DNA barcoding) dựa gen 16S mtDNA loài cá nước phổ biến ĐBSCL Kiểm chứng phân loại